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Im Jahr 2120, zwei Jahre vor den Ereignissen des ursprünglichen Films Alien, kehrt das Forschungsschiff Maginot des Weyland-Yutani-Konzerns von einer 65-jährigen Mission zurück, auf der es außerirdische Exemplare gesammelt hat. Als die Besatzung wieder in den Kälteschlaf geht, brechen die Kreaturen aus. Der Cyborg-Sicherheitsoffizier Kumi Morrow meldet, dass alle übrigen Crewmitglieder tot sind, ignoriert ihre Hilferufe und verschanzt sich, kurz bevor das Schiff auf der Erde einschlägt.
Auf der Erde betreibt der Prodigy-Konzern auf seiner Forschungsinsel „Neverland“ ehrgeizige Experimente. Der junge CEO Boy Kavalier überwacht, wie das Bewusstsein der todkranken elfjährigen Marcy Hermit in einen synthetischen Körper übertragen wird – ein sogenannter Hybrid. Kavalier, besessen von der Geschichte um Peter Pan und dem Traum von ewiger Jugend und Unsterblichkeit, gibt ihr den Namen Wendy. Gemeinsam mit der Verhaltenstherapeutin Dame Sylvia hilft sie, weitere Hybriden zu erschaffen: Slightly, Curly, Nibs, Smee und Tootles, genannt die „Lost Boys“.
Die Maginot stürzt in die Prodigy-Stadt New Siam. Wendys menschlicher Bruder Joe, ein Sanitäter und Soldat von Prodigy, der seine Schwester für an ihrer Krankheit verstorben hält, wird einem Such- und Rettungsteam zugeteilt. Morrow taucht auf und versucht, das Gebiet zu sichern: Er zwingt die beiden Soldaten Hoyt und Anant, sich an eine Stange zu fesseln, und macht sich auf die Suche nach dem Xenomorph – Hoyt ahnt dabei nicht, dass sich ein blutegelartiges Wesen in seine Rüstung geschlichen hat.
Als Wendy in einer Nachrichtenmeldung ihren Bruder erkennt, überredet sie Kavalier, die Absturzstelle inspizieren zu dürfen; er stellt ihr jedoch den synthetischen Wissenschaftsoffizier Kirsh zur Überwachung an die Seite. Auf dem Weg dorthin diskutieren die beiden über die Schwächen und das Potenzial der Menschheit, während Wendy klarmacht, dass sie fest entschlossen ist, ihren Bruder zu retten.
Hoyt und Anant, die sich nicht befreien können, werden von den blutsaugenden Egeln getötet. Joes Team findet unterdessen die Kälteschlafkammern mit den Leichen der Crew und folgt einer Blutspur – ohne einen toten Facehugger zu bemerken. Als das Schiff zusammenzubrechen beginnt, verschließen sich die Türen und sperren das Team im Inneren ein.
Die zweite Folge setzt unmittelbar nach dem Absturz des Weltraumfrachters ein: Wendy und die übrigen Hybriden – die „Lost Boys“ – dringen in das Wrack und den angrenzenden Wohnturm vor, um Wendys Bruder Hermit (Joe) zu bergen. Der steckt zusammen mit seinen Kollegen Rashidi und Siberian im Inneren fest, wo die Spuren der Katastrophe unübersehbar sind: In der Krankenstation liegen tote Besatzungsmitglieder, gestorben an Erstickung und den Folgen von Chestburstern.
Als ein ausgewachsener Xenomorph die Gruppe angreift, wird Joe von den anderen getrennt und flieht über einen Aufzug in die oberen Etagen. Die Kreatur nimmt seine Fährte auf, tötet einen weiteren Soldaten und richtet in der Wohnung wohlhabender Bewohner, die sich der Evakuierung verweigert haben, ein Massaker an. Erst der Söldner Morrow greift ein und schaltet mit einem Taser sowohl Joe als auch den Xenomorph aus.
Die Ruhe hält nicht lange: Der Xenomorph kommt wieder zu sich, entkommt und tötet zahlreiche weitere Soldaten – Morrow selbst lässt er am Leben. Der zwischenzeitlich bewusstlose Joe träumt derweil von seiner Familie. Wieder bei Sinnen, entdeckt er in einem Nebenraum einen signierten Baseball, den einst „Mr. October“ – der Baseballspieler Reggie Jackson – bei der World Series 1977 geschlagen haben soll. Der Ball weckt die Erinnerung, wie Joe das Spiel gemeinsam mit seinem Vater verfolgte; daher rührt der Episodentitel.
