Im Staffelfinale entfaltet der Joker sein „Laughing Death“-Gift in vollem Umfang. Mit dem tödlichen Lachgas, das er an strategischen Punkten der Stadt freisetzt, bringt er Gothams Institutionen an den Rand des Zusammenbruchs.
Auch Bruce Waynes engster Kreis wird getroffen: Der von dem Toxin befallene Alfred greift Bruce an, der selbst so geschwächt ist, dass er kaum noch für sich sorgen kann. Während einer Übertragung setzt der Joker sein Gift zudem gegen Carrie Kelley ein.
Der Joker will Batman brechen, indem er ihm die Sinnlosigkeit seines Kampfes vor Augen führt. Er sieht in ihm einen Geistesverwandten — beide halten Gotham für zerbrochen —, ist aber überzeugt, dass die Stadt nicht zu retten sei.
Da körperliche Gewalt gegen einen Gegner, dessen Waffen Verstand und Chemie sind, nicht ausreicht, arbeitet Batman eng mit Jim Gordon und Renee Montoya zusammen. Auch der Machtkampf der Unterwelt findet sein blutiges Ende: Verbrecherboss Rupert Thorne wird vom Joker beseitigt, was ein Machtvakuum hinterlässt.
Nachdem Alfred zur Genesung Gothams beiträgt, sitzt Batman am Ende mit Commissioner Gordon, Renee und Barbara auf einem Dach. Gemeinsam verpflichten sie sich, die Stadt weiter zu beschützen — ein Bündnis, das über die Staffel hinausweist.
