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Die Folge setzt drei Monate nach dem Staffel-2-Finale ein: Ben reist nach Havanna, um anhand einer Zeichnung seines Sohnes Cal das Boot Tesoro di San Antonio aufzuspüren. Kaum an Bord, trifft eine intensive Berufung gleichzeitig Ben, Cal (zu Hause) und Michaela (in den Flitterwochen in Costa Rica) – zusammen mit einer fremden jungen Frau. Über einen Videoanruf identifizieren sie die Frau als Angelina Meyer, eine Passagierin von Flug 828, die nie auf Kontaktversuche reagiert hat. Cal fürchtet, die Berufung bedeute, dass sie alle kurz vor dem Tod stünden.
Ben besticht die Bootsbesitzer, die ihm im Hangar das geborgene Seitenleitwerk der Unglücksmaschine zeigen. Ein Junge filmt die Szene heimlich mit dem Handy. Als Ben das Leitwerk berührt, wird er von einer unsichtbaren Kraft zurückgeschleudert und verliert das Bewusstsein. Er arbeitet in Wahrheit mit Vance und dessen Kollegen Emmett zusammen, die sich in der Nähe befinden.
Durch das Handyvideo wird die kubanische Polizei aufmerksam und verlangt, dass Ben das Leitwerk erneut berührt – diesmal löst der Kontakt nur eine elektrische Störung aus. Vance und Emmett überwältigen die Beamten, fesseln sie und bringen das Leitwerk fort.
Michaela und Zeke gehen den Hinweisen auf Angelina nach: Ihre streng religiösen Eltern behaupten, sie habe den Verstand verloren und sei nach New York zurückgekehrt. Angelinas Freundin Elena berichtet von deren Paranoia. Tatsächlich wird Angelina in einem verschlossenen Kellerverschlag im Haus ihrer Eltern gefangen gehalten. Während Zeke eine eigene Berufung vortäuscht, um die Eltern abzulenken, findet Michaela das Mädchen und befreit es.
Bei der Flucht mit dem Leitwerk opfert sich Vance: Er lässt sich mitsamt dem Fundstück von der Polizei fassen, damit Ben und Emmett das Frachtflugzeug erreichen. Angelina kehrt mit ihnen in die USA zurück, wo Cal sie mit den Worten empfängt, er habe auf sie gewartet. In einem Nebenstrang beim NYPD wendet sich eine Frau namens Sarah an Jared: Ihre Mutter – die im Staffelfinale von Saanvi getötete „Major“ – wird seit drei Monaten vermisst.
Ben und Michaela rätseln über das unmögliche Wiederauftauchen des Leitwerks. Ben ist überzeugt, sie seien auf Flug 828 gestorben und wiederauferstanden, so wie nun ein Teil des Flugzeugs zurückgekehrt sei. Zum Abschluss treiben im aufgetauten See aus dem Staffelfinale drei Leichen an die Oberfläche – eine davon öffnet die Augen und schnappt nach Luft.
Michaelas Suspendierung wird aufgehoben, doch Captain Bowers stellt sie vor ein Ultimatum: sich an die Regeln halten oder gehen – und weist ihr Drea als neue Partnerin zu. Gemeinsam sichten sie Ranger-Aufnahmen, die belegen, dass das totgeglaubte Trio Jace, Pete und Kory lebend aus dem See gestiegen ist. Die Spur führt zu einem überfallenen Camper-Pärchen. Ben errechnet, dass die drei 84 Tage tot waren – und damit nur noch 84 Tage zu leben haben.
Während Ben von Agenten des Pentagons, des DOD und der NSA zu dem Frachtflug befragt wird, auf dem er aus Kuba zurückkehrte, sucht er nach einem Weg, den verhafteten Vance und das Seitenleitwerk zu retten. Unerwartet hilft ihm sein alter Rivale, der NSA-Mann Tim Powell. Grace will derweil Cal in Sicherheit bringen und muss sich dafür mit ihrem entfremdeten Stiefbruder Tarik aussöhnen, den schließlich Cal umstimmt.
