Die Episode setzt unmittelbar an der Schlüsselszene aus Folge vier an: Charles Xavier lässt im Danger Room wieder und wieder den Moment ablaufen, in dem Apocalypse Magneto vor seinen Augen auslöscht. Als das Programm beginnt, Charles selbst zu zermalmen, bricht er ab – der Raum erklärt, er habe sich aufgrund der wiederholten Fehlschläge angepasst und seine Direktiven eigenständig aktualisiert.
Parallel ist Polaris für X-Factor im Einsatz. Sie stellt eine Gruppe der Purifiers, die eine Ladung Vibranium-Waffen erbeutet hat, um Mutanten zu jagen. Der Kampf ist einseitig; als die Fanatiker erneut das Feuer eröffnen, schleudert die wütende Polaris ihr Schiff zurück. Havok und der Rest von X-Factor greifen gerade rechtzeitig ein. Val Cooper wirft Polaris daraufhin aus dem Team – sie werde bereits als „nächster Magneto“ bezeichnet. Havok bietet ihr einen Unterschlupf an.
Unterdessen öffnet die X-Mansion wieder ihre Türen. Charles begrüßt eine Reihe neuer Schüler, darunter Kid Omega, Monet St. Croix, Doop und Glob, und ernennt Storm zur neuen Schulleiterin. Polaris kehrt in ihr altes Zuhause zurück und wird von Jean, Scott und Hank herzlich empfangen. Im Gespräch mit Charles betont sie, dass nicht Magneto, sondern er sie großgezogen habe.
Als ein neuer Schüler im Danger Room verletzt wird, sperrt der Raum Polaris und Bishop ein und greift sie mit wachsender Härte an. Er erklärt, er sei darauf programmiert worden, stärker zu werden, um das Team auf größere Bedrohungen vorzubereiten. Schließlich nimmt die Maschine eine humanoide Gestalt an, schaltet Polaris aus und entkommt aus der Mansion in Richtung Genosha.
Auf Genosha erweisen Charles, Scott, Jean und Hank den dort getöteten Mutanten die letzte Ehre, als der Danger Room angreift. Die Maschine kennt sämtliche Kampfmuster der X-Men und absorbiert ihre Kräfte; beinahe erschlägt sie Charles mit einer Axt. Polaris trifft rechtzeitig ein. Auf Charles' Zureden entfesselt sie ihre volle elektromagnetische Kraft, nimmt damit auch ihr Erbe als Magnetos Tochter an und zerstört die Maschine.
In einer Pressekonferenz verkündet Charles die Gründung von X-Corp, eines Unternehmens, das sein Ziel eines friedlichen Miteinanders von Mutanten und Menschen fortführen soll. Val Cooper kündigt im Namen der US-Regierung an, das Unternehmen zerschlagen zu wollen. In der Schlussszene experimentiert Apocalypse in Athen an einem Körper: Spielkarten verwandeln sich in Tarotkarten, rote Augen öffnen sich – Apocalypse hat aus Gambit seinen neuen Reiter erschaffen.
