Die vierte Staffel setzt unmittelbar am Ende der dritten an: Superman und der Kryptonier Doomsday tragen ihren Kampf im All aus. Der Auftakt verwebt das Duell mit Rückblenden auf Clarks Leben – wie er Lois seine Identität offenbart, die Geburt der Zwillinge und stille gemeinsame Momente des Paares.
Auf der Erde hat Lex Luthor ein Hotel in Smallville gekauft und zu seiner neuen Operationsbasis gemacht. Von dort setzt er den Kents zu. Sein Handlanger-Duo Otis und eine Frau, die sich Gretchen nennt (nicht ihr echter Name), hat General Sam Lane entführt und lebendig begraben. Jordan spürt Sam auf und rettet ihn.
Im All erreicht das Duell seinen Höhepunkt: Doomsday überwältigt Superman, tötet ihn und reißt ihm das Herz heraus. Den leblosen Körper bringt er zur Erde und legt ihn vor den Kents ab, das Herz übergibt er Lex Luthor.
Luthor lässt das Herz in eine eigens angefertigte Box legen, die der LuthorCorp-Mitarbeiter Milton Fine gebaut hat. Gemeinsam mit seiner Vertrauten Amanda McCoy verfolgt er zugleich die Spur zu seiner entfremdeten Tochter Elizabeth. Otis und „Gretchen“ rät er, nach der missglückten Entführung vorerst unterzutauchen.