Angelina wird von einer wiederkehrenden Calling zu ihrer früheren Schule geführt. Mit Olives Hilfe gräbt sie dort eine Zeitkapsel aus und findet darin ein Foto von sich am Eisstand King Kone – ein Sinnbild für glücklichere Tage. Ausgerechnet dort will Jace, der einst im King Kone arbeitete, Geld erbeuten; Pete hebt Angelinas verlorenes Foto auf. Als die drei erstmals eine Calling hören – Cals Stimme, die „geh zu ihr“ sagt –, fliehen Jace und Kory vor der Polizei ohne Pete.
Michaela und Drea verhaften Pete, der erklärt, dass er und Jace im Hintergrund von Angelinas Foto zu sehen sind. Zugleich bestätigt Saanvi, dass Zeke seinen Revenant-Marker verloren hat und wieder „normal“ ist. Am Ende erreicht Ben die Nachricht, dass Vance in Sicherheit ist – doch die Enthüllung über das Seitenleitwerk gelangt an die Presse, die das Haus der Stones belagert. Als Bens Hand und der Handabdruck auf dem Leitwerk gleichzeitig zu leuchten beginnen, stellt sich erneut die Frage, wie alles zusammenhängt.
Aus Kuba geborgen, wird Vance vom NSA verhört, gibt aber nichts preis und weigert sich, je wieder für die Regierung zu arbeiten - schließlich hatte die inzwischen für tot bestätigte Kathryn Fitz ihn töten lassen wollen. Powell bietet ihm dennoch die Federführung im Fall von Flug 828 an, führt ihn in einen großen Raum - und Vance reagiert sichtlich auf etwas, das der Zuschauer nicht zu sehen bekommt.
Eine Berufung mit einem am Boden liegenden Jungen führt Ben zum Mitpassagier Eagan Tehrani, einem Schachspieler mit fotografischem Gedächtnis. Gemeinsam spüren sie einen Jugendlichen in einem Museum auf und retten ihn, kurz bevor das Gebäude explodiert; der Junge entpuppt sich als Bruder von Kory. Eagan jedoch verkauft heimlich gestohlene Museumsartefakte und wirft anschließend ein entscheidendes Kunststück weg.
Olive geht den ägyptischen Artefakten nach, die TJ ihr geschickt hat, und stößt auf neue Hinweise und eine Pfauenfeder - just in dem Moment, in dem Cal im Wald die Vision eines Pfaus hat, wie schon Angelina zuvor. Michaela folgt derweil einer Berufung zum Haus ihrer verstorbenen Freundin Evie, wo sie deren Vater Glen tot am Boden findet.
Eine DVD mit der Aufschrift für Michaela offenbart, dass Glen für seine an Demenz erkrankte Frau Beverly einen Pflegeplatz arrangiert und Mic und Zeke das Haus vermacht hat; als die Pflegerinnen Beverly abholen wollen, entscheidet Michaela jedoch, dass sie und Zeke einziehen und sich selbst um sie kümmern werden. Unterdessen sucht Angelina Pete in dessen Zelle auf, Jared befragt Saanvi zu ihrer Zeit mit Fitz - und in einem Wohnmobil schneidet jemand die Augen aus Fotos der Familie Stone.
Zwei Monate nach den vorigen Ereignissen träumt Ben von der Explosion des Flugs 828 und erwacht schweißgebadet – seine Hand leuchtet noch immer. Er ruft Saanvi an und gesteht, dass ihn das Heckleitwerk regelrecht zu sich ruft. Vance lässt die beiden getrennt zu einer unscheinbaren, streng gesicherten NSA-Einrichtung fahren.
Hinter den Türen der Anlage „Eureka“ erwartet Ben und Saanvi ein unglaublicher Anblick: die gesamte, aus den zerborstenen Teilen wieder zusammengesetzte Maschine des Flugs 828, samt dem verwahrten Heckleitwerk. Vance leitet inzwischen die komplette 828-Untersuchung und zeigt ein Überwachungsvideo, auf dem das Heckleitwerk am 28. Dezember 2019 aus dem Hangar verschwindet – in genau jener Nacht, in der Zeke sein Todesdatum überlebte und die Meth-Süchtigen ertranken.
