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Zum Auftakt der finalen Staffel erinnert die Serie daran, dass die Autorität seit Jahrtausenden über das Himmelreich herrscht und sich selbst zum Schöpfer erklärt hat – obwohl sie nur eine Betrügerin ist, die einst mit einem dunklen Engel an ihrer Seite regierte. Jene Engel, die sich gegen sie auflehnten, leben seither zwischen den Welten und warten auf die Gelegenheit zur Vergeltung. Lord Asriel bereitet unterdessen seine Rebellion vor.
Will sucht mit dem Zauberdolch und dem Alethiometer weiter nach Lyra, findet aber keine Spur. Lyra wird von Mrs. Coulter in einem versteckten Haus an der Küste festgehalten und mit einem Mittel im Schlaf gehalten. Gegenüber einem gehörlosen Mädchen namens Ama gibt Coulter vor, Lyra sei ihre Tochter und von einem Zauber belegt; sie nutzt das Kind, um andere fernzuhalten.
Zwei Engel, Balthamos und Baruch, treten an Will heran und drängen ihn, zu Asriel zu gehen. Will lehnt ab, bis er Lyra gefunden hat – daraufhin sagen die Engel zu, ihm bei der Suche zu helfen. Nach einer Bruchlandung mit seiner Intentionsmaschine dringt Asriel mithilfe von Gallivespianern in eine Gefängnisanlage ein, um Kommandant Ogunwe für seine Rebellion zu gewinnen. Ogunwe stimmt schließlich zu, allerdings unter der Bedingung, dass er selbst die Führung übernimmt.
In Genf erfährt Kardinal MacPhail von dem Alethiometristen Fra Pavel von einer Prophezeiung: Werde das Kind – Lyra – von der Schlange verführt, komme es zum Fall, und Sünde wie Staub würden triumphieren. MacPhail will Lyra deshalb unbedingt aufhalten und beauftragt Pater Gomez, Truppen zu ihrer Ergreifung zu führen.
Die Engel spüren Lyra auf einer abgelegenen Insel auf. Lyra erwacht und versucht zu fliehen, doch Coulter fängt die geschwächte Lyra mühelos wieder ein und betäubt sie erneut – beobachtet von Ama. Auf dem Weg zu Lyra trifft Will auf den Panzerbären Iorek Byrnison, der gegen die Bewohner einer Stadt kämpft, weil sie einen seiner Bären gefangen halten. Will fordert Iorek zum Zweikampf und durchtrennt mit einem einzigen Hieb dessen Panzerung, woraufhin der Bärenkönig aufgibt und sich Will anschließt. Am Ende führt Asriel Ogunwe durch ein Tor in eine andere Welt und zeigt ihm eine gewaltige, auf den Klippen versammelte Armee: „Willkommen in der Republik des Himmels.“
„Zerbrochen“ setzt dort an, wo Staffel 2 endete: Mrs. Coulter hält Lyra betäubt in einer abgelegenen Höhle gefangen, während Will mit dem Engel Balthamos nach ihr sucht. Balthamos spürt, dass sein Gefährte Baruch in die Nähe von Lord Asriels Lager gelangt ist. Lyra selbst träumt vom Totenreich, in dem sie ihren toten Freund Roger rufen hört, ehe sie unter Coulters wachsamem Blick erwacht.
In Asriels Festung planen Asriel, der Kommandant Ogunwe und die Hexe Ruta Skadi den Krieg gegen die Autorität. Am Himmel stürzen zwei kämpfende Engel ab: Der sterbende Baruch überbringt Asriel die Botschaft, dass der Träger des Æsahættr gefunden wurde – der einzigen Waffe, die die Autorität und ihren Regenten vernichten kann –, bevor er zu Staub zerfällt. Den gegnerischen Engel Alarbus lässt Asriel gefangen nehmen und mit Staub foltern; unter Qualen verrät dieser, dass der neue Regent Metatron heißt und alle Welten unterwerfen will. Zugleich zieht Dr. Mary Malone durch eine fremde Welt und trifft auf Widerstandskämpfer, während sie nach Lyra sucht.
Will erreicht mit Balthamos und dem Panzerbären Iorek die Insel, auf der Lyra festgehalten wird. Das Mädchen Ama, das heilende Sonnenwurz sammelt, führt ihn zu ihr. Doch Mrs. Coulter erwartet Will bereits, weiß von seinem Messer und versucht, ihn mit einem Bündnisangebot an ihrer Seite zu halten. Will misstraut ihr und bricht auf. Als die Autorität mit Luftschiffen anrückt, lässt Coulter sich von ihrem goldenen Affen mit einem Stein verletzen und behauptet gegenüber Father Gomez, der Junge habe Lyra bereits entführt.
