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Die finale fünfte Staffel von Star Trek: Lower Decks startet mit einem Auftakt, der die Crew der USS Cerritos mit sich selbst konfrontiert. An Bord herrscht Alltag: Boimler bringt die neue Ausgabe des Flotten-Magazins mit, in der eine „30 unter 30“-Liste erscheint – nur um festzustellen, dass er kurzfristig aus dem Artikel gestrichen wurde. Rutherford wiederum stürzt sich in die Arbeit, um nicht an Tendis Weggang denken zu müssen.
Die Cerritos erreicht eine Quantenspalte – bereits die dritte in diesem Monat. Captain Freeman ordnet an, diese Risse im Raumzeitgefüge zu schließen, bevor es zu dimensionalen Lecks kommt. Bei dem Manöver gerät die Cerritos in ein Paralleluniversum, in dem alternative Versionen der Besatzung leben, die andere Lebensentscheidungen getroffen haben.
Mariner trifft dabei auf eine Version ihrer selbst, die kein Chaos anrichtet, sondern Karriere gemacht hat. Doch die alternative Mariner entpuppt sich als strenge, autoritäre Vorgesetzte, die ihre Crew schon bei kleinsten Verstößen in den Arrest wirft. Genau diese Gegenspielerin sehnt sich zurück nach dem Dasein als unbekümmerte Unteroffizierin – und entführt kurzerhand die „Prime“-Mariner, um deren Platz einzunehmen.
Die echte Mariner kann jedoch entkommen und überzeugt die Crew der alternativen Cerritos, die Aufmerksamkeit ihres eigenen Schiffs zu erregen. So gelingt es, die beiden Mariners wieder zu tauschen und die „Prime“-Cerritos zurück in ihr Heimatuniversum zu bringen.
Parallel verfolgt die Episode D'Vana Tendi, die inzwischen als Anführerin einer Crew von Orion-Piraten unterwegs ist, um eine Schuld gegenüber ihrer Schwester D'Erika zu begleichen. Trotz aller Beutezüge sehnt sie sich zurück zur Sternenflotte. D'Erika bietet an, die Schuld zu erlassen, wenn D'Vana ein verlassenes orionisches Medizinschiff birgt.
Bei der Bergung gerät Tendis Crew in Konflikt mit einem rivalisierenden Clan der Blauen Orions. Sie überwältigen die Gegner ohne tödliche Gewalt und sichern das Schiff. Doch die Blauen Orions erklären dem Tendi-Clan daraufhin den Krieg. D'Vana entscheidet sich schweren Herzens, ihre Rückkehr zur Sternenflotte erneut aufzuschieben, um ihrer Familie im Krieg beizustehen.
Der Krieg zwischen dem Clan der Tendis und den Blauen Orions eskaliert – bis die Piratenkönigin von Orion beide Häuser vor sich zitiert. Statt eines blutigen Konflikts ordnet sie an, den Streit durch ein riskantes Rennen durch ein Asteroidenfeld beizulegen, an dessen Ende ein Schatz wartet.
Kurz vor dem Rennen erfährt D'Vana, dass ihre Schwester D'Erika schwanger ist – und wird prompt überfürsorglich. Ihre Einmischung stört das Rennen und führt zu einem Unfall. D'Erika gesteht, dass sie die Schwangerschaft bewusst verschwiegen hat, damit sich D'Vana nicht verpflichtet fühlt, zu bleiben, statt zur Sternenflotte zurückzukehren. Die Schwestern versöhnen sich und beenden das Rennen gemeinsam als Unentschieden. Zur Strafe verfügt die Königin, dass beide Clans ihren gesamten Reichtum verlieren.
Parallel unterstützt die USS Cerritos den Planeten Targalus IX bei der Umstellung auf eine neue Wirtschaft ohne Knappheit. Nicht alle sind darüber glücklich: Ehemals wohlhabende Targalaner, die ihren Status verloren haben, nehmen zwei Fähnriche als Geiseln. Dank der Ratschläge von Lieutenant Brad Boimler überstehen die beiden die Entführung und werden schließlich von Boimler und Mariner befreit.
