Die zweite Staffel beginnt mit einem Sprung in die Vergangenheit. Im Zentrum stehen Satoru Gojo und Suguru Geto als Schüler der Jujutsu-Oberschule in Tokio – lange bevor ihre Wege sich trennten. Gemeinsam mit Shoko Ieiri gelten sie als der vielversprechendste Jahrgang ihrer Generation.
Die Folge setzt mit einem Einsatz von Utahime Iori und Mei Mei ein, die ein verlassenes Herrenhaus untersuchen sollen, aus dem immer wieder Menschen spurlos verschwinden. Im Inneren bemerken die beiden zu spät, dass sie in einer Barriere gefangen sind, die Raum und Zeit verzerrt – wieder und wieder stoßen sie auf dieselben Spuren. Die Jujutsu-Oberschule schickt Gojo, Geto und Shoko zur Verstärkung; Gojo reißt das Gebäude kurzerhand auseinander und befreit die Eingeschlossenen.
Anschließend erhalten Gojo und Geto einen Auftrag, der direkt auf Empfehlung von Meister Tengen zustande kommt. Tengen, eine unsterbliche Schlüsselfigur der Zaubererwelt, muss sich alle 500 Jahre mit einem sogenannten Sternenplasma-Gefäß verschmelzen, um seine Menschlichkeit und die Stabilität der Barrieren über Japan nicht zu verlieren. Das aktuelle Gefäß ist die junge Riko Amanai, die die beiden sicher zu Tengen eskortieren sollen.
Der Auftrag ist heikler als gedacht, denn Riko ist ein begehrtes Ziel. Eine religiöse Gruppierung will ihre Verschmelzung um jeden Preis verhindern und setzt dafür angeheuerte Kämpfer in Bewegung. Als Geto das Mädchen abholen will, explodiert das Gebäude, in dem sie sich aufhält.
Zum Abschluss werden Gojo und Geto getrennt voneinander angegriffen, während im Hintergrund bereits Toji Fushiguro ins Spiel gebracht wird – ein gefürchteter Zaubererjäger, der selbst über keine eigene Fluchkraft verfügt. Damit ist die Ausgangslage für den Handlungsbogen um Gojos Vergangenheit gesetzt, der seine Entwicklung zum stärksten Zauberer der Welt einleitet.
