Die Handlung kehrt in die Gegenwart zurück, in der das Attentat von E-Day die Lage für Mutanten drastisch verschärft hat: Die US-Regierung lässt Mutanten aufgreifen und internieren. Cable stellt X-Force zusammen, eine paramilitärisch agierende Eingreiftruppe, der er neben Psylocke und Archangel nun auch Sunspot und Jubilee anschließt.
Parallel dazu formiert sich X-Factor, ein staatlich finanziertes Team unter der Führung von Havok. Die unterschiedlichen Methoden beider Gruppen führen zum offenen Konflikt zwischen ihnen und spiegeln damit den alten Gegensatz zwischen Xavier und Magneto in der nächsten Generation von Mutanten wider.
In Rio de Janeiro spürt X-Force den Mutanten War auf und nimmt ihn gefangen. Seine Erinnerungen zeigen, wie er eine Kiste zu Apocalypse bringt, doch eine psychische Sperre aus Diamant blockiert weitere Erkenntnisse. Cable tötet War, ehe das Team weiter nach London zieht, um Emma Frost aufzuspüren.
Auf der Suche nach den in Gefangenschaft gehaltenen Mutantenkindern verschafft Polaris Jubilee einen Vorsprung, damit diese sich freikämpfen kann – ein Moment, der Jubilees Entwicklung von Wolverines Sidekick zu einer eigenständigen Heldin unterstreicht, die sich auch gegen Cables kompromisslosen Kurs innerhalb des eigenen Teams stellt.