Das Serienfinale knüpft direkt an den Cliffhanger von "Fissure Quest" an: Die USS Cerritos hat nur noch wenige Stunden Zeit, um die vollständige Vernichtung des Multiversums zu verhindern. Der Transporter-Klon von Brad Boimler hat einen Soliton-Tachyonen-Ausbruch ausgelöst, der sämtliche Realitäten zu zerstören droht.
Boimler erhält eine Nachricht seines Klons William über die herannahende zerstörerische Multiversums-Energie. Obwohl die Cerritos nur ein einfaches Unterstützungsschiff der California-Klasse ist, ist sie dank der Verbindung zwischen den beiden Boimlers das einzige Schiff, das den Riss schließen kann.
Ein letzter Flug durch das Möglichkeitsfeld
Der Plan sieht vor, den Riss mit einem Gluonenstrahl zu versiegeln. Dafür muss die Cerritos jedoch ein hochinstabiles "Schrödinger-Möglichkeitsfeld" durchqueren, das alles, was es berührt, unvorhersehbar verwandelt. Unterwegs trifft die Crew auf Relga, die die Herausgabe der an Bord befindlichen klingonischen Brüder fordert. Im typischen Lower-Decks-Chaos verwandelt sich die Cerritos dabei immer wieder in andere Schiffstypen – von der Freedom-Klasse über eine schwer bewaffnete Spiegeluniversums-Variante bis hin zu Sovereign-, Galaxy- und Miranda-Klasse.
Die Lower Deckers wachsen über sich hinaus: Boimler und Mariner werden unter dem neuen Captain Ransom zu amtierenden Co-Ersten-Offizieren ernannt. Nach der Stabilisierung des Risses wird Carol Freeman mit der Leitung der Starfleet-Mission zur Erforschung des Multiversums betraut und nach Starbase 80 versetzt. Zum Abschied umarmt sie Mariner ein letztes Mal und erklärt ihr stolz, dass diese sie nicht länger brauche – nun sei Mariner an der Reihe, eigene Abenteuer zu erleben.
Relgas ehrloses Verhalten bewegt den Hohen Rat der Klingonen dazu, Ma'ah zum Captain von Relgas Armada zu befördern, mit Malor als Erstem Offizier. Mit einem dauerhaften Portal zu anderen Dimensionen und Starbase 80 als dessen Hüter endet die Serie. Das Finale markiert das Ende von Mike McMahans Animationskomödie – eine sechste Staffel ist nicht geplant.
