Das Finale der sechsten Staffel setzt ein, nachdem Morgan Jones und Victor Strand es nicht verhindern konnten, dass Kultführer Teddy und sein Anhänger Riley von der gestrandeten USS Pennsylvania aus zehn Atomsprengköpfe abfeuern. Während die Raketen bereits am Himmel stehen, versucht jede Gruppe auf ihre Weise, die verbleibenden Minuten zu überstehen.
Dwight und Sherry stoßen auf eine Familie, die von zwei Kultisten bedroht wird; sie töten die Männer und finden mit der Familie Zuflucht in deren Sturmkeller. Rachel bricht sich beim Reifenwechsel ein Bein und kann sich nicht mehr in Sicherheit bringen. Um ihr Baby zu retten, bindet sie sich und das Kind an Morgans Hund Rufus und nimmt sich das Leben, damit sie als Wiedergängerin den Hund und das Baby zu anderen Überlebenden führt.
Auf dem U-Boot gestehen sich Grace und Morgan ihre Liebe und wollen gemeinsam sterben, statt in der zerstörten Welt weiterzuleben. Im letzten Moment hören sie Rachels Baby: Morgan erlöst die untote Rachel, und die beiden nehmen das Kind zu sich und suchen unter einem Fahrzeug Schutz vor der Druckwelle.
Teddy und Dakota erwarten das Ende auf einer Anhöhe, bis John Dorie Sr. und June auftauchen und Dakota ihre Taten verzeihen. John entdeckt, dass Teddy einen versteckten Bunker besitzt, in dem er die Katastrophe überdauern und später den Rest der Sprengköpfe der Pennsylvania zünden will. Als June und John die beiden entwaffnen und in den Bunker gehen, erschießt die von Teddys Verrat erzürnte Dakota den Kultführer – und wird von der atomaren Explosion verascht.
Victor Strand verschanzt sich in einem Gebäude und trifft dort den Historiker Howard, dem gegenüber er sich als edelmütiger Morgan Jones ausgibt. Nachdem er eine Explosion unbeschadet übersteht, begreift Strand die Verwüstung als Chance auf einen Neuanfang und stimmt eine beinahe schurkische Rede an.
Daniel, Wes, Luciana, Charlie, Jacob, Sarah und Rollie nehmen Riley gefangen, der sie zum Bunker des Kults führen soll. Daniel durchschaut jedoch, dass Rollie ein Spitzel des Kults ist, und tötet ihn; Charlie erschießt Riley. Den Koordinaten folgend, die Daniel über Funk erhalten hat, wird die Gruppe von einem CRM-Hubschrauber gerettet, während die Atomexplosionen die Region erschüttern – der rettende Funkspruch kam von Al.