Als Joe sich unbeobachtet glaubt, steht plötzlich Wendy hinter ihm und fragt, mit wem er gesprochen habe. Er gesteht, dass es sein Vater war. In diesem Moment verdichtet sich, was Slightly zuvor angedeutet hat: Die Lost Boys sind keine gewöhnlichen Synthetiker, sondern Kinder, deren Bewusstsein in künstliche Körper übertragen wurde. Slightly verrät dabei zu früh, dass Wendy einst Marcy war – und damit Joes Schwester.
Parallel dazu erläutert Boy Kavalier seiner Mitarbeiterin Dame Sylvia die Hintergründe des Hybrid-Projekts: Er habe die humanoiden Prototypen geschaffen, damit die Menschheit im Wettlauf gegen die künstliche Intelligenz bestehen kann. Wendy als erstem Prototyp hat er zusätzliche Fähigkeiten mitgegeben – sein erklärtes Ziel ist es, einen Menschen zu erschaffen, der klüger ist als er selbst.
Zu Beginn verfolgt Wendy den Xenomorph und findet ihren Bruder Joe, der in einem Kühlcontainer als Köder festgehalten wird. Der Schwanz des Aliens schnellt heran und verletzt Joe schwer. Wendy packt die Kreatur mit einem Hirtenstab am Maul, zerrt sie in einen angrenzenden Raum und enthauptet sie – anschließend bricht sie in einer Lache grüner „Hirnmilch“ zusammen.
Während sich Wendy und Joe erholen, rücken die übrigen Lost Boys stärker in den Fokus. Nibs, traumatisiert von ihrer Begegnung mit dem tintenfischartigen Augenwesen, beginnt an ihrer Entscheidung für Neverland zu zweifeln und erkennt, dass sie inzwischen eher Eigentum als Person ist. Die ehrgeizige Curly dagegen sieht vor allem die Chancen ihres neuen Daseins und konkurriert mit Wendy um die Gunst von Boy Kavalier.
Als Morrow auf Slightly und Smee trifft, die sich nahe einem der Eier herumtreiben, gibt er Teile seiner Vergangenheit preis: Seit rund 65 Jahren im All unterwegs, hat er kaum noch Bindungen zur Menschheit, wird aber von der Erinnerung an seine Tochter verfolgt. Sein Lebenswerk ist die Bergung und Auslieferung der außerirdischen Kreaturen.
Zurück in Prodigy City untersucht Kirsh die Aliens, während sich Boy Kavalier weit mehr für die tödlichen Kreaturen als für die eben erst entdeckte „Heilung des Todes“ interessiert. Dabei wird deutlich, dass die Hybriden Netzhautkameras tragen, über die der Konzern jeden ihrer Schritte überwacht – Nibs entdeckt die rechteckige Form in ihrem Auge. Morrow telefoniert unterdessen mit Yutani und beginnt, sich über eine Kontaktlinse Zugang zu Slightlys Wahrnehmung zu verschaffen.
Am Ende erlebt Wendy, parallel zu Kirshs Sektion des Facehuggers und der operativen Entfernung von Joes Lunge, die Eingriffe schmerzhaft mit: Von Migräne geplagt taumelt sie durch die Gänge und bricht zusammen. Kirsh entnimmt dem Facehugger eine kaulquappenartige Kreatur und setzt sie in die herausoperierte Lunge ein – ein Versuch, auf diesem Weg einen neuen Xenomorph heranzuzüchten.
Nach ihrem Zusammenbruch erholt sich Wendy im Labor von Prodigy und erklärt, dass sie die Aliens hören kann. Arthur, der Ehemann von Dame Sylvia, passt den Hörbereich ihres synthetischen Körpers an, weil Boy Kavalier überzeugt ist, dass Wendy die Kreaturen nicht nur verstehen, sondern mit ihnen kommunizieren kann.
Kavalier gestattet Joe, in Neverland zu bleiben, verpflichtet ihn aber zum Dienst. Sein Vertrauter Atom Eins stellt klar, dass Wendys neuer synthetischer Körper – und damit Wendy selbst – nun Eigentum von Prodigy ist. Angewidert will Joe kündigen, doch man droht ihm mit einer hohen Rechnung für seine neue Lunge und dem vollständigen Kontaktverbot zu Wendy.
