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Lara Croft befindet sich in einem globalen Wettlauf gegen den größenwahnsinnigen Wissenschaftler Dr. Jonathan Reiss, der mit Hilfe der sagenumwobenen Büchse der Pandora unvorstellbaren Schrecken über die Menschheit bringen will. Um zu verhindern, dass das antike Artefakt in die falschen Hände gerät, verfolgt Lara die Machenschaften von Dr. Reiss und seinem Team über mehrere Kontinente, die nervenzerfetzende Jagd führt sie von Europa über Asien bis hin nach Afrika. Der Wissenschaftler bleibt dabei nicht das einzige Problem, denn auch das chinesische Verbrechersyndikat von Chen Lo interessiert sich brennend für die sagenumwobene Büchse der Pandora.
Ende des 21. Jahrhunderts hat sich eine unter den Menschen eine Untergruppe gebildet, die sich durch einen gezüchteten Virus genetisch verändert hat. Die Betroffenen sind schneller, haben größere Ausdauer und sind intelligenter. Als man sie von den normalen Menschen trennt, steht die Welt am Rande eines Bürgerkriegs zwischen den beiden Gruppen mit dem Ziel, die "kranke Bevölkerung" auszulöschen. Der Film handelt von der Infizierten Violet, die einen neunjährigen Jungen beschützt, der von der Regierung als sehr gefährlich für die gesunde Bevölkerung eingestuft wurde.