Nachdem Kiva angeschossen wurde und Dannic das Kommando übernommen hat, will der nun den militärischen Teil der Crew töten. Nur noch Rush, Brody, Eli, Chloe, Scott und Greer können versuchen, das Schiff zurückzugewinnen.
Nachdem der Angriff der Luzianer-Allianz erfolgreich vereitelt werden konnte, ist die Situation der Überlebenden an Bord ungeklärt. Ein weiteres Problem sind die zu Neige gehenden Lebensmittelvorräte. Ein Team unter Lt. Scotts Führung macht sich mit einem Shuttle auf, um dies zu ändern. Doch als sie auf dem Planeten ankommen, überschlagen sich die Ereignisse.
Die Crew entdeckt ein Schiff, dessen Bauweise der der Destiny ähnelt. Als die Destiny an das Schiff andockt, wird ein Außenteam losgeschickt, um es zu untersuchen. Doch auf dem Schiff befindet sich nicht nur Technologie.
Auf der Erde ist Eli mit dem schlechter werdenden psychischen Zustand seiner Mutter konfrontiert, als sich Chloe an Bord der Destiny plötzlich immer merkwürdiger verhält.
Matthew Scott infiziert sich auf einem Planeten durch einem Biss mit einem Virus, der bei ihm Halluzinationen auslöst. Plötzlich findet er sich in einer anderen Welt wieder.
Als sich ein verlassenes und unbekanntes Raumschiff in Reichweite der Destiny befindet, gehen Rush und Young an Bord, doch plötzlich fliegt das Schiff weg von der Destiny. Rush lässt Amanda Perry mit den Kommunikationssteinen auf das Schiff holen, um die Destiny wieder zu ihnen hinfliegen zu lassen. Er erklärt ihr, wie sie die Brücke findet und dort arbeitet sie heimlich an der Lösung des Problems. Doch die restliche Crew entdeckt Rushs Geheimnis, während der herausfindet, was die Mission der Destiny ist.
Simeon tötet Amanda Perry und Ginn, nimmt eine Geisel und flieht durch das Destiny-Stargate auf einen Planeten in Reichweite. Rush, der Amandas Tod rächen will, jagt ihm hinterher. Young hat den Befehl, Simeon am Leben zu lassen, da er wohl wichtige Informationen besitzt und schickt mehrere Soldaten auf den Planeten, die Simeon und Rush einfangen sollen.
Als die Destiny aus dem FTL fällt, erscheint plötzlich genau vor dem Schiff das Shuttle mit Caine und den anderen Mitgliedern der Destiny-Besatzung, die auf dem erdähnlichen Planeten in der anderen Galaxie zurückgeblieben sind. Das Shuttle wurde in den Neuzustand zurückversetzt und Caine und die Anderen wissen nicht, wie sie hierher gekommen sind. Als plötzlich einige der Neuankömmlinge auf unerklärliche Weise sterben, setzt man alles daran, herauszufinden, was auf dem Planeten geschah
Die Besatzung entdeckt ein Trümmerfeld von Raumschiffen, doch als man ein noch relativ unbeschädigtes Raumschiff untersucht, wird die Destiny plötzlich angegriffen.
Chloe sendet ein Signal mit der Position der Destiny an die Nakai. Daraufhin fallen drei ihrer Schiffe aus dem FTL und die Drohnen wenden sich von der Destiny ab. Das gibt Eli und Rush die Zeit, durch das Unterbinden des Signals, das die Drohnen steuert, das Kommandoschiff und die Drohnen zu eliminieren. Man geht nun ein Risiko ein, um Chloes Mutation abzubrechen, während ein weiteres Kommandoschiff mit mehr Drohnen unterwegs ist.
Eli glaubt, einen Weg gefunden zu haben, die Erde anzuwählen, während die Destiny durch einen Stern fliegt, doch Rush hat ernsthafte Bedenken. Dennoch möchte die Destiny-Besatzung es versuchen. Plötzlich taucht ein Shuttle auf, in dem ein anderer Nicholas Rush sitzt, der aus der Zukunft zurück gereist ist, um sie zu warnen.
Während sich Greer und Wray auf der Erde im Heimatschutzkommando befinden, verübt die Luzianer-Allianz einen Anschlag auf das Gebäude, eine Bombe wird platziert und die beiden sind im Gebäude gefangen. Doch man kann die Verbindung nicht trennen und die Allianz hat Leute im Gebäude.
Rush verbindet sich mit dem Interface der Destiny, um so in der Datenbank den Mastercode des Schiffes zu finden. Im Zuge dessen wird er mit seiner Vergangenheit und den Erinnerungen an den Tod seiner Frau Gloria konfrontiert. Auf einem anderen Planeten sitzt inzwischen ein Team fest.
Die Regierung von Langara möchte ihren Planeten nicht für einen Versuch, die Destiny anzuwählen, freigeben. Das Heimatschutzkommando vermutet, dass die Luzianer-Allianz die Fäden zieht. Während man deshalb die Langaraner riskant infiltriert, wird Rush im Repositorium von Amanda Perry in einer von ihr kreierten Simulation der Destiny gefangen gehalten.
Auf einem neu entdeckten Planeten wird das Team von einem Raubtier angegriffen. Als die Bewusstlosen aufwachen, bemerken sie, dass T.J. und Corporal Reynolds verschwunden sind. So schickt Colonel Young ein Rettungsteam los...
Zur gleichen Zeit friert Eli seinen Kollegen Adam Brody unbeabsichtigt in einer der neu entdeckten Statiskapseln ein, und arbeitet nun fieberhaft daran, Brody wieder aufzutauen und das Ganze vor Rush geheim zu halten...
Die Drohnen scheinen die Destiny orten zu können und greifen sie wieder an. Zudem trifft ein Team unter der Leitung von Scott eine Gruppe Menschen, die offenbar Nachfahren der Destiny-Besatzung sind, die durch eine Zeitreise etwa 2000 Jahre in die Vergangenheit gereist ist. Nun greifen die Drohnen auch das Dorf der Menschen an.
Als das Team auf Novus ankommt, erhält es Zugriff auf riesige Mengen an Daten. Doch ein Schwarzes Loch und ein Supervulkan drohen, den Planeten zu zerstören.
Die Drohnen positionieren sich um die Sterne, sodass sich die Destiny nicht mehr aufladen kann. Da die Energie zuneige geht, schlägt Eli einen riskanten Plan vor, um das Schiff und die Crew zu retten: Er will das Schiff in einem Blauen Riesen aufladen, doch durch die wesentlich höhere Temperatur wird die Destiny vorübergehend unbewohnbar und das Schiff muss manuell gesteuert werden. Deshalb reist fast die ganze Crew auf einen nahen Planeten, der vor vielen Jahren von ihren Nachfahren gegründet wurde. Doch plötzlich tauchen auch hier Drohnen auf.
Drohnenkontrollschiffe blockieren sämtliche Planeten in der ganzen Galaxie, zudem blockieren sie alle Sterne in Reichweite, sodass die Destiny sich nicht mehr aufladen kann. Doch Eli hat einen riskanten Plan, der bei Gelingen die Crew retten und beim Fehlschlag sie alle und das Schiff vernichten kann.
