Die Protostar ist im Protowarp unterwegs zur neuen USS Voyager-A. Doch als das Schiff aus dem Protowarp fällt, kommt es zu einem merkwürdigen Flackern, und auch Gwyns temporaler Stabilisator setzt kurz aus. Die Wiedervereinigung mit der Voyager hat unerwartete Nebenwirkungen.
Die Cadetten beamen an Bord und werden vom Doktor empfangen. Statt Janeway erwartet sie jedoch Admiral Edward Jellico – ein untrügliches Zeichen dafür, dass sie in einer anderen Realität gelandet sind.
Von da an springt die Crew zwischen wechselnden Paralleluniversen hin und her. In einem davon geraten sie ausgerechnet ins berüchtigte Spiegeluniversum, in dem vertraute Gesichter eine deutlich finsterere Version ihrer selbst zeigen.
Die Spiegel-Janeway tritt in Lederuniform auf, mit zurückgekämmtem Haar, Narbe und einem Borg-Implantat, während der Spiegel-Chakotay den klassischen Bart des Spiegeluniversums trägt. Zwischen zahlreichen augenzwinkernden Anspielungen – etwa auf Captain Tuvix – müssen die Cadetten einen Weg zurück in ihre eigene Wirklichkeit finden.