Das Zylonische Imperium täuscht den Zwölf Kolonien vor, nach Frieden zu streben. Dann überfallen sie die unvorbereiteten Kolonien und zerstören die Kampfstern-Flotte des Militärs. Ein überlebender Kampfstern, die Galactica, sammelt unter dem Kommando von Commander Adama die verbleibenden Menschen und führt sie auf die Suche nach der legendären 13. Kolonie namens Erde.
Apollo und Starbuck entdecken eine Leere im Weltraum. Commander Adama ist überzeugt, dass diese Leere sie zum Planeten Kobol führen wird und befiehlt, dass sie durchflogen wird.
Während Commander Adama die Schiffsflotte zum Planeten Kobol führt, wo er Hinweise auf den Standort der Erde finden will, erkranken die Viper-Piloten an einer Krankheit, die es für die Frauen erforderlich macht, Patrouillendienste zu übernehmen. Währenddessen führt der Verräter Baltar die Zylonen bei einem Angriff gegen die Galactica an.
Apollo ist auf einem Planeten gestrandet dessen Bewohner den Lebensstil ähnlich dem im Wilden Westen führen. Er trifft dort auf eine Frau und ihren Sohn ... und einen beschädigten Zylon, bekannt als Rotauge, der zu einem berüchtigten Revolverhelden geworden ist.
Starbuck soll eine neue ultraschnelle, aber unbewaffnete Viper mit einem sprechenden Computer namens CORA testen. Als er jedoch auf einen Schwarzhändler trifft, der die Viper stiehlt, wird Starbuck von der galaktischen Polizei eines Gefängnisplaneten festgenommen.
Baltar versucht, die Galactica in Reichweite einer riesigen Pulsarkanone zu locken. Adama wird auf die Falle aufmerksam und schickt ein Team, um sie zu zerstören.
Apollo und Starbuck führen eine Gruppe von Sträflingen auf einer möglichen Selbstmordmission an, um die Kanone zu zerstören, die sich auf einem eisigen Planeten befindet.
Nachdem ein zylonischer Angriff den größten Teil der Nahrungsmittelversorgung der Flotte zerstörte, muss die Galactica auf einem ländlichen Planeten Getreide eintauschen, der von den Borays beheimatet ist, einer Gruppe undurchsichtiger Plünderer.
Starbuck stürzt auf dem Planeten Trillion ab, auf dem die Zylonen bis auf eine Gruppe von Kindern, alle Menschen vernichtet hatten. Die Kinder sind voll von Rache und Hass auf die Zylonen und hoffen noch immer ihre versklavten Väter retten zu können.
Während der Patrouille treffen Apollo und Starbuck auf den vermeintlich verlorenen Kampfstern Pegasus, der von der lebenden Legende Commander Cain kommandiert wird.
Der freche Commander Cain besteht darauf, dass sich die Galactica an einem Frontalangriff auf die Zylonen beteiligt - ein Angriff, den Adama für eine Selbstmordmission hält.
Ein zylonischer Kamikaze-Angriff lässt die Galactica im Weltraum brennen und kann das Feuer, das Boomer, Athena und Boxey gefangen hat, nur durch einen gefährlichen Weltraumspaziergang von Apollo und Starbuck löschen.
Die Flotte wird von leuchtenden Lichtern geplagt, die ständig an ihnen vorbeifliegen. Sie befürchten, noch immer von den Zylonen verfolgt zu werden. Da finden Apollo, Starbuck und Sheba die Überreste eines Schiffswracks mit einem mysteriösen und scheinbar allmächtigen Wesen namens Graf Iblis, das ihren größten Wunsch erfüllt: Baltar einzufangen.
Dem Rat der Zwölf verspricht Graf Iblis drei weitere Wünsche zu erfüllen. Im Gegenzug sollen sie das Kommando der Galactica an ihn abtreten. Commander Adama stellt dabei die Kräfte des Außerirdischen auf die Probe und enthüllt so auch die wahre Identität von Graf Iblis.
Ein alter Betrüger namens Chameleon trifft Starbuck und überzeugt ihn, möglicherweise sein Vater zu sein. Er hofft auf Starbucks Hilfe um einem Trio blutrünstiger Borellianern zu entgehen, die ihn im Auftrag eines anderen Betrügers suchen.
Während eines populären Sportereignisses wird Starbucks Rivale ermordet. Alle Beweise deuten auf Starbuck als Täter hin und Apollo ist die einzige Person, die noch an Starbucks Unschuld glaubt.
Als Apollo und Starbuck ein primitives Schiff mit einem Mann, einer Frau und vier Kindern im Kälteschlaf finden, spekuliert die Flotte, dass die Menschen möglicherweise von der Erde stammen könnten.
Nachdem Apollo und Starbuck ein primitives Schiff mit einem Mann, einer Frau und vier Kindern im Kälteschlaf gefunden und wiederbelebt hatten, enthüllen diese, dass sie von einem Planeten namens Terra stammen, einem erdähnlichen Planeten, der sich im Krieg mit der bösen Ostallianz befindet.
Als Baltar seine Flucht mit Hilfe der drei Borellianer und der Eastern Alliance Enforcer plant, werden Mitglieder des Rates der Zwölf als Geiseln genommen, und Adama muss den Forderungen der Flüchtlinge nachgeben.
Apollo und Starbuck folgen dem entkommenen Schiff der Ostallianz zurück nach Terra, wo sie den Terranern helfen, einen nuklearen Holocaust zu überwinden, mit Hilfe der weißen Lichter, die ihnen zuvor geholfen hatten, Graf Iblis zu besiegen.
Starbuck trifft auf seine lange verlorene Geliebte Aurora, die sich einer Gruppe angeschlossen hat, welche versucht, das Passagierschiff Celestra von seinem angeblich diktatorischen Kapitän zu befreien.
Starbuck trifft auf einem Empfang für Commander Kronus seine alte Liebe Aurora wieder. Nach den Feierlichkeiten folgt er ihr heimlich auf den Kampfstern Celestra. Dort ist gerade eine Meuterei gegen Kronus im Gange.
Ein fremder Zerstörer bedroht die Galactica. Apollo und Starbuck ersinnen einen Plan, um ihrem unterlegenen Kampfstern eine Chance einzuräumen: Mit einem eroberten feindlichen Streiter lenken sie die Zylonen auf ihren Gegner.
