Metatron entschließt sich, den Staub gänzlich zu entfernen – überzeugt, dass er alle Wesen verdorben hat. Zeitgleich erwacht Mrs. Coulter neben dem toten Spion und dem bewusstlosen Macphail; sie zwingt einen Priester, das Alethiometer zu befragen, das nur „Dunkelheit“ als Aufenthaltsort Lyras nennt. Im Glauben, ihre Tochter sei in der Explosion umgekommen, nimmt Coulter die Intentionsmaschine und kehrt zu Lord Asriel zurück.
Will und Lyra überleben die Bombe, doch die Detonation reißt gewaltige Abgründe durch mehrere Welten. Asriel steigt in die riesige Kluft hinab, um die Ursache zu ergründen. Dabei stirbt die mit ihm verbündete Hexenkönigin Ruta Skadi, als ihr Dæmon Sergi in einen Abgrund gerissen wird – und Asriel erkennt, dass auf diese Weise auch Engel getötet werden können.
Der Panzerbär Iorek Byrnison stellt Asriel wegen der Folgen seiner Rebellion gegen die Autorität zur Rede und verrät ihm, dass Lyra im Totenreich lebt. Zurück im Lager berichtet Asriel dies Coulter; gemeinsam erkennen die Eltern an, wie außergewöhnlich ihre Tochter ist.
Im Totenreich überreden Lyra und Will die Harpyien, alle Verstorbenen im Tausch gegen ihre Lebensgeschichten aus dem Fegefeuer ziehen zu lassen. Will begegnet seinem Vater John Parry wieder, der ihn drängt, seinen Dæmon zu finden und in die eigene Welt zurückzukehren.
Lyra und Will führen die Toten zum höchsten Punkt des Fegefeuers, wo Will ein Fenster öffnet. Nach dem Abschied von Roger und Lee treten die Verstorbenen hindurch und lösen sich auf, um eins mit dem Universum zu werden. Ihr Handeln zieht Metatrons Zorn auf sich, während Asriel und Coulter sich auf den Machtkampf mit dem Regenten vorbereiten.
