Das Führungsteam der Expedition war durch das Stargate, das in Atlantis nun durch ein ZPM versorgt wird, zurück auf die Erde gegangen. Dort wurde neues Personal ausgewählt und Major Sheppard zum Lieutenant Colonel befördert, damit er auch weiterhin die Führung des Militärpersonals in Atlantis übernehmen kann.
Während eines Routineeinsatzes greift plötzlich ein Wraith-Jäger an und nimmt McKay und Lt. Laura Cadman mit seinem Dematerialisierungsstrahl in seinem Speicher gefangen.
Sheppards Team trifft auf eine relativ hoch entwickelte Zivilisation. Sie konnte sich nur so weit entfalten, weil sich das Gate auf einer Gefängnisinsel befindet.
Ein Dorf wird in regelmäßigen Abständen von einem Wraith heimgesucht. Die Bewohner denken, dass er der einzige Überlebende eines vor zehn Jahren abgestürzten Wraithschiffes ist. Das Team bietet an, den Wraith zu jagen.
Im Kampf mit dem Wraith-Mädchen wurde Sheppard verletzt und mit ihrem Blut infiziert. Der unfertige Retrovirus verändert nun auch seinen Körper in Richtung des Iratuskäfers.
Agent Barret vom NID überbringt General Landry im Stargate-Center schlechte Nachrichten: Die Goa'uld haben eine Bombe in Atlantis eingeschleust, die beim nächsten Anwählen des Stargates explodiert.
Sheppards Team entdeckt, dass ein Dorf von dem Adel tyrannisiert wird. Zu ihrer Überraschung stellen sie fest, dass der Adel in einem Nachbau der zentralen Turmspitze von Atlantis residiert und jederzeit Drohnen abfeuern kann.
Major Lornes Team wird vermisst und Ladon Radim von den Genii meldet sich in Atlantis. Er bietet Atlantis ein ZPM an, wenn Atlantis ihm hilft, Anführer Cowen zu stürzen.
Lt. Michael Kenmore entdeckt, dass er früher ein Wraith war. Das Atlantis Team nahm ihn gefangen und versuchte, ihn mit Hilfe des Retrovirus', das Dr. Beckett entwickelt hat, in ein menschliches Wesen zu verwandeln. Das Team muss Michael davon abhalten, zu den Wraith zurückzukehren, damit er sie nicht über die Existenz von Atlantis aufklären kann...
Die Bevölkerung von Taranis bittet Atlantis um Hilfe, da sie Probleme mit ihrem Schutzschildgenerator hat. Bei der Besichtigung der Anlage wird klar, dass es sich hierbei um einen Antiker-Außenposten handelt.
