In der vorletzten Episode der zweiten Staffel wird Mark gleich an mehreren Fronten gefordert. Mit Anissa tritt eine neue Viltrumitin auf den Plan, die nicht nur stärker als Invincible, sondern sogar schneller als Nolan ist. Cecil und Donald müssen einsehen, dass sie keine Möglichkeit haben, sie lange genug festzuhalten, um sie mit ihren Waffen zu treffen. Der Kampf bringt Mark körperlich wie mental an seine Grenzen.
Emotional trifft ihn die endgültige Trennung von Amber am härtesten. Nachdem sie von Anissa bedroht wurde, macht Amber Schluss – ihr wird klar, dass sie in Marks Doppelleben als Invincible nie wirklich ihren Platz finden wird. Parallel dazu unterstützt Mark Atom Eve im Kampf gegen den Schurken Octoboss und verdient sich damit Rex' Dankbarkeit.
Ein zentraler Handlungsstrang widmet sich Donald. Cecil zeigt ihm Aufnahmen, auf denen Donald dutzende Male stirbt und jedes Mal wieder zusammengesetzt wird. Die Enthüllung offenbart, dass Donald sich selbst dafür entschieden hat, seine Erinnerungen löschen zu lassen, um dem Trauma dieser wiederholten Tode zu entgehen.
Im weiteren Verlauf lädt Paul Debbie nach der Arbeit zu einem Date ein, dem sie zusagt. Allen der Außerirdische beweist im Kampf gegen Anissa, dass er es mit einem hochrangigen Viltrumiten aufnehmen kann, lässt sich jedoch bewusst gefangen nehmen, um Omni-Man vor seiner bevorstehenden Hinrichtung zu retten.
