Als vorletzte Folge der Serie steuert „Herrschende Züge“ auf die Entscheidung zu. Die IPF unter Nima greift New Eden an, um Big Alice zu erbeuten: Zusammengekoppelt sollen die beiden Loks genug Energie liefern, um das Projekt Gemini in die Atmosphäre zu schießen und die Welt aufzutauen. Tests von Melanie und Alex haben jedoch ergeben, dass Gemini womöglich nicht wie erhofft wirkt – und Nima, der einst mit CW-7 die Erde einfror, ignoriert die Warnungen.
Von Nima eingesperrt, beschließt Melanie zunächst mitzuspielen: Sie überredet ihn, New Eden mit Schlafgas statt mit einem Frontalangriff zu überziehen, und schmiedet heimlich mit Layton und Alex einen Plan, den Zug zurückzuerobern. Alex zerstört den Weichencomputer und entkommt mit Laytons Hilfe.
Draußen in den Hügeln lenkt Oz per IPF-Funk den Scharfschützen ab, während Till ihn überwältigt. Dabei erkennt Oz, dass die Stimme, die er zuvor gehört hatte, von Buffalo stammt, der Ingenieurin der Irish Animal Squad – auch wenn sie nie absichtlich zu ihm gesprochen hatte. Till gelingt es, den Scharfschützen sowie Rat zu töten, den Soldaten, der Zarah ermordet hatte.
Schließlich enthüllt Melanie die große Wahrheit: Nima ist als einstiger Samenspender Alex' leiblicher Vater. Zwar gelingt es Nima, Big Alice zu stehlen, doch Layton stürmt mit seinen Kämpfern den Zug, nachdem klar wird, dass die Soldaten keine Munition haben – eine Hommage an den Kinofilm. Die zurückgelassenen Soldaten ergeben sich an New Eden. Als Nima die Bomben in den Hügeln zünden will, vereitelt ein von Javi platzierter Störsender den Plan und verschafft Melanie und Alex die Gelegenheit zur Flucht.
