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Die Auftaktfolge beginnt in einer albtraumhaften Parallelwelt: Dort haben Mark und sein Vater Nolan die Erde als viltrumitische Eroberer unterworfen, und Invincible tötet den Helden Immortal gnadenlos. Tief unter der Erde hat Robot – zurück in seinem entstellten Körper – einen Zufluchtsort für die letzten Menschen errichtet; hier taucht erstmals Angstrom Levy auf, der durch ein grünes Portal entkommt, während Mark eine geschundene Atom Eve lähmt. Es ist nur eine von unzähligen Alternativrealitäten – ein Blick auf Marks schlimmste Befürchtung.
In der eigentlichen Handlung versucht Mark, nach dem verheerenden Kampf gegen seinen Vater in Chicago in ein normales Leben zurückzufinden. Die GDA hat Nolans Tod vorgetäuscht; Mark und seine Mutter Debbie kämpfen mit den Folgen. Besonders Debbie zerbricht fast an dem Verrat: Ihr Mann tötete Hunderte Unschuldige, wollte den eigenen Sohn umbringen und bezeichnete sie als sein „Haustier".
Angstrom Levy, der Portale zwischen den Dimensionen öffnen kann, befreit die Mauler-Zwillinge aus dem Gefängnis, damit sie ihm eine dimensionsübergreifende Maschine bauen. Sein Ziel: Zugang zu jeder Alternativwelt, um als „Prometheus des Multiversums" das Wissen einer Realität an die nächste weiterzugeben – von Heilmitteln gegen Krebs bis hin zu dem Wissen, wie man Invincible und Omni-Man besiegt, da Mark und Nolan in den meisten Universen gemeinsame Sache machen.
Mark plagt die Schuld an den Toten von Chicago; er will zurück ins Heldengeschäft, doch Cecil erkennt in ihm die Wut seines Vaters und hält ihn zurück. Die neuen Guardians of the Globe kommen kaum zurecht, weshalb Cecil den Helden Immortal und den Neuzugang Bulletproof ins Team holt, während Robot sich nur schwer an seinen neuen Klonkörper gewöhnt.
Als Mark die Maschine der Zwillinge sabotieren will, beschwört Angstrom Varianten der Mauler herauf – sprengt die Anlage aber selbst, um zu verhindern, dass sie Mark töten und damit seine Mission moralisch beschmutzen. Cecil und die Guardians schreiben Mark den vermeintlichen Sieg zu. Doch aus den Trümmern kriecht ein überlebender Mauler und findet einen entstellten Angstrom: Sein Verstand ist mit den Erinnerungen all seiner Multiversum-Varianten verschmolzen – wahnsinnig geworden und auf Rache an Invincible aus.
Der Abschlusstag an der Highschool beginnt ohne Mark Grayson: Während seine Freunde Amber, Eve und William auf ihn warten, liefert er sich am Washington Monument ein Rückkampf-Duell mit Doc Seismic. Trotz erheblicher Schäden am Denkmal ringt Mark den Schurken nieder und schafft es gerade noch rechtzeitig zur Zeremonie.
Der Verrat seines Vaters Nolan lastet weiter schwer auf der Familie. Mark und seine Mutter Debbie streiten darüber, wie viel Zeit er als Invincible aufwenden muss und ob überhaupt noch Raum für ein normales Leben bleibt. Debbie kämpft zugleich mit einer tiefen Depression – und ist fassungslos, als sie Donald lebend wiedersieht, dem Nolan einst die Wirbelsäule herausriss.
Um sich abzulenken, überrascht Mark seine Freundin Amber und fliegt mit ihr zum Mittagessen nach Las Vegas. Atom Eve besucht unterdessen ihre Pflegeeltern und stellt fest, dass diese in finanziellen Nöten stecken; sie versucht mit selbst erschaffenen Wertgegenständen auszuhelfen. Bei den neu formierten Guardians of the Globe treibt der Immortal das Training gnadenlos voran, während Rex sich mit Dupli-Kate herumschlägt.
