Das Staffelfinale bringt den Machtkampf zwischen dem Hybrid-Mädchen Wendy und Prodigy-CEO Boy Kavalier auf der Insel Neverland zur Entscheidung. Wendy nutzt ihre neu entdeckte Fähigkeit, sich in die Sicherheitssysteme von Neverland zu hacken, und befreit sich und die übrigen Lost Boys aus ihrer Zelle.
Anschließend teilt Wendy jedem der Hybriden ein Ziel zu: Smee und Slightly sollen sich Kirsh vornehmen, Morrow und Nibs Dame Sylvia, und Curly die Soldaten von Prodigy. Zwischen dem Cyborg Morrow und dem Synthetiker Kirsh kommt es zum lange erwarteten Zweikampf, der erbittert, aber ohne eindeutigen Sieger verläuft.
Am Ende übernehmen Wendy und ihre Verbündeten die Kontrolle über Kavaliers geheimes Inselreich. Boy Kavalier selbst bleibt unversehrt, wird jedoch gemeinsam mit Kirsh, Morrow und Dame Sylvia in einer der Zellen eingesperrt. In einem Gespräch offenbart Kavalier seine Vorgeschichte: Als sechsjähriges Wunderkind baute er die erste menschenähnliche Synth-Maschine und beseitigte damit seinen alkoholkranken Vater. Da ein Kind Prodigy nicht führen konnte, schuf er sich später eine erwachsene Galionsfigur.
Während sich die Machtverhältnisse umkehren und die Hybriden erstmals die Last des Herrschens zu spüren bekommen, verwesen andernorts die Toten nicht in Ruhe: Ein augenähnliches Alien kriecht in die Augenhöhle des toten Arthur und erweckt seinen Körper zu neuem, fremdgesteuertem Leben.
Wendys triumphaler Ausruf „Jetzt herrschen wir" könnte sich als voreilig erweisen. Mehrere Alien-Spezies sind weiterhin auf freiem Fuß, der reanimierte Arthur mit dem Augen-Alien streift umher, und am Himmel nähert sich bereits eine Flotte von Yutani-Kriegsschiffen der Insel – ein offenes Ende, das den Weg für eine mögliche zweite Staffel ebnet.
