Als Robby und Mo verschwinden, sehen sich die Maltos gemeinsam mit Bumblebee und Megatron zu einer überstürzten Reise nach Cybertron gezwungen. Die Rückkehr fällt alles andere als freudig aus: Der Heimatplanet der Cybertronier liegt in Trümmern und stirbt.
Über eine Spacebridge trifft Hot Rod mit dem Emberstone ein, kurz darauf folgen ihm Robby und Mo. Hot Rod verwandelt sich und fährt einfach davon; Mo hält Robby von einer aussichtslosen Verfolgung ab und drängt darauf, Verstärkung zu holen. Robby und Mo finden dabei einen neuen Verbündeten.
Ein alter Feind der Primes ist zurückgekehrt und will seinen galaxisweiten Eroberungsfeldzug wieder aufnehmen. Als sich das Enigma und der Emberstone über dem Well vereinen, schießt eine Lichtsäule empor und lässt riesige Metallranken aus Cybertrons Oberfläche wachsen, die sich bis auf benachbarte Planeten ausbreiten.
Zugleich reißt der anhaltende Streit zwischen Twitch und Thrash darüber, wer führen soll, das Team Terran auseinander. Geschwächt und in zwei Lager gespalten, geraten sie mehrfach in die Defensive. Im Kampf offenbart Optimus seinem alten Gegner Liege Maximo, dass er die Matrix nicht mehr besitzt, woraufhin dieser ihn voller Zorn zurichtet. Als Liege mit dem Requiem Blaster auf Megatron feuert, während Optimus ihn stabilisiert, verliert Optimus dabei einen Arm.