In einem Nebenstrang bittet Angelina Michaela und Zeke, dem inhaftierten Pete zu helfen, dessen Todesdatum nur noch eine Woche entfernt ist. Den Callings folgend, decken Michaela und Zeke auf, dass Coach Hannity seine Spieler einst zum Drogenverkauf zwang. Sie stellen ihn und nehmen ihn fest, nachdem Kory bei einer Konfrontation versehentlich von Jace angeschossen wurde.
Ben legt endlich die Hand an das Heckleitwerk – doch diesmal geschieht nichts. Als seine Hand später erneut aufleuchtet, schließt er, dass etwas Verborgenes in der Nähe darauf reagiert. Gegen Saanvis Warnung dringt er durch eine gesperrte Tür in einen abgeriegelten Bereich der Anlage vor.
Dort findet Ben den in einer Flüssigkeit konservierten Körper der Passagierin Kelly Taylor. Dr. Gupta erklärt, ihre Verletzungen entsprächen einer Explosion in der Luft und ihr Gewebe weise dieselbe karibische Alge auf wie das Heckleitwerk. Für Ben ist damit bewiesen, dass alle an Bord starben und wiederauferstanden sind – woraufhin Vance ihn drängt, endlich seine eigene Verbindung offenzulegen.
Fünf Monate zuvor beseitigt Vance' Mann Fisher die Leiche der Major, indem er sich als Müllwagenfahrer ausgibt und einer Beschwerde entgeht. In der Gegenwart geht Detective Jared genau dieser Spur nach – ein Foto des Müllwagens –, doch die Ermittlung läuft ins Leere. Später wird Jared von Fisher abgefangen und im NSA-Quartier belehrt, die Major sei von einem feindlichen Agenten getötet worden; er solle die Sache fallen lassen. Saanvi will ihren Mord an der Major gestehen, doch Vance deckt sie weiter.
Der Todestag von Jace, Kory und Pete steht kurz bevor. Michaela und ihre Partnerin Drea durchsuchen mit einem Einsatzkommando Jace' Wohnwagen – er ist leer, doch an der Wand prangen mit Blut gemalte Symbole und die Zeichnung dreier Schattengestalten. Michaela hat eine Vision, in der eine der Gestalten mit einem Messer auf sie losgeht. Um Dreas Hilfe zu gewinnen, weiht sie ihre Partnerin erstmals in die Berufungen ein.
Olive und der Student Levi erkennen in der Zeichnung die altägyptische Darstellung „Die letzte Prüfung“: Drei Gefangene erhalten eine zweite Chance – zwei wählen Liebe und Reue und werden belohnt, der dritte wählt Rache, und ein Strom von Blut fließt. Olive folgert, dass die Berufung Jace nicht zum Mord auffordert, sondern ihn prüft: Er soll sich entscheiden, Michaela nicht zu töten.
Pete wird nach Eureka gebracht, wo Vance, Saanvi und Dr. Gupta an ihm forschen wollen. Ben überredet ihn, sich den Tests zu fügen – im Gegenzug hilft Pete, Jace zu finden, und verrät, dass dieser sich am See aufhält, an dem die drei einst zurückkehrten. Ben deutet Pete die Prüfung als Chance, sowohl Jace als auch Michaela und damit auch sich selbst zu retten.
Michaela und Zeke ziehen in die Wälder, um Jace zur Vernunft zu bringen. Am Lagerfeuer spürt Zeke Jace' Wut – doch dann wird er hinterrücks niedergeschlagen. Michaela stellt sich Jace allein; im Kampf verliert sie ihre Waffe, und als Jace bereits zielt, hält ihn eine Berufung über Cal kurz auf. Am Ende stürzt Michaela durch Jace von einer Klippe, und der Todgeweihte macht sich auf die Suche nach Cal.
