Vor zehn Jahren haben die Hirten die Menschen sterilisiert. Jackson Oz hat eine neuen Identität angenommen, arbeitet als Evakuierungskämpfer und bringt Menschen vor den Hybriden in Sicherheit. Jamie ist weiterhin auf der Jagd nach den Hirten, auch wenn Logan sie davon abzuhalten versucht.
Jackson und Logan finden heraus, dass Abigail Westbrook bei den Hybrid-Angriffen ihre Finger im Spiel hatte. Indessen haben Jamie, Clementine und der von Jamie gefangen gehaltene Hirte Mansdale Informationen gesammelt, um Mitch endlich befreien zu können.
Isaac wurde von Reiden Global für Versuchsreihen verschleppt. Jonah, ein ehemaliger Kollege von Abe, bietet seine Hilfe an, da er sich verantwortlich fühlt. Der Versuch, Isaac zurückzuholen, misslingt jedoch.
Das Team schafft es, vor den Hybriden zu fliehen. Als ihnen klar wird, dass die fliegenden Hybriden durch Lockrufe gesteuert werden, versuchen Jackson und Abe eine Lösung zu finden, um die Feinde aufzuhalten. Außerdem wollen sie Abigail zur Rechenschaft ziehen.
Abraham, Dariela und Jackson konnten den Locksender ausfindig machen und in ihre Gewalt bringen. Sie entschließen sich, das Gerät mitsamt Jamies Auto in einen Vulkan zu werfen, damit die Hybriden sich ebenfalls in den Vulkan stürzen.
Das Team konnte die entführten Kinder lokalisieren und plant deren Befreiung. Dabei kommt der perfide Plan Abigails zum Vorschein, die durch einen Hinterhalt noch einmal entkommen konnte.
Die angeschossene Abigail wird von ihren Hybriden gerettet. Als sie wieder zurück im Camp ist, wird sie zur schnellen Heilung in den Stasis Tank gesteckt. Derweil befreit Mitch Clementine aus den Händen einer Vereinigung, die sich die "Gentleman" nennen.
Abigail verfolgt einen perfiden Plan: Sie kidnappt Jackson, um so an Informationen zu gelangen, wie er die Tiere beeinflussen kann. Zunächst weigert er sich hartnäckig, doch schließlich provoziert sie ihn so lange, dass er vor Wut fast durchdreht und ihr sein Wissen preisgibt. Derweil versucht das Team im Flugzeug, einen Absturz zu verhindern. Es stellt sich heraus, dass Abigail einen Hybriden an Bord geschleust hat, der die gesamte Bordelektronik zerstört.
Jamie gelingt es, das Flugzeug kurz vor dem Absturz hochzuziehen. Mitchs Alter Ego Duncan ist nicht mehr an Bord, und Clem ist auch unverletzt. Als Jamie Signale von Mitchs Handy empfängt, macht sie sich gemeinsam mit Max und Abe auf die Suche nach ihm. Währenddessen hat Garrisons Team im Schwarzwald das Hybrid-Nest zerstört. Allerdings gab es durch toxische Spuren Tote …
Jackson und Max müssen der kollabierten Abigail helfen, weshalb sie mit Logans Hilfe neue Hybrid-Proben aus dem Nest in Seoul besorgen wollen. Clementines Schwangerschaft verläuft schwierig.
Als Clementine klat wird, dass alle weiteren Teammitglieder verletzt sind, befreit sie Sam und versucht, die anderen mittels eines Serums zu heilen. Dem Flugzeug nähert sich eine toxische Sporenwolke.
Das Team versucht, Abigails Betriebssystem durch den Totmannschalter zu knacken, um die Locksender zu deaktivieren. Abigail schafft es, sie abzuschießen, sodass sie im Hybridland notlanden müssen.
Dem Team ist es gelungen, den Totmannschalter in die Kommandozentrale im Schutzwall zu bringen. Mitch versucht fieberhaft, das Locksender-System zu knacken, um alle Sender auszuschalten.
