Nach dem Mord an Bruce Wayne sind Turner Hayes und seine Freunde — Carrie Kelly alias Robin, die Geschwister Harper und Cullen Row sowie Duela — als Verdächtige auf der Flucht. Über die geheimnisvolle Organisation Court of Owls wissen sie kaum mehr als einen Kinderreim und ein Logo auf einer Uhr. Turner will den Fall aufklären, den Batman bei seinem Tod hinterließ; Carrie schlägt vor, in Bruce Waynes persönlichen Journalen im Wayne Tower nach Hinweisen zu suchen.
Bürgermeister Hamilton Hill stellt eine Sondereinheit zusammen, um die Gruppe zu jagen. Die Hackerin Stephanie Brown weiht ihren Freund Brody in ihre Verbindung zu Turner ein und lernt die übrigen Flüchtigen in deren Versteck kennen. Als die Polizei nachverfolgt, wen Turner aus dem Gewahrsam angerufen hat, wird Stephanie verhaftet — doch Brody nimmt die Schuld für ihren Bankenhack auf sich und nutzt die Beziehungen seines wohlhabenden Vaters, um die Folgen abzumildern.
Harvey Dent entdeckt derweil, dass der Talon die abgetrennten Köpfe von Detective Ford und dessen Männern an das GCPD geschickt hat. Turner plant, über Bruce Waynes privaten Aufzug — dessen Code 1939 auf das Erscheinungsjahr des ersten Batman-Comics verweist — in dessen Büro im Wayne Tower einzudringen. Während Turner und Carrie das Batman-Versteck samt Journalen finden, warten Duela, Harper und Cullen in der Garage; Duela will die erbeutete Court-of-Owls-Uhr verkaufen und fliehen, doch Cullen weigert sich, Turner und Carrie im Stich zu lassen.
In den Journalen erfahren Turner und Carrie, dass der Court seit Generationen Mitglieder der Wayne-Familie jagt und tötet und dass Bruce' Urgroßvater Alan Wayne sein Leben dem Nachweis der Existenz des Court widmete. Da taucht der Talon auf und greift an. Duela lockt Harper und Cullen mit einem Vorwand aus dem Fluchtwagen und fährt allein davon. Mithilfe von Carries Robin-Ausrüstung entkommen die vier dem Talon aus dem Wayne Tower.
Turner erkennt, dass der hohe Preis für die Uhr nicht dem Objekt gilt, sondern dazu dient, ihren Besitzer aufzuspüren — was sich bestätigt, als Duela beim Verkaufsversuch mit einer Waffe bedroht wird. Der Talon tötet den Käufer und will Duela umbringen, doch die Gruppe rettet sie: Turner stellt sich dem Attentäter mit Bruce Waynes Schwert, und Carrie stoppt ihn schließlich mit einem Explosivpfeil, den der Talon jedoch übersteht. Zurück im Versteck bemerkt Turner, dass Seiten aus dem Journal herausgerissen wurden — heimlich von Carrie, die damit ein Geheimnis über Turner verbirgt. Zugleich zeigt sich, dass auch Cressida und Bürgermeister Hill mit dem Court of Owls im Bunde stehen.