An Bord kümmert sich Lieutenant T'Lyn derweil um ein defektes Shuttle und will Lieutenant Sam Rutherford bei der Reparatur helfen. Doch Rutherford eröffnet ihr, dass er die Arbeit für eine gemeinsame Reparatur mit D'Vana aufgehoben hat. Daraufhin beschädigt T'Lyn das Shuttle kurzerhand erneut.
Zurück auf der Cerritos hat D'Vana eine Idee, wie sie den Verlust ihrer Familie ausgleichen kann: Sie beantragt, dass der aussortierte targalanische Goldschatz und die Juwelen ihrer Familie überlassen werden – und stellt so deren Wohlstand wieder her.
Nach einem Navigationsproblem muss die U.S.S. Cerritos ausgerechnet an der Starbase 80 andocken – jener Station, die innerhalb der Sternenflotte einen legendär schlechten Ruf genießt, personell unterbesetzt und mit veralteter Technik ausgestattet ist. Mariner, die früher selbst dort stationiert war, ist überzeugt, der Ort sei verflucht, zumal Crewmitglieder der Cerritos sich plötzlich wie Zombies benehmen.
Tatsächlich steckt hinter dem Phänomen eine „anaphasische Lebensform“ namens Clem, die die Cerritos auf einer früheren Mission unbemerkt aufgelesen hat. Clem hatte lediglich versucht, sich durch das Besetzen der Crew verständlich zu machen. Als sich die Lebensform als harmlos erweist, darf sie auf der Starbase 80 bleiben – und die Cerritos-Crew, die die geschmähte Station nun mit anderen Augen sieht, hilft, viele ihrer Mängel zu beheben.
Parallel wird Captain Freeman von dem Gedanken besessen, nicht die Fehler ihres Gegenstücks aus einem Paralleluniversum zu wiederholen, das ebenfalls der Starbase 80 zugeteilt war. Der Chefingenieur der Station schickt sie und Ransom auf eine haarsträubende Odyssee durch die Basis – und selbst nachdem die Sache mit Clem geklärt ist, jagen die beiden noch immer einer riesigen Fledermaus hinterher.
An Bord der U.S.S. Cerritos finden Friedensgespräche zwischen zwei photonischen Spezies statt – den Würfeln und den Kugeln, die seit dem Zusammenstoß ihrer Heimatnebel vor über einem Jahrhundert verfeindet sind. Mariner erkennt in Ensign Olly, einer Nachfahrin jener außerirdischen Entität, die die alten Griechen als Zeus verehrten, eine verwandte Seele und nimmt sie unter ihre Fittiche, um das Verschwinden der Kinder der beiden führenden Delegierten aufzuklären.
Aus Angst, wegen ihrer schwachen, unkontrollierten göttlichen Blitzkräfte aus der Sternenflotte entlassen zu werden, vertuscht Olly jedoch Spuren und lenkt den Verdacht auf die Gegenseite – was die Spannungen zwischen Würfeln und Kugeln bis zum offenen Krieg eskalieren lässt, mit der Cerritos zwischen den Fronten. Schließlich beweist Olly ihren Wert als Offizierin, indem sie mit dem Traktorstrahl beide Parteien außer Gefecht setzt.
Es stellt sich heraus, dass die verschwundenen Kinder der Delegierten ineinander verliebt sind und heimlich ein gemeinsames Hybrid-Kind bekommen haben – eine Enthüllung, die die Delegierten zu neuen Friedensgesprächen inspiriert. Parallel eifert Boimler mithilfe eines PADDs seinem erfolgreicheren Gegenstück aus einem Paralleluniversum nach und versucht vergeblich, sich mit der mürrischen Schiffsärztin Dr. T'Ana anzufreunden.
Mariner, Tendi und T'Lyn sind als Undercover-Agentinnen auf dem präindustriellen Planeten Dilmer III unterwegs, auf dem die Zeit extrem verzerrt vergeht: Während auf der Cerritos eine Sekunde verstreicht, ist auf dem Planeten bereits eine ganze Woche vergangen. Ihr Auftrag ist es zu verhindern, dass die Einheimischen auf zurückgelassene Starfleet-Technologie aus einem Paralleluniversum stoßen – konkret auf den Kopf des Androiden Data.