Über allem schwebt eine größere Bedrohung: Eine an die NASA angelehnte Raumbehörde bespricht die Nachwirkungen der Mars-Mission aus der ersten Staffel. Die formwandelnden Sequiden greifen nach der Kontrolle – und es zeigt sich, dass der Astronaut Rus Livingston längst von einem dieser Wesen übernommen wurde, worauf auch der skurrile Episodentitel anspielt.
Mit dieser Folge beginnt für Mark Grayson ein neuer Lebensabschnitt: Er zieht zum Studium ins College, teilt sich ein Zimmer mit William und verbringt eine erste gemeinsame Nacht mit seiner Freundin Amber. Kaum hat sich Mark eingelebt, rückt seine Superheldenrolle wieder in den Vordergrund – der Alltag zwischen Vorlesungen und Einsätzen als Invincible lässt sich nur schwer trennen.
Ein großer Teil der Episode gehört Allen dem Alien und trägt in den Titeleinblendungen sogar dessen Namen. Ein Erzähler schildert, wie der Planet Unopa einst von den Viltrumiten unterworfen wurde und der Koalition der Planeten beitrat. Die Unopaner erschufen Allen als Kraftprobe gegen die Viltrumiten und als Späher, der nach jemandem sucht, der sie besiegen könnte. Allen berichtet der Koalition von Invincible, doch das Gremium misstraut allen Viltrumiten. Thaedus äußert den Verdacht, dass die Viltrumiten den Rat unterwandert haben.
Beim Essen wird Allen von drei Viltrumiten gestellt, die bestätigen wollen, dass Omni-Man auf der Erde ein Kind gezeugt und seinen Posten verlassen hat. Als Allen die Antworten verweigert, schlagen sie ihn brutal nieder. Thaedus greift ein, um seinen Verbündeten aus der ausweglosen Lage zu holen – ein Wendepunkt, der Allens Rolle im größeren Konflikt neu definiert.
Parallel dazu entwickeln sich mehrere persönliche Handlungsstränge. Rudy, früher als Robot bekannt, arbeitet daran, seine Angst buchstäblich aus seinem Gehirn zu entfernen, und wagt mit Monster Girl ein erstes Date im Kino. Debbie besucht eine Selbsthilfegruppe für Angehörige von Superhelden und lernt dort Theo kennen. Beim Gespräch stellt sich heraus, dass Omni-Man Theos Partner, den Green Ghost, getötet hat – eine Wahrheit, die Debbie schwer belastet.
Am Ende führt der als Seance Dog getarnte Nuolzot vom Planeten Thraxa Invincible zu seinem Volk, das von einem verheerenden Meteoritenschauer bedroht wird. Mark sagt trotz Cecils Bedenken seine Hilfe zu. Doch als der gestaltwandelnde Bote ihn zu seinem König bringt, steht Mark unversehens seinem eigenen Vater gegenüber: Nolan alias Omni-Man. Auf diesem Cliffhanger endet die Folge.
Die Mid-Season-Finale der zweiten Staffel beginnt mit einem Rückblick auf Nolans Weg nach seinem Verschwinden von der Erde. Orientierungslos treibt Omni-Man durchs All und entgeht nur knapp dem Sog eines Schwarzen Lochs. Dabei rettet er eine Gruppe Thraxaner vor demselben Schicksal und findet auf ihrem Planeten Thraxa eine neue Heimat.
In der Gegenwart folgt Mark einem Hilferuf und trifft dort auf seinen Vater. Nolan eröffnet ihm, dass er die Thraxanerin Andressa geheiratet hat und mit ihr einen Sohn bekam. Weil Thraxaner sehr schnell altern, ist der Halbbruder bereits ein Kleinkind, hat aber noch keinen Namen – nach thraxanischer Sitte wählen Kinder ihn selbst, wenn sie erwachsen werden. Der Junge ist im Grunde ein halb-thraxanischer Viltrumit.
Mark reagiert fassungslos und wütend: Nolan hat ihn und Debbie ohne jede Aussprache zurückgelassen, gründet nun auf einem fremden Planeten eine neue Familie und hat Mark unter einem Vorwand herbeigelockt. Der zaghaft wieder wachsende Draht zwischen Vater und Sohn droht sofort zu zerbrechen.
