Das Serienfinale führt die Kloneinheit 99 ein letztes Mal zusammen: Hunter, Wrecker, Crosshair, Echo und Emerie wollen Omega aus den Fängen von Dr. Hemlock befreien, der auf dem Berg Tantiss seine Experimente an den gefangenen Klonen betreibt. Omega wartet jedoch nicht auf Rettung, sondern ergreift selbst die Initiative.
Im Inneren der Anlage gelingt es den festgehaltenen Kindern, sich zu befreien – und dabei die gefangene Zillo-Bestie loszulassen. Das wütende Ungeheuer beginnt, die Einrichtung zu zerstören, und verschafft der Bad Batch damit die nötige Ablenkung, um in die Basis einzudringen. Omega hat sich zu diesem Zeitpunkt bereits mit den Kindern Jax, Sami, Eva und Bayrn abgesetzt.
Beim finalen Aufeinandertreffen nimmt Hemlock Omega als Geisel. Sie kennt den Plan ihrer Familie jedoch längst, sticht ihn nieder und schafft Crosshair damit trotz seines Zitterns freie Schussbahn. Gemeinsam strecken Hunter und Crosshair Hemlock nieder. Die wiedervereinte Kloneinheit 99 entkommt mit den befreiten Gefangenen in den Hyperraum – kurz bevor Tarkins imperiale Flotte eintrifft, um Tantiss endgültig stillzulegen.
Nach dem Sieg findet die Truppe ein dauerhaftes Zuhause auf Pabu. Ein Zeitsprung von mehr als einem Jahrzehnt zeigt Omega schließlich als junge Erwachsene: Sie bricht auf, um als Pilotin für die Rebellion gegen das Imperium zu kämpfen. Der sichtlich gealterte Hunter sorgt sich, akzeptiert aber ihre Entscheidung – er und seine Brüder haben genug gekämpft, und Omegas Weg ist nun ihr eigener. Mit diesem hoffnungsvollen Abschied endet die Serie.