An Bord der Cerritos läuft derweil ein Missgeschick: Boimler und Rutherford wollen Boimlers Gegenstück aus dem Paralleluniversum nachahmen und legen dabei versehentlich den Transporter lahm. Weil dessen Reparatur eine Minute dauert, müssen Mariner, Tendi und T'Lyn auf dem Planeten ein volles Jahr überbrücken.
Tendi ist überzeugt, mit T'Lyn um den Posten der leitenden Wissenschaftsoffizierin zu konkurrieren, und will sie mit wissenschaftlichen Erfolgen übertrumpfen: Sie reaktiviert mithilfe einer behelfsmäßigen Energiequelle Datas Kopf, während T'Lyn den Einheimischen Neuerungen in der Landwirtschaft bringt. Später stellt sich heraus, dass T'Lyn mit ihren Experimenten gar nicht konkurrieren, sondern die Freundschaft der beiden vertiefen wollte. Mariner versucht unterdessen, die Zeitdilatation für ein ganzes zweites Leben zu nutzen, verbringt es jedoch überwiegend im Gefängnis.
Ihr Treiben bleibt nicht unbemerkt: Der misstrauische Einheimische Snell hält die drei für Hexen und will sie vor der Dorfgemeinschaft entlarven – doch es gelingt ihnen, ihn zu diskreditieren und ihre Tarnung zu wahren. Zurück auf der Cerritos empfiehlt Data, bevor er in sein Heimatuniversum zurückkehrt, Captain Freeman, sowohl Tendi als auch T'Lyn zu befördern.
Die vorletzte Folge der Staffel dreht das gewohnte Prinzip um und rückt ausnahmsweise die Führungsoffiziere der USS Cerritos in den Mittelpunkt, während die Lower Deckers im Hintergrund eine Kürbisschnitzparty feiern. Das Schiff befindet sich in den Ringen von Bhungar V, dem Futtergebiet der Buhgoons – Weltraumkreaturen mit Tarnfähigkeit.
Captain Freeman verbringt den Tag damit, Aufführungen und Rituale ihrer Crew zu besuchen, Chefingenieur Billups kämpft gegen eine Kette von Geräteausfällen, die den Warpkern zu überlasten drohen, und Ransom soll mit einer Gruppe zerstrittener Fähnriche eine Herde Buhgoons für einen Gastökologen zusammentreiben. Ransom spielt bewusst Unfähigkeit vor, damit die Fähnriche ihre Feindseligkeit gegen ihn statt gegeneinander richten und schließlich zusammenarbeiten.
Sicherheitschef Shaxs nimmt sich frei und meditiert, um seine traumatischen Erinnerungen an die cardassianische Besetzung von Bajor zu verarbeiten – in einer astralen Vision besiegt er einen Berg von Cardassianern und sein jüngeres Ich. Ärztin T'Ana wiederum, die für zu sparsame Schmerzmittelvergabe kritisiert wird, unterzieht sich selbst schmerzhaften Behandlungen, um ihren Standpunkt zu beweisen.
Als sich der vermeintliche Ökologe als Anführer eines Clicket-Trupps entpuppt, der die Tarnfähigkeit der Buhgoons zur Eroberung der Galaxie nutzen will, wehrt sich die Crew. Freeman erinnert sich, dass Clickets es hassen, gelobt zu werden, und überhäuft die Angreifer so lange mit Komplimenten, bis sie sich zurückziehen. Zum Tagesabschluss trifft Freemans Ehemann, Admiral Alonzo Freeman, auf der Cerritos ein, um den Hochzeitstag zu feiern – eingefädelt von Freemans Adjutanten Stevens.
Die vorletzte Folge der fünften Staffel löst das Rätsel um die interdimensionalen Risse, die sich über die gesamte Season durch das Multiversum ziehen. Im Mittelpunkt steht William Boimler, der bei einem Transporterunfall entstandene Klon von Brad Boimler. Zum Captain befördert, kommandiert er das Raumschiff USS Anaximander der Defiant-Klasse und hat den Auftrag, die Quelle der Risse aufzuspüren und zu stoppen.
