Der Rückzug der Zylonen war nur von kurzer Dauer: Seit vier Monaten haben die einst von Menschen erschaffenen Androiden die Kolonie Neu Caprica besetzt. Unterdrückt von Präsident Baltar und seiner Polizeitruppe, haben die Bewohner nur noch zwei Hoffnungen: ihre Widerstandsbewegung und die Rückkehr von Admiral Adama und seiner Flotte.
Mehrere blutige Selbstmordanschläge der Widerstandsbewegung unter Führung von Saul Tigh erschüttern die besetzte Kolonie Neu Caprica. Die Zylonen lassen mehrere 100 Verdächtige verhaften und planen, 200 hinrichten zu lassen. Unterdessen wählt Admiral Adama auf der Galactica ein Team aus, das die Widerstandskämpfer unterstützen soll.
Sharon kann den Angriff der Zylonen beim Treffen der Aufständischen mit dem Team der Galactica verhindern. Tyrol gelingt es in letzter Minute die Gefangen zu befreien, die von den Zylonen hingerichtet werden sollten. Unterdessen beraten die Zylonen, ob die aufrührerische Kolonie zerstört werden soll. Admiral Adama bereitet die risikoreiche Evakuierung aller Menschen mit der Galactica vor.
Die Crew der Galactica und die Aufständischen auf Neu Caprica koordinieren ihre Angriffe, um die Menschen aus der Unterdrückung durch die Zylonen zu befreien. Doch als die Zylonen zunehmend die Kontrolle verlieren, greifen sie zu einer brutalen Lösung.
Im Auftrag von Präsident Zarek soll ein geheimes Geschworenengericht Zylonenkollaborateure verurteilen. Doch die Prozesse werden zur Hexenjagd. Die Zylonen sind unterdessen unentschlossen, ob sie Baltar am Leben lassen sollen. Die Entscheidung hängt ausgerechnet an Nummer 6.
Auf der Galactica kommt es zunehmend zu Spannungen zwischen den Überlebenden von Neu Caprica und der Besatzung. Gaeta findet heraus, dass Baltar einem möglichen Wegweiser zur Erde auf die Spur gekommen ist. Bei ihm warten bereits die Zylonen, doch die fallen alle einer mysteriösen Krankheit zum Opfer. Hat Baltar sie in den Tod geschickt?
Lee und sein Team finden auf dem Basisschiff viele tote und ein paar schwer kranke Zylonen. Die anderen Androiden haben sie aus Angst vor Ansteckung zurückgelassen: Ein infizierter Zylon, der auf das Wiederauferstehungsschiff heruntergeladen wird, könnte alle dem Tode weihen. Menschen sind gegen das Virus immun. Lee wittert eine Chance, den Krieg endgültig für die Menschen zu entscheiden.
Einem alten Kampfgefährten von Admiral Adama gelingt die Flucht aus zylonischer Gefangenschaft. Er erinnert Adama an eine verhängnisvolle Entscheidung, die nicht nur seinem Kameraden 'Bulldog' fast das Leben gekostet hätte, sondern möglicherweise den Konflikt mit den Zylonen erst ausgelöst hat.
Das Heimweh nach Neu Caprica lässt die Crew auf der Galactica nicht los. Um sich abzureagieren, veranstaltet die Besatzung einen geheimen Boxkampf, der auch offenbart, was auf Neu Caprica zwischen Lee und Kara passiert ist.
Die Lebensmittelvorräte auf der Galactica wurden verseucht. Die Besatzung braucht so schnell wie möglich eine neue Nahrungsquelle. Zylon Sharon wird auf eine hoch gefährliche Erkundungstour durch verstrahltes Gebiet geschickt. Sie entdeckt tatsächlich Nahrung, aber Menschen würden die enorme Strahlenbelastung nicht überleben.
Chief Tyrol entdeckt auf dem Algenplaneten den 'Tempel der Fünf', der bereits in der mythologischen Überlieferung erwähnt wird. In ihm soll sich das sagenumwobene 'Auge des Jupiters' befinden, ein Wegweiser zur Erde. Da tauchen die Zylonen auf.
Admiral Adama droht den Zylonen mit einem Nuklearangriff und zwingt sie so zum Rückzug. Doch das D'Anna-Modell befiehlt auf eigene Faust einem Raptor mit einer ihrer Kopien und Baltar zum Algenplaneten weiterzufliegen. Chief Tyrol sucht dort fieberhaft nach dem sagenumwobenen 'Auge des Jupiters', dem Wegweiser zur Erde, bevor der Planet zur Supernova wird.
Gaius Baltar ist Gefangener an Bord der Galactica und soll für seinen Verrat bezahlen. Doch mit Hilfe von Nummer Sechs unternimmt er einen Selbstmordversuch. Nach wie vor ist seine wahre Identität ungeklärt: Ist er in Wirklichkeit ein Zylon und wird auferstehen?
Die Flüchtlinge der zerstörten 'Thera Sita' werden auf einem Hangardeck der Galactica untergebracht. Unter ihnen bricht die gefährliche Krankheit Mellorak aus. Doch die meisten sind Sagittarier, die jede medizinische Behandlung aus religiösen Gründen ablehnen. Prompt stirbt einer von ihnen nach der Behandlung durch Dr. Roberts. Aber war sein Tod unvermeidlich oder ein Mord aus rassistischen Gründen?
Laura Roslin bittet Admiral Adama, seinen Sohn Lee mit der Vorbereitung von Baltars Prozess zu beauftragen. Lee lehnt ab, obwohl er sich einst sehr für den Beruf seines Großvaters interessiert hatte. Als Chief Tyrol und Cally in Lebensgefahr geraten, wird nicht nur Tyrol mit seiner Verantwortung als Vater konfrontiert. Auch Admiral Adama erinnert sich, wie er seine Familie vernachlässigte.
In der Tylium-Raffinerie proben die Arbeiter den Aufstand. Als ein Vorarbeiter aus einem aus dem Gefängnis geschmuggelten Buchs Baltars zitiert, lässt ihn Roslin kurzerhand ins Gefängnis werfen. Tyrol soll nach dem Rechten sehen, doch als ehemaliger Gewerkschaftsführer hat der Chief Verständnis für die Sorgen der Arbeiter.
Kara wird von beunruhigenden Alpträumen mit Leoben gequält. Auf Patrouille mit Lee stößt sie auf einen Zylonen-Jäger und einen geheimnisvollen Strudel, den sie aus ihren Träumen wiedererkennt. Will Leoben sie zu sich holen?
Die Vorbereitungen für Baltars Prozess sind in vollem Gange. Als Baltars Anwalt einem Anschlag zum Opfer fällt, übernimmt der narzistische Lampkin sein Mandat. Lee, der immer noch um Kara trauert, soll für seine Sicherheit sorgen. Doch mehr und mehr gerät er in den Bann des charismatischen Anwalts.
Obwohl sich die Galactica dem ionischen Nebel nähert, ist von den Zylonen noch nichts zu sehen. Folgen sie den Menschen heimlich? Als an Bord der lang erwartete Prozess gegen Ex-Präsident Baltar beginnt, eskalieren die Spannungen.
Baltars Prozess steht vor dem Ende: Mit einem leidenschaftlichen Plädoyer versucht Lee noch einmal einen Freispruch zu erwirken. Tigh, Anders, Tyrol und Tory hören unterdessen immer lauter die geheimnisvolle Musik...
