„Trojan“ ist das Finale der zweiten Staffel von Gen V, dem Ableger von The Boys. Die Folge öffnet mit einer Rückblende ins Jahr 1967, in der sich Godolkin bei einem Laborbrand mit Compound V injiziert. In der Gegenwart erklärt Doug, dass Godolkin dasselbe Compound V wie Soldier Boy und Stormfront nahm, das ihn trotz seines Alters jung hält.
Im Zentrum steht Godolkins Plan, die aus seiner Sicht nutzlosen Supes im Rahmen einer eigens einberufenen Unterrichtsstunde auszusondern. Marie, Jordan, Emma, Annabeth und Cate versuchen, die Studierenden von der Teilnahme abzuhalten.
Während Polarity den verletzten Doug in ein Krankenhaus fährt, wird ihr Wagen von Black Noir überfallen: Doug wird tödlich verletzt und der magnetisch begabte Supe verschleppt.
Im Showdown betritt Marie den Raum, um Godolkin zu töten, doch dieser dreht den Spieß um und benutzt sie als Marionette. Mit Hilfe von Sister Sage trifft Polarity ein; Godolkin versucht, Marie zu kontrollieren, unterliegt aber ihrer überlegenen Kraft – Marie tötet den Wissenschaftler und beendet seine kurze Schreckensherrschaft.
Zum Schluss besucht Starlight Marie und ihre Freunde, dankt ihnen für das Aufhalten Godolkins und lädt sie ein, sich dem wachsenden Untergrund-Widerstand anzuschließen. Kurz darauf trifft A-Train ein – und die Gruppe stimmt zu, sich der Bewegung anzuschließen. Zugleich streut die Folge einen Ausblick auf die fünfte Staffel von The Boys.