Morrow nimmt Kontakt zu dem Synthetiker Slightly auf und bittet ihn, ein Xenomorph-Ei zu beschaffen. Er gewinnt sein Vertrauen, indem er seinen Vornamen Kumi preisgibt; Slightly wiederum verrät, dass er eigentlich Aarush Singh heißt und aus Indien stammt. Als Slightly zögert, seine Freunde und Prodigy zu hintergehen, sucht Morrow Aarushs Mutter auf, um ihn einzuschüchtern. Er verlangt, dass Slightly einen Menschen zu den Eiern bringt, damit sich ein Facehugger festsetzen kann – ohne zu ahnen, dass Kirsh das Gespräch mithört.
Parallel testen Kirsh und Tootles ein tintenfischartiges Wesen an einem Schaf. Die Kreatur reißt dem Tier das Auge heraus und setzt sich an dessen Gehirn fest, woraufhin die Messgeräte einen starken Anstieg der Hirnaktivität anzeigen – ein Hinweis auf die Intelligenz des Organismus. Vom Forschen zunehmend fasziniert, bittet Tootles darum, künftig „Isaac“ genannt zu werden, was Kirsh gestattet.
Dame und Arthur beginnen, sich um die Art der Experimente und den Umgang mit den Hybriden zu sorgen. Nibs überrascht sie mit der Behauptung, schwanger zu sein, was sie für unmöglich halten. Als Dame versucht, ihre Zweifel zu zerstreuen, reagiert Nibs aggressiv; nach dem Gespräch weist Dame die Sicherheit an, sie in Gewahrsam zu nehmen.
In der Nacht sucht Wendy das Labor auf, in dem Joes Lunge überwacht wird. Plötzlich bricht ein kleiner Xenomorph aus der Lunge hervor und zerschlägt das Glas. Die Kreatur greift Wendy nicht an – mit ihrem Wissen über die Sprache der Aliens beruhigt sie das Wesen und streichelt es.
Die Folge springt zurück und erzählt in sich abgeschlossen die letzten Stunden der USCSS Maginot – eine bewusste Hommage an Ridley Scotts Original von 1979. 17 Tage vor dem Aufprall auf der Erde bricht in der Containment-Sektion ein Feuer aus; der junge Sicherheitsoffizier Clem weckt Morrow. In der Krankenstation haben sich zwei Facehugger an Captain Dinsdale und Wissenschaftsoffizier Bronski geheftet. Dinsdale stirbt am Säureblut des Parasiten, nachdem Mediziner Rahim ihn vergeblich zu entfernen versuchte; das Feuer hatte die Facehugger aus ihren Kapseln befreit, die Ursache bleibt zunächst unklar.
Ingenieur Shmuel warnt, das Schiff drohe abzustürzen. Morrow vermutet Sabotage und beginnt zu ermitteln. Dabei stellt sich heraus, dass die kommissarische Kommandantin Zoya Zaveri ein Verhältnis mit Bronski hatte; zugleich erhält Morrow die Habseligkeiten seiner Tochter, die während seiner Mission bei einem Hausbrand ums Leben kam. Bronski wird mit dem Facehugger in den Kälteschlaf gelegt, doch der Chestburster schlüpft und tötet ihn. Wissenschaftlerin Chibuzo erforscht die Kreaturen, ohne zu bemerken, dass ein Blutegel-Exemplar Larven in ihrer Wasserflasche verteilt hat – und das oktopusartige Wesen T. Ocellus, „das Auge“, aus seinem Behälter ausbricht.
Zaveri versammelt die Crew: Ein Xenomorph ist entkommen, ein Treibstoffleck zieht das Schiff auf Kollisionskurs mit der Erde, und an Bord ist ein Saboteur. Malachite trinkt aus der verseuchten Flasche, hustet Blut und bricht zusammen. Über die Logs der KI MU/TH/UR entdeckt Morrow, dass Chefingenieur Petrovich Boy Kavalier gebeten hatte, seinen Verstand in einen Hybriden hochzuladen – Boy willigte unter der Bedingung ein, dass die Kreaturen durch eine erzwungene Bruchlandung in Prodigy-Territorium geliefert werden. Der Absturz ist also gewollt.
Der Horror eskaliert: In Malachites Magen stecken flohartige Kreaturen, die ihn töten und ein Gift freisetzen, worauf Zaveri die Krankenstation abriegeln muss. Teng wird vom Xenomorph getötet. Morrow und Clem jagen Petrovich, der Clem erschießt, ehe Morrow ihn tötet. Der Xenomorph treibt Zaveri auf die Brücke, wird dort aber vom nun durch T. Ocellus besessenen Shmuel angegriffen – was Zaveri Zeit zur Flucht verschafft. Am Ende enthauptet der Xenomorph den besessenen Shmuel, und das Auge muss seinen unbrauchbar gewordenen Wirt verlassen.