Unmittelbar nach dem Cliffhanger hängt Michaela über dem Abgrund und klammert sich an einen Ast. Jace verlangt zu wissen, wo ihr Neffe Cal ist; als sie schweigt, tritt er zurück und lässt sie stürzen. Michaela überlebt schwer verletzt mit ausgekugelter Schulter; der wieder erwachte Zeke findet sie und hilft ihr die Klippe hinauf. Beide wollen Ben und Cal warnen, denn Jace ist nun hinter dem Jungen her.
Ben, Angelina und Pete sind mit einem NSA-Agenten unterwegs, als Cals Basketball vor Bens Wagen rollt – eine Berufung, dass Cal in Gefahr ist. Sie kehren um zu Tariks Haus, das nach dem viralen 828-Bericht beschmiert wurde. Ben findet seine Familie im Wurzelkeller, doch bei der Flucht wird der Agent von Jace erschossen, der vom Dach aus feuert. Grace, Cal und Tarik gehen in Deckung.
Tarik läuft zum Schuppen, um das Gewehr seines Vaters zu holen, wird aber von Jace gestellt. Er verrät Cals Versteck nicht und schreit Grace zu, sie solle fliehen – Jace ersticht ihn. Pete fleht seinen Bruder vergeblich an aufzuhören; Jace glaubt, wenn auch das Kind stirbt, würden sie alle wiedergeboren. Grace hält den sterbenden Tarik in den Armen. Kory, der aus dem Krankenhaus geflohen ist, weil er Cals Stimme hörte, stellt sich schützend vor den Jungen.
Grace nimmt das Gewehr und stellt Jace; Ben hält sie vom tödlichen Schuss ab: Es sei Jace' letzte Prüfung, seine Zeit sei abgelaufen, und sie solle nicht mit Blut an den Händen leben müssen. Während alle zusammenkommen, spuckt der Todgeweihte Flusswasser, verliert alle Farbe und stirbt an seinem Todestag. Petes Wunden heilen, und er und Kory scheinen überlebt zu haben.
Doch Olive fügt das letzte Stück des Papyrus zusammen und ruft an: Sie haben „Die letzte Prüfung“ falsch verstanden – die drei werden nicht einzeln, sondern gemeinsam gerichtet. Cal sieht, wie eine Schattengestalt aus Jace tritt, sich teilt und Kory und Pete ergreift; trotz aller Rettungsversuche sterben auch die beiden. Fassungslos bleiben die Stones zurück: „Wir haben uns geirrt – so sehr geirrt.“
Bei Eureka liegen nun die Leichen von Pete, Jace und Kory in einem großen Glasbehälter. Dr. Aria Gupta eröffnet Ben und Saanvi, dass sie nach den letzten an Ben durchgeführten Tests das Eureka-Projekt verlassen müssen. Ben versucht zu widersprechen, doch Gupta bleibt hart.
Im Polizeirevier hat Michaela eine Berufung: Ihre Sicht wird trüb und dunkel, und durch die Jalousie erkennt sie einen großen Schwaden dunklen Rauchs am Himmel. Draußen schließen sich ihr weitere Passagiere von Flug 828 an, und gemeinsam folgen sie der Erscheinung — die genau über der Eureka-Anlage schwebt. Unter den Rauchfolgern ist auch Eagan, der Ben aus dem Gebäude treten sieht und misstrauisch wird, was der „brave Ben“ dort zu suchen hat.
Michaela sucht Ben auf, der ihr gesteht, sich Eureka als Versuchsperson zur Verfügung gestellt zu haben — sehr zu ihrem Missfallen. Kurz darauf betäuben Eagan und zwei weitere Passagiere Ben und verschleppen ihn. In einem verschlossenen Raum verhört Eagan ihn, hält die dahinterstehende Behörde für den Feind, und Ben erklärt, dass alles auf eine Wiederauferstehung der 828-Passagiere hindeute und dass sie alle „im selben Rettungsboot“ säßen. Michaela und Drea spüren Ben auf; später holt Ben den festgesetzten Eagan wieder heraus und warnt ihn, nichts zu tun, das er bereuen werde.