Seine Crew besteht aus alternativen Versionen bekannter Star-Trek-Figuren: eine T'Pol, die sechzig Jahre mit Trip Tucker verheiratet war, ein Curzon Dax, der den Dax-Symbionten nie weitergab, sowie ein Garak als Sternenflotten-Chirurg und dessen Ehemann Bashir als medizinisch-holografisches Notfallprogramm. Der Großteil der Besatzung besteht aus zahllosen Varianten von Fähnrich Harry Kim. Unterwegs stößt eine alternative Mariner als Ingenieurin dazu und entwickelt eine Methode, das für die Risse verantwortliche Schiff aufzuspüren.
Dessen Kommandantin ist eine alternative Lily Sloane, die in ihrer Realität statt des Warp-Antriebs die interdimensionale Reise erfunden hat – die Risse sind eine unbeabsichtigte Nebenwirkung ihrer Technologie. Sloane erklärt sich bereit, der Crew bei der Heimreise zu helfen. Doch der einzige Harry Kim, der es zum Lieutenant gebracht hat und über seine ewige Fähnrich-Existenz verbittert ist, kapert Sloanes Schiff und entführt die übrigen Kims, um sie in eine Realität zu bringen, in der man sie respektiert.
Als die anderen sich wehren, beamt er sie zurück auf die Anaximander. Sein Plan scheitert: Das beschädigte Schiff explodiert beim Eintritt in einen Riss und setzt eine Energiewelle frei, die das gesamte Multiversum zu vernichten droht. Um Zeit zu gewinnen, lenkt William die Welle gezielt in sein eigenes Universum – in der Hoffnung, dass sein Gegenpart und die Freunde auf der USS Cerritos rechtzeitig eine Lösung finden. Die Folge endet mit einem Cliffhanger, der das Finale vorbereitet.
Das Serienfinale knüpft direkt an den Cliffhanger von "Fissure Quest" an: Die USS Cerritos hat nur noch wenige Stunden Zeit, um die vollständige Vernichtung des Multiversums zu verhindern. Der Transporter-Klon von Brad Boimler hat einen Soliton-Tachyonen-Ausbruch ausgelöst, der sämtliche Realitäten zu zerstören droht.
Boimler erhält eine Nachricht seines Klons William über die herannahende zerstörerische Multiversums-Energie. Obwohl die Cerritos nur ein einfaches Unterstützungsschiff der California-Klasse ist, ist sie dank der Verbindung zwischen den beiden Boimlers das einzige Schiff, das den Riss schließen kann.
Der Plan sieht vor, den Riss mit einem Gluonenstrahl zu versiegeln. Dafür muss die Cerritos jedoch ein hochinstabiles "Schrödinger-Möglichkeitsfeld" durchqueren, das alles, was es berührt, unvorhersehbar verwandelt. Unterwegs trifft die Crew auf Relga, die die Herausgabe der an Bord befindlichen klingonischen Brüder fordert. Im typischen Lower-Decks-Chaos verwandelt sich die Cerritos dabei immer wieder in andere Schiffstypen – von der Freedom-Klasse über eine schwer bewaffnete Spiegeluniversums-Variante bis hin zu Sovereign-, Galaxy- und Miranda-Klasse.
Die Lower Deckers wachsen über sich hinaus: Boimler und Mariner werden unter dem neuen Captain Ransom zu amtierenden Co-Ersten-Offizieren ernannt. Nach der Stabilisierung des Risses wird Carol Freeman mit der Leitung der Starfleet-Mission zur Erforschung des Multiversums betraut und nach Starbase 80 versetzt. Zum Abschied umarmt sie Mariner ein letztes Mal und erklärt ihr stolz, dass diese sie nicht länger brauche – nun sei Mariner an der Reihe, eigene Abenteuer zu erleben.
Relgas ehrloses Verhalten bewegt den Hohen Rat der Klingonen dazu, Ma'ah zum Captain von Relgas Armada zu befördern, mit Malor als Erstem Offizier. Mit einem dauerhaften Portal zu anderen Dimensionen und Starbase 80 als dessen Hüter endet die Serie. Das Finale markiert das Ende von Mike McMahans Animationskomödie – eine sechste Staffel ist nicht geplant.