Leland Goines trifft sich in Tokio im Nachtclub "White Dragon" mit einem japanischen Geschäftsmann. Sie verhandeln über den Kauf einer über 1.000 Jahre alten Leiche aus dem Himalaya, die die Markridge-Gruppe für Forschungszwecke benötigt. Cole erscheint dort und versucht, den Deal zu verhindern, um das Virus an seinem Ursprung zu stoppen. Ramse tritt jedoch dazwischen, und es kommt zu einem Kampf. Cole wird dabei schwer mit einem Messer verletzt.
Jones erkennt im Jahr 2043, dass Cole 1987 in Lebensgefahr schwebt, und will ihn sofort ins Jahr 2015 bringen. Währenddessen wird Ramse verhaftet. Im Gefängnis erhält Ramse jahrelang Briefe von Olivia, einem wichtigen Mitglied der 12 Monkeys. Diese Briefe beeinflussen Ramses Persönlichkeit erheblich. Als er 1995 entlassen wird, holt Olivia ihn zurück nach Amerika. Dort wird er Zeuge eines Paradoxons, das alle Pflanzen rot färbt.
Olivia steht in engem Kontakt mit Jennifer Goines, die aus der psychiatrischen Anstalt geflohen ist. Sie überzeugt Jennifer, dass sie im Gegensatz zu Leland Goines glaubt, dass Jennifer nicht für den Tod der Markridge-Mitarbeiter verantwortlich ist. Olivia will für Jennifer die Mutter sein, die Leland ihr immer vorenthalten hat.
Senator Royce gibt 2016 seine Kandidatur für das Präsidentenamt bekannt, entlässt jedoch Aaron, da dieser eine Gefahr für seinen Wahlkampf darstellt. Als Aaron das Gespräch sucht, bietet Royce ihm eine Position als Leiter eines Forschungsprojekts an, das Überlebensprogramme für Katastrophensituationen entwickelt, an dem auch Olivia arbeitet.
Cassie bekommt davon nichts mit, denn plötzlich liegt Cole blutüberströmt auf dem Boden der Buchhandlung. Dank seiner Zeitreise nach Tokio hat er nun Informationen darüber, wer der Zeuge ist und warum die Monkeys ihnen stets einen Schritt voraus sind.
