Die Entdeckung, dass sie Zylonen sind, bedeutet einen riesigen Schock für Colonel Tigh, Tory Foster, Samuel Anders und Galen Tyrol. Viper-Pilot Anders bewegt die Zylonen indessen zum Rückzug, indem er halb unbewusst mit einem ihrer Jäger Kontakt aufnimmt. Doch hunderte Zivilisten sind tot und auch die unerklärliche Rückkehr der totgeglaubten Kara Thrace sorgt für Unruhe.
In der zylonischen Flotte zeichnet sich ein bitterer Konflikt über die Gehorsamkeit der Raider ab. Währenddessen versucht Starbuck die Menschen um sie herum zu einer Rückkehr zum Ionischen Nebel zu bewegen.
Kara und ihre Crew sind mit dem Frachter Demetrius auf der Suche nach dem Sternensystem, das Kara in ihrer Vision gesehen hat. Aber auch nach 22 Tagen haben sie keine Spur. In der Flotte erregt die Mission der Demetrius, die von Roslin als geheim eingestuft wurde, ungewollte Aufmerksamkeit. Als frisch gebackener Vertreter von Caprica versucht Lee Adama die Entscheidung der Präsidentin im Zwölferrat zu verteidigen.
Nach dem Tod seiner Frau Cally wird Chief Tyrol von Trauer und Schuldgefühlen überwältigt. Weder die anderen Zylonen, Colonel Tigh und Tory Foster, noch William Adama können Tyrol beruhigen. Im Gegenteil: Von unerklärlichen Halluzinationen angestachelt, macht der Chief in Joes Bar seinen Gefühlen Luft und verliert völlig die Kontrolle über sich.
Schon 58 Tage lang sucht die Crew der Demetrius vergeblich nach dem Weg zur Erde. Die Spannungen an Bord wachsen mit jedem Tag und Starbucks Autorität gerät allmählich ins Wanken. Da taucht plötzlich ein zylonischer Raider mit einem alten Bekannten an Bord auf: Es ist Leoben Conoy, mit dem Starbuck monatelang auf Neu-Caprica zusammenleben musste. Leoben behauptet, er könne Starbuck auf den richtigen Weg bringen.
Nachdem es an Bord der Demetrius beinahe zu einer Meuterei gekommen ist, will Starbuck statt mit dem Frachter mit einem Raptor zum Treffen mit Leobens Basisstern fliegen. Anders und Athena erklären sich bereit, sie zu begleiten. Am Ziel erwartet die Drei ein verblüffender Anblick. Unterdessen verschlechtert sich der Gesundheitszustand von Präsidentin Roslin zusehends.
Der beschädigte Basisstern der rebellierenden Zylonen und die Demetrius sind endlich bei der Flüchtlingsflotte eingetroffen. Die Nummer 6, Natalie, macht den Menschen ein Angebot: Um ihren guten Willen zu demonstrieren, versprechen die rebellierenden Zylonen, den Standort des Verteilerzentrums verraten, das alle zylonischen Auferstehungsschiffe koordiniert. Mit der Zerstörung der Anlage würden alle Zylonen auf einen Schlag sterblich.
Admiral Adama ist durch das Verschwinden von Laura Roslin zutiefst beunruhigt und weigert sich, ihren Vize Tom Zarek als neuen Präsidenten anzuerkennen. Der Zwölferrat muss schnellstmöglich einen anderen Kandidaten präsentieren. Lee macht sich mit dem Anwalt Romo Lampkin auf die Suche nach einem geeigneten Kompromisskandidaten. Admiral Adama stößt derweil mit seiner unbeirrten Suche nach Präsidentin Roslin zunehmend auf Widerstand.
Als Baltar und Roslin den Basisstern der rebellierenden Zylonen betreten, wechselt das Schiff plötzlich in den Hyperraum und entfernt sich mit schnell aufeinander folgenden Sprüngen von der Flotte. Der Hybrid, der den Basisstern steuert, ist durch Natalies Tod in Panik geraten. Während der Sprünge des Basissterns durchlebt Laura Roslin eine Reihe beunruhigender Visionen.
D'Anna entschließt sich, Präsidentin Roslin und die Soldaten an Bord des Basissterns als Geiseln einzusetzen. Auf diese Weise will sie die "letzten Fünf" an Bord der Kolonialschiffe zwingen, endlich ihre Identität preiszugeben. Um das drohende Blutvergießen zu vermeiden, trifft Colonel Tigh eine folgenschwere Entscheidung: Er gibt sich William Adama gegenüber als einer der gesuchten Zylonen zu erkennen.
