Die Auftaktfolge beginnt in einer albtraumhaften Parallelwelt: Dort haben Mark und sein Vater Nolan die Erde als viltrumitische Eroberer unterworfen, und Invincible tötet den Helden Immortal gnadenlos. Tief unter der Erde hat Robot – zurück in seinem entstellten Körper – einen Zufluchtsort für die letzten Menschen errichtet; hier taucht erstmals Angstrom Levy auf, der durch ein grünes Portal entkommt, während Mark eine geschundene Atom Eve lähmt. Es ist nur eine von unzähligen Alternativrealitäten – ein Blick auf Marks schlimmste Befürchtung.
In der eigentlichen Handlung versucht Mark, nach dem verheerenden Kampf gegen seinen Vater in Chicago in ein normales Leben zurückzufinden. Die GDA hat Nolans Tod vorgetäuscht; Mark und seine Mutter Debbie kämpfen mit den Folgen. Besonders Debbie zerbricht fast an dem Verrat: Ihr Mann tötete Hunderte Unschuldige, wollte den eigenen Sohn umbringen und bezeichnete sie als sein „Haustier".
Angstrom Levy, der Portale zwischen den Dimensionen öffnen kann, befreit die Mauler-Zwillinge aus dem Gefängnis, damit sie ihm eine dimensionsübergreifende Maschine bauen. Sein Ziel: Zugang zu jeder Alternativwelt, um als „Prometheus des Multiversums" das Wissen einer Realität an die nächste weiterzugeben – von Heilmitteln gegen Krebs bis hin zu dem Wissen, wie man Invincible und Omni-Man besiegt, da Mark und Nolan in den meisten Universen gemeinsame Sache machen.
Mark plagt die Schuld an den Toten von Chicago; er will zurück ins Heldengeschäft, doch Cecil erkennt in ihm die Wut seines Vaters und hält ihn zurück. Die neuen Guardians of the Globe kommen kaum zurecht, weshalb Cecil den Helden Immortal und den Neuzugang Bulletproof ins Team holt, während Robot sich nur schwer an seinen neuen Klonkörper gewöhnt.
Als Mark die Maschine der Zwillinge sabotieren will, beschwört Angstrom Varianten der Mauler herauf – sprengt die Anlage aber selbst, um zu verhindern, dass sie Mark töten und damit seine Mission moralisch beschmutzen. Cecil und die Guardians schreiben Mark den vermeintlichen Sieg zu. Doch aus den Trümmern kriecht ein überlebender Mauler und findet einen entstellten Angstrom: Sein Verstand ist mit den Erinnerungen all seiner Multiversum-Varianten verschmolzen – wahnsinnig geworden und auf Rache an Invincible aus.