Das Staffelfinale setzt 32 Tage nach den vorherigen Ereignissen ein, während sich Smallville auf die Feier zum Meteoritenschauer vorbereitet. Nach Lois’ überstandener Krebsbehandlung rückt die Familie enger zusammen: Die Kents planen eine gemeinsame Reise nach Italien, Chrissy erfährt, dass sie schwanger ist, und teilt die Nachricht mit Kyle. Sam bietet John einen Posten beim DOD in Metropolis an, John und Lana gehen aus, und Clark ermutigt Jordan, sich mit Sarah auszusprechen – auch wenn die beiden beschließen, keine Freunde mehr zu sein.
Parallel zieht Lex Luthor seine Fäden: Er lässt Richterin Reagen ermorden und lockt Sam über eine Frau namens Gretchen in eine Falle, die ihn entführt und zu Luthor bringt. Damit schaltet Lex Supermans wichtigste Unterstützung aus, bevor er seinen eigentlichen Schlag führt.
Der Kern des Finales ist Luthors Entdeckung, dass der Inverse Superman (Bizarro) jedes Mal stärker wiederaufersteht, wenn er getötet wird. Luthor tötet ihn wiederholt und formt ihn so in ein nahezu unzerstörbares Monster um – Doomsday. Diese Kreatur hetzt er auf Superman, um Lois’ letzte Verteidigungslinie endgültig zu beseitigen.
Während der Feierlichkeiten verloben sich Kyle und Chrissy, doch der Frieden währt nicht lange. Superman stellt sich Doomsday in einem erbitterten Kampf. Zwar spießt er das Monster zunächst auf, doch es erwacht erneut, ist inzwischen zu mächtig und schlägt Clark bewusstlos, um ihn in den Weltraum zu tragen.
In Erinnerung an seine Familie sammelt Clark seine Kräfte und schleudert das Monster auf die Mondoberfläche. In der Schlusseinstellung stürmen Superman und Doomsday mit tödlicher Absicht aufeinander zu – ein Cliffhanger, der den Ausgang offenlässt und den finalen Kampf in die vierte Staffel verlagert.
