Nur noch die Loom stehen zwischen den Helden und ihrer Mission, die Protostar zurück nach Tars Lamora zu bringen – und damit das Prime-Universum zu heilen. Mit umkonfigurierten Schilden und Phaserfeuer arbeiten sich Voyager und Protostar den Zeitstrom hinauf, doch der Weg durch den Loom-Schwarm ist kein Computer imstande zu berechnen.
Die Rettung kommt aus einer unerwarteten Abteilung: Gillian in Voyagers Cetacean Ops. Die Navigations-Wale finden einen Pfad durch den Schwarm, wo die Bordsysteme versagen – ein seltener, wunderbarer Blick auf eine sonst kaum gezeigte Sternenflotten-Abteilung.
Beim Durchflug offenbart Wesley Dal, dass der eigentliche Grund, warum die Crew zusammenbleiben muss, noch bevorsteht – etwas zugleich „Wunderbares“ und „Schreckliches“. Als sich temporale Echos der Protostar wie geisterhafte Schiffe entlang des Wurmlochs zeigen, wird sichtbar, wie sich die Zeitlinie selbst wiederherstellt.
Damit alles stimmt, muss die Protostar exakt in den Zustand zurückversetzt werden, in dem Dal und Rok sie einst fanden – auch die Hologramm-Janeway müsste gelöscht werden. Doch der Doktor sichert sie auf ein MHN-Modul, sodass ihre über die Jahre gesammelten Erinnerungen erhalten bleiben. Dal legt das Sternenflotten-Emblem an genau die Stelle zurück, an der er es gefunden hat – ein Moment voller Wehmut und geschlossener Kreise.
Die Protostar verlässt das Wurmloch und landet punktgenau auf Tars Lamora, bereit, von Dal und Rok entdeckt zu werden. Die Helden kehren mit nur noch einem Schiff nach Solum zurück und leiten eine Ära der Zusammenarbeit mit den Vau N’Akat ein.
Im Epilog kehrt die Crew an die Sternenflottenakademie zurück. Janeway zieht sich vorerst auf eine ruhige Farm zurück, Chakotay übernimmt die Voyager-A, und Wesley besucht seine Mutter Beverly – die ihm ihren Sohn, den kleinen Jack Crusher, vorstellt. Doch am First-Contact-Day 2385 greifen Synth-Androiden die Werften über dem Mars an. Da sie selbst nicht mehr ins All aufbricht, übergibt Janeway den jungen Helden ein eigenes Schiff der Protostar-Klasse: die U.S.S. Prodigy. Dal überlässt Gwyn das Kommando und wird ihr Erster Offizier – auf zu neuen Abenteuern unter den Sternen.