Zum Auftakt der finalen Staffel erinnert die Serie daran, dass die Autorität seit Jahrtausenden über das Himmelreich herrscht und sich selbst zum Schöpfer erklärt hat – obwohl sie nur eine Betrügerin ist, die einst mit einem dunklen Engel an ihrer Seite regierte. Jene Engel, die sich gegen sie auflehnten, leben seither zwischen den Welten und warten auf die Gelegenheit zur Vergeltung. Lord Asriel bereitet unterdessen seine Rebellion vor.
Will sucht mit dem Zauberdolch und dem Alethiometer weiter nach Lyra, findet aber keine Spur. Lyra wird von Mrs. Coulter in einem versteckten Haus an der Küste festgehalten und mit einem Mittel im Schlaf gehalten. Gegenüber einem gehörlosen Mädchen namens Ama gibt Coulter vor, Lyra sei ihre Tochter und von einem Zauber belegt; sie nutzt das Kind, um andere fernzuhalten.
Zwei Engel, Balthamos und Baruch, treten an Will heran und drängen ihn, zu Asriel zu gehen. Will lehnt ab, bis er Lyra gefunden hat – daraufhin sagen die Engel zu, ihm bei der Suche zu helfen. Nach einer Bruchlandung mit seiner Intentionsmaschine dringt Asriel mithilfe von Gallivespianern in eine Gefängnisanlage ein, um Kommandant Ogunwe für seine Rebellion zu gewinnen. Ogunwe stimmt schließlich zu, allerdings unter der Bedingung, dass er selbst die Führung übernimmt.
In Genf erfährt Kardinal MacPhail von dem Alethiometristen Fra Pavel von einer Prophezeiung: Werde das Kind – Lyra – von der Schlange verführt, komme es zum Fall, und Sünde wie Staub würden triumphieren. MacPhail will Lyra deshalb unbedingt aufhalten und beauftragt Pater Gomez, Truppen zu ihrer Ergreifung zu führen.
Die Engel spüren Lyra auf einer abgelegenen Insel auf. Lyra erwacht und versucht zu fliehen, doch Coulter fängt die geschwächte Lyra mühelos wieder ein und betäubt sie erneut – beobachtet von Ama. Auf dem Weg zu Lyra trifft Will auf den Panzerbären Iorek Byrnison, der gegen die Bewohner einer Stadt kämpft, weil sie einen seiner Bären gefangen halten. Will fordert Iorek zum Zweikampf und durchtrennt mit einem einzigen Hieb dessen Panzerung, woraufhin der Bärenkönig aufgibt und sich Will anschließt. Am Ende führt Asriel Ogunwe durch ein Tor in eine andere Welt und zeigt ihm eine gewaltige, auf den Klippen versammelte Armee: „Willkommen in der Republik des Himmels.“
