Nach der Entdeckung eines 1936er Ford-Lastwagens im Weltraum, findet die Voyager eine Reihe von Kryostasekammern mit Entführten von der Erde der 30er Jahre, darunter Amelia Earhart und ihr Navigator. (Sternzeit: 48975,1)
Als der Doktor während eines roten Alarms aktiviert wird, erfährt er, dass das Schiff aufgegeben wurde und nur noch B'Elanna Torres und ein verletzter Captain Janeway an Bord geblieben sind.
Als die Besatzung der Voyager eine Ansammlung von Lebensformen im Weltraum untersucht, wird Kes in eine Phase ihres Lebens gezwungen, die als "Elogium" bekannt ist. Dies ist die einzige Zeit in ihrem Leben, in der sie eine Familie haben kann. (Sternzeit: 48921,3)
Harry Kim wacht eines Morgens auf und stellt fest, dass er mit seiner Freundin Libby wieder in San Francisco auf der Erde ist. Um ihm dabei zu helfen, die Realität wiederherzustellen, bittet er um Hilfe bei einer zwielichtigen Person namens Tom Paris, der keine Ahnung hat, wer Harry ist. (Sternzeit: 49011)
Ein räumlicher Verzerrungsring beginnt, das interne Layout der Voyager neu zu konfigurieren. Da die Besatzung nicht in der Lage ist, lebenswichtige Systeme zu erreichen, und Captain Janeway durch den Kontakt mit der Anomalie verletzt wurde, wird das Schiff langsam verbogen während der Ring implodiert und damit das Leben der Besatzung gefährdet.
Als Neelix und Paris sich auf einem Planeten befinden, der als "Höllenplanet" bezeichnet wird, werden sie zu unfreiwilligen Eltern eines fremden Säuglings, der dem Tode nahe ist. In der Zwischenzeit erscheint ein Schiff und beginnt, die Voyager anzugreifen.
Captain Janeway beginnt Charaktere und Gegenstände aus ihrem Holo-Roman im Schiff zu sehen. Bald darauf beginnt die Besatzung nach und nach in einen katatonischen Zustand zu fallen, während nur Kes und der Doktor davon unberührt bleiben.
Als Chakotay ein Kultursymbol auf einem Planeten entdeckt, mit dem seine indianischen Vorfahren "das Land heilen" wollten, versucht er, mit den Wesen in Verbindung zu treten, die sein Stamm "Himmelsgeister" nannte.
Die Crew der Voyager nimmt Kontakt mit Suspiria, der Partnerin des Führsorgers, auf. Kes trifft sich dabei mit den Nachkommen anderer Ocampa auf Suspirias Phalanx, die vor über 300 Jahren die Heimatwelt verließen. Bald werden Kes geistige Fähigkeiten so groß, dass sie sie nicht mehr kontrollieren kann und Tuvok dabei fast getötet wird. (Sternzeit: 49164,8)
Tuvok und B'Elanna werden bei einer Aussenmission gefangen genommen und inhaftiert, bei der sie versuchten eine chemische Substanz zu erhalten, die für die Systeme der Voyager unerlässlich ist. Janeway wird dabei bewusstlos geschlagen und von einem Mann gerettet, der glaubt, sie sei seine Tochter.
Nachdem B'Elanna einen Roboter gefunden und repariert hat, der im Weltraum gefunden wurde, wird sie entführt und gezwungen, einen neuen Roboter-Prototyp zu entwerfen. Andernfalls wird die Voyager zerstört.
Janeway versucht, sich mit einer Kazon-Sekte zu ihrem eigenen Schutz zusammenzuschließen, damit sie ihre Reise durch den Delta-Quadranten fortsetzen können.
Nachdem er eine neue Art Dilithium gefunden hat, das bei höheren Temperaturen funktioniert, kommt Paris auf die geniale Idee, damit die Transwarpschwelle zu überschreiten, um schneller nach Hause zu kommen. Der erste Test läuft sehr gut und Paris schafft es, die Transwarp-Schwelle mit einem Schuttle zu überschreiten. Dann verschwindet Tom und Harry kann ihn innerhalb von fünf Parsecs nirgends finden. Tom gelingt es irgendwie, durch den Subraum zur Voyager zurückzukehren, aber es gibt unvorhergesehene Nebenwirkungen seiner Transwarp-Reise: Er beginnt zu mutieren.
Um Suder, einem Psychopathen, der ein Besatzungsmitglied getötet hat, zu helfen, führt Tuvok eine Gedankenverschmelzung durch. Bald darauf zeigt Tuvok gewalttätige Tendenzen, die sich entwickeln, bis er die Kontrolle verliert.
Als die Voyager im Delta-Quadranten auf ein cardassianisches Raketenschiff mit dem Namen 'Dreadnought' stößt, muss B'Elanna es deaktivieren, bevor es einen Planeten mit Millionen unschuldigen Leben zerstört. (Sternzeit: 49447)
Nachdem der Doktor eine vidiianische Patientin aufgenommen hat, die kurz davor ist, an der Fresszelle zu sterben, überträgt der Doktor ihr Bewusstsein in den Computer des Schiffes und erstellt einen holographischen Körper. Er fühlt sich bald tief von ihr angezogen. (Sternzeit: 46504,3)
Ein Unfall in einer Plasmawolke dupliziert die Voyager, nachdem sie von den Vidiianern angegriffen wurde. In der Folge wird das Schiff schwer beschädigt, das Baby von Fähnrich Wildman stirbt und Harry Kim wird durch einen Hüllenbruch ins All gesaugt. (Sternzeit: 49548,7)
Die Crew der Voyager trifft auf einen Planeten, der kürzlich in eine Eiszeit eingetreten ist. Sie entdecken eine Reihe von Stasis-Kammern, in denen eine kleine Gruppe von Menschen geistig mit einer künstlichen Umgebung verbunden ist, die sich furchtbar verkehrt hat.
Als sich Captain Janeway und Chakotay mit einem unheilbaren Virus infizieren, werden sie auf einem Planeten zurückgelassen, der sie vor den Auswirkungen der Krankheit abschirmt. Während Janeway nach einem Heilmittel sucht, beginnt sie eine tiefere Beziehung zu ihrem ersten Offizier. An Bord der Voyager steht Tuvok, der jetzt das Kommando führt, vor einer Meuterei. (Sternzeit: 49690,1)
Die Voyager erhält ein Notsignal von Seska, die behauptet, Maje Culluh werde ihr Baby wegnehmen. Ein Baby, von dem sie sagt, es sei das Kind von Chakotay. Chakotay ist skeptisch, kann aber nicht das Risiko eingehen, sein Kind im Stich zu lassen, sollte es sich wirklich als solches erweisen.
Janeway autorisiert eine Mission zur Rettung von Chakotays vermeintlichem Kind und das Schiff fliegt tief in das Gebiet der Kazon Nistrim. Allerdings: War Seska ehrlich oder ist das alles eine komplizierte Falle?