Morrow verschanzt sich im Kontrollraum, während das Schiff auf die Erde zurast; Zaveri wird vom Xenomorph getötet, Morrow entkommt knapp in den Schutzraum. Auf der Erde sucht er Yutani in ihrem Hauptquartier auf, bestätigt, dass die Fracht den Absturz überstanden hat, und bietet an, bei ihrer Bergung zu helfen – mit dem Versprechen, dabei Boy zu töten. Yutani, die weiß, wie sehr ihre Großmutter den einst von der Straße aufgelesenen Morrow schätzte, nimmt seine Bedingungen an.
Wendy scheint die Sprache des Xenomorphs zu verstehen und beginnt, dessen Laute nachzuahmen, während die Kreatur sich rasant weiterentwickelt. Überzeugt davon, dass dieses Wesen ungefährlich sei, will sie ihre Experimente fortsetzen – und erklärt Joe zugleich, dass sie die Anlage nicht mit ihm verlassen möchte.
Nachdem Nibs verkündet, „schwanger“ zu sein, ordnet Atom Eins eine vollständige Löschung ihres Gedächtnisses an. Als Wendy bei Dame Sylvia nachhakt, verteidigt diese den Eingriff mit Verweis auf beschädigte Daten. Wendy dagegen beginnt zu zweifeln, ob nicht die Menschen das eigentliche Problem sind und nicht die Aliens.
Im Labor bricht eine neue Bedrohung aus: fliegenartige Kreaturen, die sich von Synthetik und Metall ernähren und ätzende Säure verspritzen. Eine von ihnen speit eine weiße Flüssigkeit auf Isaacs Gesicht und lässt seine synthetische Haut zerfließen.
Arthur, der zuvor entlassen wurde, weil er sich Eins widersetzt hatte, will Joe und Wendy zur Flucht verhelfen: Er gibt Joe den Code zu einem Boot und deaktiviert heimlich die Peilsender der Hybriden. Doch Slightly, von Morrow unter Druck gesetzt, sperrt Arthur mit den Facehuggern ein – und einer der Parasiten schlägt zu.
Auf der Konzernebene setzt Kavalier den Vorstand von Yutani mit der Enthüllung einer Vertuschung unter Druck und zwingt die Verantwortlichen zu dem Eingeständnis, dass die an Bord befindlichen Spezies eigentlich in einer Forschungsanlage abseits der Erde untersucht werden sollten.
Das Staffelfinale bringt den Machtkampf zwischen dem Hybrid-Mädchen Wendy und Prodigy-CEO Boy Kavalier auf der Insel Neverland zur Entscheidung. Wendy nutzt ihre neu entdeckte Fähigkeit, sich in die Sicherheitssysteme von Neverland zu hacken, und befreit sich und die übrigen Lost Boys aus ihrer Zelle.
Anschließend teilt Wendy jedem der Hybriden ein Ziel zu: Smee und Slightly sollen sich Kirsh vornehmen, Morrow und Nibs Dame Sylvia, und Curly die Soldaten von Prodigy. Zwischen dem Cyborg Morrow und dem Synthetiker Kirsh kommt es zum lange erwarteten Zweikampf, der erbittert, aber ohne eindeutigen Sieger verläuft.
Am Ende übernehmen Wendy und ihre Verbündeten die Kontrolle über Kavaliers geheimes Inselreich. Boy Kavalier selbst bleibt unversehrt, wird jedoch gemeinsam mit Kirsh, Morrow und Dame Sylvia in einer der Zellen eingesperrt. In einem Gespräch offenbart Kavalier seine Vorgeschichte: Als sechsjähriges Wunderkind baute er die erste menschenähnliche Synth-Maschine und beseitigte damit seinen alkoholkranken Vater. Da ein Kind Prodigy nicht führen konnte, schuf er sich später eine erwachsene Galionsfigur.
Während sich die Machtverhältnisse umkehren und die Hybriden erstmals die Last des Herrschens zu spüren bekommen, verwesen andernorts die Toten nicht in Ruhe: Ein augenähnliches Alien kriecht in die Augenhöhle des toten Arthur und erweckt seinen Körper zu neuem, fremdgesteuertem Leben.
Wendys triumphaler Ausruf „Jetzt herrschen wir" könnte sich als voreilig erweisen. Mehrere Alien-Spezies sind weiterhin auf freiem Fuß, der reanimierte Arthur mit dem Augen-Alien streift umher, und am Himmel nähert sich bereits eine Flotte von Yutani-Kriegsschiffen der Insel – ein offenes Ende, das den Weg für eine mögliche zweite Staffel ebnet.