Im Jahr 2120, zwei Jahre vor den Ereignissen des ursprünglichen Films Alien, kehrt das Forschungsschiff Maginot des Weyland-Yutani-Konzerns von einer 65-jährigen Mission zurück, auf der es außerirdische Exemplare gesammelt hat. Als die Besatzung wieder in den Kälteschlaf geht, brechen die Kreaturen aus. Der Cyborg-Sicherheitsoffizier Kumi Morrow meldet, dass alle übrigen Crewmitglieder tot sind, ignoriert ihre Hilferufe und verschanzt sich, kurz bevor das Schiff auf der Erde einschlägt.
Auf der Erde betreibt der Prodigy-Konzern auf seiner Forschungsinsel „Neverland“ ehrgeizige Experimente. Der junge CEO Boy Kavalier überwacht, wie das Bewusstsein der todkranken elfjährigen Marcy Hermit in einen synthetischen Körper übertragen wird – ein sogenannter Hybrid. Kavalier, besessen von der Geschichte um Peter Pan und dem Traum von ewiger Jugend und Unsterblichkeit, gibt ihr den Namen Wendy. Gemeinsam mit der Verhaltenstherapeutin Dame Sylvia hilft sie, weitere Hybriden zu erschaffen: Slightly, Curly, Nibs, Smee und Tootles, genannt die „Lost Boys“.
Die Maginot stürzt in die Prodigy-Stadt New Siam. Wendys menschlicher Bruder Joe, ein Sanitäter und Soldat von Prodigy, der seine Schwester für an ihrer Krankheit verstorben hält, wird einem Such- und Rettungsteam zugeteilt. Morrow taucht auf und versucht, das Gebiet zu sichern: Er zwingt die beiden Soldaten Hoyt und Anant, sich an eine Stange zu fesseln, und macht sich auf die Suche nach dem Xenomorph – Hoyt ahnt dabei nicht, dass sich ein blutegelartiges Wesen in seine Rüstung geschlichen hat.
Als Wendy in einer Nachrichtenmeldung ihren Bruder erkennt, überredet sie Kavalier, die Absturzstelle inspizieren zu dürfen; er stellt ihr jedoch den synthetischen Wissenschaftsoffizier Kirsh zur Überwachung an die Seite. Auf dem Weg dorthin diskutieren die beiden über die Schwächen und das Potenzial der Menschheit, während Wendy klarmacht, dass sie fest entschlossen ist, ihren Bruder zu retten.
Hoyt und Anant, die sich nicht befreien können, werden von den blutsaugenden Egeln getötet. Joes Team findet unterdessen die Kälteschlafkammern mit den Leichen der Crew und folgt einer Blutspur – ohne einen toten Facehugger zu bemerken. Als das Schiff zusammenzubrechen beginnt, verschließen sich die Türen und sperren das Team im Inneren ein.
