Nachdem Atlantis zu früh aus dem Hyperraum gefallen ist stellen Rodney McKay und sein Team fest, das bei dem Treffer des Laserstrahls der Replikatoren mehrere Energie-Hauptleitungen getroffen wurden.
Das Atlantis-Team um Sheppard beschließt von den Replikatoren ein Zero Point Modul (ZPM) zu stehlen, da ihres nicht mehr genug Energie für einen Hyperraumsprung hat.
In Atlantis bricht eine Epidemie aus. Alle Menschen bekommen zunächst Schwindelanfälle und Kopfschmerzen. Etwas später wissen sie nicht mehr, wer sie sind oder woher sie kommen.
Das Team um Sheppard hört Geschichten über einen Mann, der in die Zukunft blicken kann. Von einem Treffen mit ihm erhofft sich das Team den momentanen Standort von Teylas Volk.
Die Replikatoren zerstören weiterhin die menschlichen Siedlungen in der Pegasus-Galaxie. Währenddessen tauchen die Daeldalus und die Apollo in der Umlaufbahn des Planeten von Atlantis ein.
Das Atlantis Team um Sheppard entdeckt das Signal von Todds Peilsender. Das Team begibt sich zu den Koordinaten und findet ein beschädigtes Wraith Basisschiff vor.
Atlantis leitet ohne ersichtlichen Grund Quarantänemaßnahmen ein. Überall in der Stadt werden Menschen in Fahrstühlen festgehalten oder stecken in ihren Quartieren fest.
In Atlantis erzählt Rodney, dass Dr. Beckett in Wirklichkeit nur ein Klon ist. Dieser will Sheppards Team helfen und erzählt von einer Stargate Adresse welche er sehen konnte.
Sheppard will sich mit einem Spion der Genii treffen. Da dieser bei dem Treffpunkt nicht erscheint, geht Sheppard durch das Stargate nach Atlantis. Auf der anderen Seite muss Sheppard von einem Hologramm von Rodney erfahren, dass er 48.000 Jahre in der Zukunft gelandet ist und Atlantis aufgegeben wurde.
