„Zerbrochen“ setzt dort an, wo Staffel 2 endete: Mrs. Coulter hält Lyra betäubt in einer abgelegenen Höhle gefangen, während Will mit dem Engel Balthamos nach ihr sucht. Balthamos spürt, dass sein Gefährte Baruch in die Nähe von Lord Asriels Lager gelangt ist. Lyra selbst träumt vom Totenreich, in dem sie ihren toten Freund Roger rufen hört, ehe sie unter Coulters wachsamem Blick erwacht.
In Asriels Festung planen Asriel, der Kommandant Ogunwe und die Hexe Ruta Skadi den Krieg gegen die Autorität. Am Himmel stürzen zwei kämpfende Engel ab: Der sterbende Baruch überbringt Asriel die Botschaft, dass der Träger des Æsahættr gefunden wurde – der einzigen Waffe, die die Autorität und ihren Regenten vernichten kann –, bevor er zu Staub zerfällt. Den gegnerischen Engel Alarbus lässt Asriel gefangen nehmen und mit Staub foltern; unter Qualen verrät dieser, dass der neue Regent Metatron heißt und alle Welten unterwerfen will. Zugleich zieht Dr. Mary Malone durch eine fremde Welt und trifft auf Widerstandskämpfer, während sie nach Lyra sucht.
Will erreicht mit Balthamos und dem Panzerbären Iorek die Insel, auf der Lyra festgehalten wird. Das Mädchen Ama, das heilende Sonnenwurz sammelt, führt ihn zu ihr. Doch Mrs. Coulter erwartet Will bereits, weiß von seinem Messer und versucht, ihn mit einem Bündnisangebot an ihrer Seite zu halten. Will misstraut ihr und bricht auf. Als die Autorität mit Luftschiffen anrückt, lässt Coulter sich von ihrem goldenen Affen mit einem Stein verletzen und behauptet gegenüber Father Gomez, der Junge habe Lyra bereits entführt.
Will kehrt durch ein Fenster in die Kammer zurück und weckt Lyra mit dem Sonnenwurz. Als er ein neues Fenster schneiden will, lenkt Coulter ihn mit hartnäckigen Fragen nach seiner Mutter so sehr ab, dass das magische Messer – der Æsahættr – in Stücke zerbricht. Coulter reißt Gomez’ Waffe an sich, ehe die Gallivespianer-Spionin Salmakia sie betäubt. Draußen tobt ein Feuergefecht; Iorek hält die Soldaten auf, sodass Will und Lyra durch ein notdürftig geschnittenes Fenster in eine graue, öde Welt fliehen können. Sekunden später trifft Asriel ein – zu spät.