Felix Gaeta organisiert den Ausbruch von Tom Zarek, der auf die Colonial One flüchten kann. Damit ist alles für den Aufstand bereit, den Zarek und Gaeta in den letzten Wochen vorbereitet haben: Zivilisten und meuternde Militärs übernehmen die Kontrolle an Bord der Galactica. Admiral Adama und Saul Tigh werden von Gaeta auf der Brücke unter Arrest gestellt, doch auf dem Weg in den Gefangenentrakt gelingt es ihnen, ihre Bewacher zu überwältigen. Auch Kara Thrace und Lee Adama entkommen knapp der Gefangennahme und beschließen, gegen die Meuterer vorzugehen...
Während Gaeta und Zarek sich bemühen, die Galactica endgültig unter ihre Kontrolle zu bekommen, organisieren Kara und Lee den Widerstand gegen die Meuterer. Es gelingt den beiden, die Gefangenen zu befreien darunter Colonel Tigh, Sam Anders und Caprica-Sechs.
Sam erholt sich langsam von der Kopfverletzung, die er an Bord der Galactica erlitten hat. Während man überlegt, wie man die Kugel aus seinem Kopf entfernen kann, scheint der ehemalige Widerstandskämpfer plötzlich alles über seine Herkunft und die der anderen Zylonen zu wissen. Unterdessen wird in zahlreichen Rückblenden enthüllt, was mit Ellen geschehen ist, nachdem sie auf New Caprica von Saul Tigh vergiftet wurde...
Ellens Rückkehr an Bord bringt das Beziehungsgeflecht zwischen Caprica-Sechs und Saul Tigh gehörig durcheinander, denn die Ex-Frau will einen Keil zwischen die beiden treiben. Derweil planen die anderen Zylonen, die Flotte zu verlassen und ihr Glück auf eigene Faust zu versuchen. Gaius Baltar muss sich unterdessen interner Konkurrenten erwehren...
Sharon Valerii ist mit einer gestohlenen Raptor und der entührten Hera unterwegs zum Rückzugsort von Cavils Zylonen-Fraktion, einer gigantischen Raumstation namens Kolonie. Sharon merkt bald, dass sie Hera mehr Mitgefühl entgegenbringt, als sie sollte: Denn Cavil will um jeden Preis herausfinden, wie ein Mensch-Zylonen-Hybride entstehen konnte und unterzieht Hera gefährlichen medizinischen Untersuchungen. An Bord der Galactica erfährt Gaius Baltar von Kara Thrace, dass sie auf der Erde ihre eigene Leiche entdeckt hat. Gaius nutzt dieses Wissen für seine eigene Zwecke...
Auf Befehl von Admiral Adama wird die schwer beschädigte Galactica ausgeschlachtet, um die Ersatzteile auf den Rest der Flotte zu verteilen. Auch die Vorbereitungen für den Angriff auf Cavils Zylonen-Stützpunkt, die Kolonie, laufen auf Hochtouren. Da die Erfolgsaussichten äußerst gering sind, lässt der Admiral die Galactica und die übrigen Kampfschiffe mit Freiwilligen bemannen. Die Kolonie kreist gefährlich nah um ein Schwarzes Loch und kann nur von einer Seite aus angeflogen werden was für die Angreifer schnell zur Todesfalle werden könnte...
Der Angriff auf die zylonische Kolonie startet: Wie ein Rammbock bohrt sich die Galactica ins Innere der Raumstation. Enterteams darunter Gaius Baltar, der sich selbst über seinen untypischen Heroismus wundert gehen an Bord, um nach der entführten Hera zu suchen. Die Kämpfe eskalieren schnell, als Cavils Zylonentrupps in die Galactica vordringen, doch am Schluss erweist sich ausgerechnet Baltar als unerwarteter Friedensstifter...
Kara Thrace’ Vision, den FTL-Computer der Galactica mit den Noten aus Heras Zeichnung zu füttern, trägt unerwartete Früchte: Nach dem Sprung durch den Hyperraum stranden die überlebenden Menschen und Zylonen-Rebellen über einem bewohnbaren Planeten. Hier haben sich „unabhängig von den Zwölf Kolonien“ menschenähnliche Lebensformen entwickelt.