Da greifen drei viltrumitische Krieger Thraxa an. Nolan schickt Mark, um Andressa und das Baby in Sicherheit zu bringen, während er sich den Angreifern stellt. Der Viltrumit Lucan spürt Mark auf und fordert ihn heraus, sich seines Erbes würdig zu erweisen. Als Lucan Andressa und das Kind töten will, greift Invincible ein und verschafft ihnen einen Vorsprung. Schließlich taucht Omni-Man auf, schlitzt Lucan den Bauch auf und pfählt ihn.
Dass sein Vater ihn erneut belogen und benutzt hat, bricht in Mark den alten Zorn wieder auf. Er hält Nolan dessen frühere Taten vor, für die es bis heute keine Entschuldigung gab, wendet sich ab und fliegt davon.
Auf der Erde herrscht derweil gedrückte Stimmung bei Debbie, Atom Eve und Donald. Einer der schwer verbrannten Mauler-Zwillinge erschafft einen weiteren Klon. Und Donald findet an der Stelle, an der er einst starb, seine Brille wieder – ein Hinweis, dass mit ihm mehr nicht stimmt, als er selbst ahnt.
Die Folge knüpft direkt an Marks brutalen Kampf gegen die Viltrumiten an: Schwer verletzt wird Invincible von zwei Einheimischen gefunden und in die verwüstete Hauptstadt von Thraxa gebracht. Zwei Monate später hat sich Mark vollständig erholt, hilft beim Wiederaufbau des Planeten – und erfährt, dass ein Raumschiff bereitsteht, um ihn zur Erde zurückzubringen.
Andressa, die Frau von Marks Vater auf Thraxa, bittet ihn, seinen kleinen, violetthäutigen Halbbruder mit auf die Erde zu nehmen. Mark willigt ein und tritt die Rückreise mit dem Säugling an.
Zu Hause angekommen, sorgt Mark mit dem Baby für einen gehörigen Schock bei seiner Mutter Debbie. Dennoch erklärt sie sich bereit, auf das Kind aufzupassen, damit Mark ans College zurückkehren kann.
Im Pentagon stellt Donald Ferguson Cecil Stedman zur Rede – und Cecil eröffnet ihm die verstörende Wahrheit: Donalds Gehirn befindet sich inzwischen in einem Cyborg-Körper.
Als Mark ans College zurückkehrt, konfrontiert Cecil ihn mit seinem langen Verschwinden. Während seiner Abwesenheit wären die Guardians of the Globe beinahe vernichtet worden, als eine Sequid-Invasion und ein Angriff der Lizard League zeitgleich über die Erde hereinbrachen.
Die Episode setzt am Ende der blutigen Auseinandersetzung zwischen den Guardians of the Globe und der Lizard League an. King Lizard hält Rex Splode eine Waffe an den Kopf und drückt ab – Rex überlebt den Schuss jedoch wie durch ein Wunder, streckt King Lizard nieder und bricht erst danach zusammen, um auf der Intensivstation behandelt zu werden. Auch Shrinking Rae kommt mit dem Leben davon, während Dupli-Kate den Kampf nicht überlebt.
Im Weltraum gelingt es dem Team nach einem harten Kampf, Rus aus der Gedankenkontrolle zu befreien und den Angriff der Sequids auf die Erde abzuwenden. Mark vollbringt dabei eine gewaltige Kraftanstrengung, um allen die Flucht zu ermöglichen.
Die emotionalen Nachwirkungen sind spürbar: Immortal ist besonders erschüttert, da er mit Dupli-Kate zusammen war, als sie starb. Eve vergießt eine Träne um Rex, mit dem sie in der ersten Staffel liiert war. Zugleich gerät Marks Beziehung zu Amber unter Druck, während beide mit den Folgen seines Heldendaseins für ihr Studium ringen.
In einer Szene während des Abspanns kehrt Angstrom Levy schließlich in seine ursprüngliche Dimension zurück – mit dem festen Ziel, Invincible zu finden und zu töten.