Will kehrt durch ein Fenster in die Kammer zurück und weckt Lyra mit dem Sonnenwurz. Als er ein neues Fenster schneiden will, lenkt Coulter ihn mit hartnäckigen Fragen nach seiner Mutter so sehr ab, dass das magische Messer – der Æsahættr – in Stücke zerbricht. Coulter reißt Gomez’ Waffe an sich, ehe die Gallivespianer-Spionin Salmakia sie betäubt. Draußen tobt ein Feuergefecht; Iorek hält die Soldaten auf, sodass Will und Lyra durch ein notdürftig geschnittenes Fenster in eine graue, öde Welt fliehen können. Sekunden später trifft Asriel ein – zu spät.
Im Land der Toten folgen Will und Lyra einer Menschenmenge zu einem düsteren Lagerhaus, in dem Seelen darauf warten, sterben zu dürfen. Ein Mann auf einem Turm weist die beiden ab, weil sie noch am Leben sind, und schickt sie von einem Wartebereich zum nächsten. Pantalaimon fürchtet sich, denn nirgends ist ein anderer Dæmon zu sehen.
Dort erfahren Lyra und Will, dass jeden Menschen ein „Tod“ von Geburt an unsichtbar begleitet, bis die Stunde gekommen ist. Um weiterzukommen, ruft Lyra ihren eigenen Tod herbei und ist bereit, dafür zu sterben. Ihr Tod erscheint und erklärt sich bereit, sie zum Fluss zu führen, über den die Verstorbenen gesetzt werden.
Unterdessen kehrt Mrs. Coulter mit Asriels Intentionsmaschine zum Magisterium zurück – an Bord versteckt der Gallivespianer Roke. Coulter gibt sich weiter loyal und versucht, Father President MacPhail einzureden, sie könne Lyra vor der Versuchung schützen. MacPhail jedoch ist überzeugt, dass Lyra als neue Eva gefährlich ist und getötet werden muss.
Mit Rokes Hilfe findet Coulter das Labor von Dr. Cooper, wo aus Teilen der alten Dæmon-Guillotine eine Bombe gebaut wird, die Lyra anhand einer Haarsträhne aufspüren und töten soll. Roke überwältigt Cooper und nimmt die Strähne an sich, Coulter verbrennt die Haare. Beim Fluchtversuch wird Coulter gestellt und gefangen genommen. MacPhail, der noch weitere Haare Lyras besitzt, kündigt an, Coulter von ihrem Dæmon zu trennen und die freigesetzte Energie zur Zündung der Bombe zu nutzen.
In einer anderen Welt erwacht Mary Malone und begegnet einem großen, vierbeinigen Wesen, das ihr Nahrung bringt und zu kommunizieren scheint. Am Fluss verweigert der Fährmann Pantalaimon die Überfahrt: Ein Dæmon könne das Land der Toten nicht betreten. Will kann mit dem Zauberdolch nichts ausrichten, und so muss sich Lyra von Pan trennen. Sie schreit vor Schmerz auf, während Pan und Wills noch ungesehener Dæmon zurückbleiben und Lyra und Will übersetzen.
Metatron entschließt sich, den Staub gänzlich zu entfernen – überzeugt, dass er alle Wesen verdorben hat. Zeitgleich erwacht Mrs. Coulter neben dem toten Spion und dem bewusstlosen Macphail; sie zwingt einen Priester, das Alethiometer zu befragen, das nur „Dunkelheit“ als Aufenthaltsort Lyras nennt. Im Glauben, ihre Tochter sei in der Explosion umgekommen, nimmt Coulter die Intentionsmaschine und kehrt zu Lord Asriel zurück.
Will und Lyra überleben die Bombe, doch die Detonation reißt gewaltige Abgründe durch mehrere Welten. Asriel steigt in die riesige Kluft hinab, um die Ursache zu ergründen. Dabei stirbt die mit ihm verbündete Hexenkönigin Ruta Skadi, als ihr Dæmon Sergi in einen Abgrund gerissen wird – und Asriel erkennt, dass auf diese Weise auch Engel getötet werden können.
Der Panzerbär Iorek Byrnison stellt Asriel wegen der Folgen seiner Rebellion gegen die Autorität zur Rede und verrät ihm, dass Lyra im Totenreich lebt. Zurück im Lager berichtet Asriel dies Coulter; gemeinsam erkennen die Eltern an, wie außergewöhnlich ihre Tochter ist.
Im Totenreich überreden Lyra und Will die Harpyien, alle Verstorbenen im Tausch gegen ihre Lebensgeschichten aus dem Fegefeuer ziehen zu lassen. Will begegnet seinem Vater John Parry wieder, der ihn drängt, seinen Dæmon zu finden und in die eigene Welt zurückzukehren.
Lyra und Will führen die Toten zum höchsten Punkt des Fegefeuers, wo Will ein Fenster öffnet. Nach dem Abschied von Roger und Lee treten die Verstorbenen hindurch und lösen sich auf, um eins mit dem Universum zu werden. Ihr Handeln zieht Metatrons Zorn auf sich, während Asriel und Coulter sich auf den Machtkampf mit dem Regenten vorbereiten.
