Die Überlebenden des Flugzeugabsturzes sitzen noch immer auf der Insel im Pazifik fest. Jack, Kate und Sawyer entdecken nach und nach, dass sie sich aus der Gefangenschaft "der Anderen" nicht leicht befreien werden.
Sayids Plan, Jack ausfindig zu machen, bringt Sun und Jin in Lebensgefahr. Indessen werden Kate und Sawyer in der Gefangenschaft unter übelsten Bedingungen zu Schwerstarbeit gezwungen und Henry macht Jack ein äußerst verlockendes Angebot.
Es wird nun klar, welches Schicksal Locke, Eko und Desmond bei der Implosion im Bunker ereilt hat. Hurley kehrt zum Strandlager zurück, um von seiner, Jacks, Kates und Sawyers Begegnung mit "den Anderen" zu berichten.
Sawyer erfährt, wie weit ihre Peiniger zu gehen bereit sind, um seine und Kates Fluchtpläne zu verhindern, und Jack soll eine "der Anderen" operieren. Indes verblüfft Desmond die Überlebenden mit dem Bau eines rätselhaften Gegenstands.
Im Delirium ringt Eko mit den Dämonen seiner Vergangenheit, während Locke und seine Begleiter sich zur "Perle"-Inselstation der Dharma-Initiative begeben. Dort wollen sie einen PC suchen, mit dem sie Jack, Kate und Sawyer zu finden hoffen.
Jack trifft eine Entscheidung bezüglich Bens Angebot. Kate ist hilflos, als der wütende Pickett seine Drohung, Sawyer zu töten, wahr machen will. Locke entdeckt eine versteckte Nachricht, die die Geheimnisse der Insel entschlüsseln könnte.
Jack ist Herr der Lage, als er Bens Schicksal im wörtlichen Sinne in der Hand hat. Indessen finden Kate und Sawyer einen Verbündeten in einem "der Anderen", und Juliet trifft eine verblüffende Entscheidung, die ihr Ansehen gefährden könnte.
Der misstrauische und entschlossene Hurley versucht mithilfe von Charlie, die Wahrheit aus Desmond herauszubekommen, der sich seit der Implosion im Bunker merkwürdig verhält. Es scheint, als ob Desmond künftige Gefahr vorhersehen kann.
Es kommt zu einem Machtkampf zwischen Jack und "den Anderen" und es scheint ungewiss, was mit Juliets Zukunft geschehen wird. Unterdessen befinden sich Kate, Sawyer und Karl weiterhin auf der Flucht von "Alcatraz".
Als Hurley ein Schrottauto auf der Insel entdeckt, schöpft er neue Hoffnung. Zudem kommt es endlich zum Wiedersehen von Kate und Sawyer mit den anderen Überlebenden, doch Kate hat schwere Gewissensbisse, weil sie Jack zurückgelassen haben.
Locke, Sayid und Kate haben eine merkwürdige Anlage mit geheimnisvollen Bewohnern bemerkt und nehmen sie unter die Lupe. Unterdessen nimmt Sawyer an einem Tischtennisturnier teil, um seinen Besitz zurückzubekommen.
Claire wird misstrauisch, als Charlie merkwürdig auf ihren Vorschlag reagiert, wie man alle retten könnte. Unterdessen nehmen die Spannungen zwischen Sayid und Locke zu, während sie unterwegs sind, um Jack zu befreien.
Um Locke von seinem destruktiven Vorhaben abzubringen, will ihm Ben einige Geheimnisse der Insel verraten. Kates Freude am Wiedersehen mit Jack ist verdorben, als sie entdeckt, dass er sich mit "den Anderen" auf einen Deal eingelassen hat.
Hurley hat den Verdacht, dass Sawyer in ein Inselmysterium verwickelt ist, das sich um zwei der Überlebenden dreht. Sun erfährt die Wahrheit darüber, was wirklich passiert ist, als "die Anderen" versucht haben, sie zu entführen.
Kate entdeckt, dass sie von jemandem aus den eigenen Reihen an "die Anderen" verraten worden ist, und muss sich mit Juliet durch den Dschungel kämpfen. Hurley macht Sawyer klar, dass er mit seinem Egoismus nicht weiterkommt.
Jacks freudiges Wiedersehen mit den Überlebenden ist jäh vorbei, als diese sehen, dass er von einer "der Anderen" begleitet wird, und Claire bekommt plötzlich eine geheimnisvolle, lebensbedrohliche Krankheit.
Desmond lockt Charlie, Hurley und Jin durch den Dschungel, nachdem er eine Zukunftsvision hatte. Doch bringt er Charlie absichtlich in Lebensgefahr? Indes widmet sich Kate dem arglosen Sawyer, nachdem sie Jack mit Juliet allein gesehen hat.
Die schwangere Sun erfährt, dass noch keine schwangere Frau überlebt hat, bevor sie ihr Kind auf der Insel zur Welt bringen konnte. Desmond lässt sich von einem Widersacher bei der Rettung einer geheimnisvollen neuen Inselbewohnerin helfen.
Locke hat seinen Glauben wiedergefunden und flieht vor "den Anderen". Er will Sawyer überreden, einen gemeinsamen Erzfeind zu vernichten. Indes enthüllt ein neuer Inselbewohner schockierende Neuigkeiten über den Oceanic Airlines Flug 815.
Widerwillig beginnt Ben, Locke in die Geheimnisse der Insel einzuweihen, und fängt dabei mit dem mysteriösen Jacob an. Locke erfährt, dass Ben nicht der Anführer "der Anderen" ist, auch Juliets Geheimnis wird allgemein bekannt.
Während Jack einen Plan schmiedet, wie man "die Anderen" endgültig loswerden könnte, entdeckt Sayid einen Schwachpunkt in deren System, der die Rettung ermöglichen könnte. Doch dazu müsste Charlie eine sehr gefährliche Aufgabe übernehmen.
Jack und die anderen Überlebenden setzten alles daran, Kontakt mit Naomis Rettungsschiff aufzunehmen. Sayid, Jin und Bernhard verstecken sich am Strand, um die "Anderen" als Scharfschützen in einem Hinterhalt zu überwältigen.
Jack und die anderen Überlebenden hoffen auf die Rettung. Jack ist mit einigen der Überlebenden auf dem Weg zum Funkturm, um Kontakt zur Naomis Bergungsschiff aufzunehmen, doch Ben warnt sie, dass das alle auf der Insel töten könnte.