In der vorletzten Episode der zweiten Staffel wird Mark gleich an mehreren Fronten gefordert. Mit Anissa tritt eine neue Viltrumitin auf den Plan, die nicht nur stärker als Invincible, sondern sogar schneller als Nolan ist. Cecil und Donald müssen einsehen, dass sie keine Möglichkeit haben, sie lange genug festzuhalten, um sie mit ihren Waffen zu treffen. Der Kampf bringt Mark körperlich wie mental an seine Grenzen.
Emotional trifft ihn die endgültige Trennung von Amber am härtesten. Nachdem sie von Anissa bedroht wurde, macht Amber Schluss – ihr wird klar, dass sie in Marks Doppelleben als Invincible nie wirklich ihren Platz finden wird. Parallel dazu unterstützt Mark Atom Eve im Kampf gegen den Schurken Octoboss und verdient sich damit Rex' Dankbarkeit.
Ein zentraler Handlungsstrang widmet sich Donald. Cecil zeigt ihm Aufnahmen, auf denen Donald dutzende Male stirbt und jedes Mal wieder zusammengesetzt wird. Die Enthüllung offenbart, dass Donald sich selbst dafür entschieden hat, seine Erinnerungen löschen zu lassen, um dem Trauma dieser wiederholten Tode zu entgehen.
Im weiteren Verlauf lädt Paul Debbie nach der Arbeit zu einem Date ein, dem sie zusagt. Allen der Außerirdische beweist im Kampf gegen Anissa, dass er es mit einem hochrangigen Viltrumiten aufnehmen kann, lässt sich jedoch bewusst gefangen nehmen, um Omni-Man vor seiner bevorstehenden Hinrichtung zu retten.
Während Nolan Grayson in einem viltrumitischen Gefängnisschiff seiner Hinrichtung entgegensieht und eine Inspektion unter General Kregg übersteht, kehrt sein Sohn Mark nach Hause zurück – und findet dort seine Mutter Debbie und seinen kleinen Bruder Oliver in der Gewalt des Superschurken Angstrom Levy.
Mark erkennt seinen Widersacher zunächst nicht wieder. Erst als Angstrom ihn an ihre frühere Begegnung erinnert, die ihn körperlich entstellt und geistig gebrochen zurückließ, wird Mark klar, wen er vor sich hat. Angstrom macht Mark für den Ruin seiner Pläne verantwortlich und nutzt seine Fähigkeit, Portale zwischen den Dimensionen zu öffnen, um seinen Gegner in fremde Welten zu verbannen.
Immer wieder schleudert Angstrom ihn durch das Multiversum – unter anderem auf eine Welt mit intelligenten, mörderischen Dinosauriern und in eine Realität mit einem deutlichen Spider-Man-Abklatsch. Die Sprünge lösen bei Mark traumatische Erinnerungen an die bösen Varianten seiner selbst aus, gegen die andere Versionen von ihm gekämpft haben.
Schließlich bietet Mark an, sich im Austausch für das Leben seiner Familie zu ergeben. Angstrom lehnt ab und kündigt an, nicht nur Mark, sondern jeden zu töten, den er liebt. Als Debbie ihn angreift, bricht Angstrom ihr den Arm und droht, Olivers Kopf zu zerquetschen.
Außer sich vor Wut prügelt Mark seinen Gegner quer durch die Dimensionen, bis sie eine öde, verlassene Erde erreichen. Dort schlägt er so lange auf Angstrom ein, bis er über und über mit dessen Blut bedeckt ist – und tötet ihn. Erschüttert über sein eigenes Ausmaß an Gewalt und von der Angst geplagt, seinem Vater immer ähnlicher zu werden, bleibt Mark allein und orientierungslos zurück.
Gerettet wird er ausgerechnet von einer zukünftigen Inkarnation der Guardians of the Globe. Deren Version von Atom Eve legt ihm nahe, seiner eigenen Eve endlich seine Gefühle zu gestehen. Zurück auf seiner Erde besucht Mark die verletzte Debbie im Krankenhaus, bricht sein Studium ab, um an sich und seiner Selbstbeherrschung zu arbeiten, und nähert sich Eve wieder an.