Der Wolkenberg – die anrückende Streitmacht der Autorität unter Metatron – senkt sich über Asriels Lager. Während sich alle Völker auf die entscheidende Schlacht vorbereiten, hängt alles an Lyra und Will: Können sie ihre Dæmonen wiederfinden und in Sicherheit bringen, bevor Metatron die Oberhand gewinnt? Asriel hat Kondensatoren im Abgrund platziert, die den Staubstrom anzapfen und den Wolkenberg destabilisieren sollen.
Asriel offenbart seinen Plan: Er will Metatron nah genug an sich heranlocken, um Sprengladungen aus Staub zu zünden. Die Explosion soll beide in den Abgrund reißen – ewiges Vergessen, ein Schicksal schlimmer als der Tod, das auch Asriel selbst auslöscht. Er tut es für Lyra. Mrs. Coulter, der die Aufgabe zufällt, die Ladungen zu zünden, wird von der Engelin Xaphania gewarnt, dass ihre Liebe zu Lyra zugleich Rettung und Verhängnis ist.
Als die Schlacht beginnt, öffnen Lyra und Will aus dem Totenreich ein Portal in Lyras Welt. Der Himmel entfesselt dæmonentötende Kreaturen; Coulter zieht die Gespenster in sich hinein und vernichtet sie. Serafina findet Pan und Wills Dæmon Kirjava und bringt sie in Sicherheit. Ogunwe führt Lyra und Will zum Lager und warnt sie, das Messer nicht zu benutzen, weil die Engel es sofort spüren würden.
Metatron lockt Coulter und Asriel in den Wolkenberg. In Menschengestalt als Enoch bietet er Coulter an, selbst zur Engelin aufzusteigen; Asriel wird derweil von einem Doppelgänger seiner selbst gequält und niedergerungen. Coulter täuscht Metatron ihre Ergebenheit vor. Im entscheidenden Moment nutzt Will das Messer, um Metatron abzulenken, während der Goldene Affe den Schalter der Kondensatoren betätigt. Gemeinsam mit Stelmaria stürzen Asriel und Coulter Metatron in den Abgrund – und opfern sich dabei selbst.
Der Wolkenberg ist zerstört, der Krieg an einem einzigen Tag gewonnen. Beim Durchsuchen des Lagers finden Lyra und Will einen leuchtenden Kristall, der aus dem Himmel gestürzt ist. Will schneidet ihn auf – im Inneren kauert ein uralter, entkräfteter Engel, die Autorität selbst, der beim Lichteinfall sofort zu Staub zerfällt. Lyra und Will verweilen nicht, sondern öffnen ein weiteres Portal, um wieder mit ihren Dæmonen vereint zu werden.
Das Serienfinale spielt in der paradiesischen Welt der Mulefa, in die Lyra und Will geflohen sind. Lyra trauert — sie glaubt, ihre Mutter Mrs. Coulter sei tot, und ahnt, dass auch Lord Asriel nicht mehr lebt. Ihre Daemonen halten sich noch fern. Unbemerkt betritt Pater Gomez die Welt, fest entschlossen, die „neue Eva“ Lyra zu töten.
Das Alethiometer führt die beiden zu den Mulefa; Atal geleitet sie zu Mary Malone. Durch eine Bernsteinlinse zeigt Mary ihnen, dass der Staub — von den Mulefa „Sraf“ genannt — keine Sünde ist, sondern das Bewusstsein selbst. Doch der Staub strömt aus der Welt, und die Bäume sterben. Nur ein Akt der Kreativität oder eine große Entdeckung könne ihn zurückholen.
Am Abend erzählt Mary, wie sie als Nonne bei einer Konferenz in Lissabon die Liebe für sich entdeckte und daraufhin das Kloster verließ. Ihre Geschichte lässt Will und Lyra ihre eigenen Gefühle erkennen. Als Gomez schließlich auf Lyra anlegt, tritt ihm der Engel Balthamos entgegen, zerdrückt dessen Daemon und tötet den Priester, ehe er selbst vergeht.
Am Wasser küssen sich Lyra und Will — und der Staub flutet zurück in die Welt: Die Prophezeiung erfüllt sich, ein grünes Polarlicht zieht über alle Welten. Die getrennten Daemonen kehren zurück; Pan legt sich als Baummarder fest, und Serafina gibt Wills Daemon den Namen Kirjava.
Xaphania eröffnet Mary, dass ihre Erzählung die Heilung des Multiversums auslöste — doch der Staub versickert seit Jahrhunderten durch die mit dem Zauberigen Messer geschnittenen Fenster. Alle Fenster müssen geschlossen werden; nur das aus der Totenwelt darf bleiben. Will muss in seine Welt zurückkehren und das Messer zerbrechen, damit die Engel die Übergänge versiegeln können.
Weil Daemonen in einer fremden Welt nicht lange überleben, müssen Lyra und Will für immer getrennt in ihren Welten leben. Schweren Herzens nehmen sie Abschied und schwören, sich nach dem Tod wieder zu vereinen. Sie vereinbaren, sich fortan jedes Jahr zur Sommersonnenwende auf einer Bank im Botanischen Garten „zu treffen“. Will wird später Arzt, Lyra lernt in Oxford erneut, das Alethiometer zu lesen.