Eine gewaltige Schlacht entbrennt zwischen Jones' Gruppe und der Armee der 12 Monkeys. Bald schließen sich auch die "Daughters" und "West VII" an. Cassie konfrontiert Olivia und befördert sie nach einem Kampf in einen temporalen Energiestrahl. Dadurch wird Olivias oberer Körperteil in die ferne Vergangenheit gesplintert und zum Ursprung des Virus. Cassie ist kurz davor, die Zeit zusammenbrechen zu lassen, um für immer bei Cole zu sein. Doch Cole überzeugt sie, es nicht zu tun, und sie stoppt den Countdown, bevor das Red Forest-Paradoxon entsteht.
Ramse, Jennifer und Cassie kehren in ihre jeweiligen Zeiten zurück. Cole und Jones führen ein letztes Gespräch, bevor Jones stirbt. Cole lädt das Programm der Primaries in die Zeitmaschine und aktiviert es, wodurch er aus der Zeit gelöscht wird. Eine neue Zeitlinie entsteht, in der die Zeitreise nie erfunden wurde. James Cole, das Virus und die Armee der 12 Monkeys existieren nicht mehr, und alle anderen beginnen ein anderes Leben. Cassie jedoch behält die Erinnerungen.
Cole landet auf einem Strand, wo Jennifer ihm erzählt, dass Jones das Programm geändert hat, um ihn in die neue Zeitlinie zu integrieren. Cole und Cassie finden schließlich den Weg zu dem Farmhaus, in dem sie einst zusammen lebten, und beginnen dort ihr wohlverdientes, glückliches Leben.
