Einer der Verschollenen wird ausgewählt, in die mysteriöse Luke zu steigen. Shannon trifft im Dschungel auf eine schockierend bekannte Gestalt. Freunde, Familien und Feinde müssen weiter zusammenarbeiten, um zu überleben.
Michael, Sawyer und Jin, die Walts Verschleppung und die Zerstörung ihres Floßes mit ansehen mussten, kämpfen um ihr Leben und entdecken einen weiteren Räuber auf dem offenen Meer. Auf der Insel muss Locke in die Luke hineinsteigen.
Jack, Locke und Kate erfahren mehr über das Geheimnis der Luke. Sawyer, Michael und Jin werden zusammengeschlagen und gefangen genommen und fragen sich, ob sie von anderen Überlebenden oder den ominösen "Anderen" gefangen gehalten werden.
Die Erinnerung an ein traumatisches Ereignis machen Hurley zu schaffen, als er hinter der Luke eine Aufgabe erledigen soll. Unterdessen erfahren Sawyer, Michael und Jin, um wen es sich bei ihren Entführern handelt, und Claire macht eine beunruhigende Entdeckung über das Schicksal des Floßes.
Fest entschlossen, Walt zu finden, bricht Michael alleine in den Dschungel auf. Unterdessen werden Sawyer und Jin von ihren Entführern aufgefordert, sie zu ihrem Lager zu bringen, und Sun sucht panisch nach ihrem verschwundenen Ehering.
Sawyers Verletzung wird immer ernster und schließlich lebensgefährlich, als er, Michael und Jin sich gemeinsam mit den Überlebenden aus dem Flugzeugheck durch den Dschungel kämpfen. Unterdessen hat Shannon erneut Visionen von Walt.
Die 48 Tage der zweiten Gruppe der Überlebenden aus dem Flugzeugheck werden geschildert. Ana Lucia, Mr. Eko, Libby, Cindy, Bernhard und Goodwin haben entsetzliche Erlebnisse und kämpfen gegen die gefürchteten "Anderen".
Als Ana Lucia und ihre Gruppe auf Sayid und die übrigen Überlebenden treffen, kommt es zum Handgemenge. Sayid will Shannons Tod rächen, doch Ana Lucia kann ihn überwältigen. Bewusstlos wird er an einen Baum gefesselt.
Kates Verbrechen, das sie vor dem Absturz abtauchen ließ, wird aufgedeckt. Indessen müssen die Überlebenden Shannon begraben. Kate macht am Krankenlager von Sawyer kein Auge zu. Mr. Eko hat für Locke eine Überraschung über die Luke parat.
Mr. Eko horcht Charlie über die Marienstatue aus. Claire verliert das Vertrauen zu Charlie, als sie hinter sein Geheimnis kommt, und Jack schaut interessiert zu, als Kate dem genesenden Sawyer einen längst fälligen Haarschnitt verpasst.
Jack, Locke und Sawyer folgen einem unbeirrbaren Michael, nachdem der in den Dschungel in Richtung der "Anderen" aufbricht, um Walt zu suchen. Unterdessen reagiert Sun überraschend auf Jins Wunsch, sich dem Suchtrupp anzuschließen.
Charlie befürchtet nach einem bizarren Traum, dass Claires Baby Aaron in Gefahr schwebt, und Locke hat den Verdacht, dass Charlie wieder Drogen nimmt. Unterdessen ermutigt Sawyer Hurley, seiner Schwärmerei für Libby Taten folgen zu lassen.
Als Sun bei einem Entführungsversuch verletzt wird, befürchten die Überlebenden, dass "die Anderen" zurückgekehrt sein könnten. Unterdessen sieht Sawyer amüsiert zu, als die Diskussionen zwischen Jack, Locke, Kate und Ana Lucia eskalieren.
Sayid wird von Rousseau zu einem geheimnisvollen Gefangenen im Dschungel geführt und will herausfinden, ob es sich um einen "der Anderen" handelt. Indessen entdeckt Sawyer Hurleys Vertrauensbruch, der verheerende Auswirkungen haben könnte.
Claire versucht, mit Kate und Rousseau die Stelle zu finden, wo sie entführt wurde, weil es dort möglicherweise ein Heilmittel gegen die Krankheit des kleinen Aaron gibt. Jack und Locke müssen ihren Gefangenen vor den anderen geheimhalten.
Sun ringt mit dem Gedanken, Jin ein Geheimnis zu verraten, welches die Gemeinschaft der Überlebenden aus dem Gleichgewicht zu bringen droht. Unterdessen erhofft sich Locke von Ana Lucia, dass diese dem Gefangenen Informationen entlockt.
Als der Bunker hinter der Luke ein Eigenleben entwickelt, ist Locke gezwungen, Hilfe von dem gefangenen Henry anzunehmen. Ana Lucia, Sayid und Charlie brechen in den Dschungel auf, um die Wahrheit über Henry in Erfahrung zu bringen.
Als Hurley Halluzinationen hat und Angst bekommt, dass die Insel eine seltsame Wirkung auf ihn hat, findet er Halt bei Libby. Locke sieht sich infrage gestellt, als der Gefangene neue Informationen über den Bunker preisgibt.
Rose ist vehement gegen die Idee ihres Ehemanns Bernhard, ein SOS-Signal zu senden. Zwischen Jack und Kate kommt es erneut zu romantischen Gefühlen, als sie in den Dschungel aufbrechen, um "den Anderen" einen "Tausch" vorzuschlagen.
Jack und Kate bringen den erschöpften Michael ins Lager zurück und mit ihm neue Informationen über "die Anderen". Unterdessen will Ana Lucia dem Gefangenen ein Geständnis entlocken und Hurley plant eine Überraschung für Libby.
Mr. Eko macht sich mit Lockes Unterstützung auf die Suche nach einem geheimen Ort, der, wie er glaubt, Antworten auf die Geheimnisse der Insel bereithält. Jack und die anderen haben Mühe, mit der entsetzlichen Lage im Bunker fertigzuwerden.
Michael überredet Jack und mehrere andere Überlebende, ihm bei der Befreiung Walts aus den Fängen "der Anderen" zu helfen. Unterdessen hat Charlie Probleme mit Ekos Entscheidung, die Kirche nicht weiterzubauen.
Als sie vor der Küste etwas Seltsames entdecken, überlegen sich Jack und Sayid einen Plan, wie man "die Anderen" überrumpeln und Walt zurückbekommen könnte. Locke trifft eine Entscheidung hinsichtlich des "Knopfs" und des Bunkers.
Eko und Charlie versuchen die Brandschutztür der Station mit Dynamit aufzusprengen. Der Countdown läuft und Locke erkennt zu spät, dass er einen Fehler gemacht hat. Desmond versucht, die Insel zu retten und trifft eine schwere Entscheidung.