Abseits davon trauert Angelina weiter um Pete und erklärt, den Berufungen nicht länger folgen zu wollen, während Cal mit seiner Schuld am Tod von Tarik ringt. Jared kommt Sarah unterdessen näher.
Saanvi macht schließlich eine entscheidende Entdeckung: In Menschen, die zurückgekehrt und dann gestorben sind — ebenso wie bei Ben und weiteren 828-Passagieren —, findet sie metallische Verbindungen, die sie als Bestandteile von Saphir erkennt. Aufgrund dieses Durchbruchs behält Gupta Saanvi doch im Projekt und hat ihr in einem versiegelten Behälter etwas zu zeigen.
Das Objekt im versiegelten Behälter entpuppt sich als versteinertes Holz, das mehrere tausend Jahre alt und mit denselben Mineralien überzogen ist wie die Passagiere von Flug 828. Saanvi bestimmt das Alter auf rund 6.000 Jahre und findet darin Tier-DNA, die sich später als die eines Pfaus erweist. Als Dr. Gupta erklärt, dass das Holz aus einem lange erloschenen Vulkan am Berg Ararat stammt, ziehen die beiden Frauen in Betracht, dass es von der Arche Noah stammen könnte.
Ben hat im Labor eine weitere beängstigende Vision, in der Fotos der 828-Passagiere Feuer fangen. Er und Michaela vergleichen ihre Berufungen, legen ihre jüngsten Konflikte bei und erkennen, dass sie gemeinsam einer Frau helfen müssen: der Passagierin Rachel Hall.
Rachels Ex-Mann Jonah hatte sich während ihres über fünf Jahre langen Verschwindens scheiden lassen und ihre Schwester Hannah geheiratet. Doch die Lage ist anders als sie scheint: Rachels Zorn gilt nicht der Schwester, sondern ihrem gewalttätigen Ex-Mann, von dem sie erfahren hat, dass er auch Hannah misshandelt. Als Rachel Jonah töten will, greift Ben ein und verhindert die Tat.
Weil Ben dabei den stillen Alarm auslöst, werden alle drei von der Polizei festgenommen. Michaela ist wütend, dass Ben sich erneut in Gefahr gebracht hat, doch er hält es für nötig, um das „Rettungsboot“ der 828-Passagiere zu bewahren. Während Jonah einer Straftat überführt wird, erklärt sich Hannah bereit, zugunsten von Rachel auszusagen.
Am Rande der Handlung kann Angelina die kleine Eden stets beruhigen, wenn sie weint, und Cal versucht, mit Zekes Empathie-Gabe herauszufinden, ob ein Mädchen aus der Schule ihn mag. Michaela und Drea bemerken zudem, dass Jared und Sarah einander näherkommen. Bei Eureka ordnet Dr. Gupta an, dass die leitenden Wissenschaftler künftig an Saanvi berichten — was einigen von ihnen missfällt.
Michaela, Ben und Eagan werden von ähnlichen Callings einer dunklen Wolke heimgesucht; bei Ben kommt Wasser hinzu, alle sehen zudem einen Löwen, dem Blut aus den Augen quillt. Michaela erblickt im Spiegel Blut in den eigenen Augen. Ben und Eagan tun sich zusammen und stoßen auf eine glühende Kopie des Al-Zuras-Journals, während Saanvis Foto an Bens Wand auf unerklärliche Weise nass ist.
In Eureka bombardiert Saanvi das versteinerte Holz mit einem Dark-Lightning-Simulator, als ihre Augen zu bluten beginnen und sich ihr Zustand rapide verschlechtert – die Ärzte stehen vor einem Rätsel. Ben bittet Olive, die mit Levi zusammenarbeitet, um Nachforschungen zum Löwen mit den blutenden Augen. Die beiden stoßen auf eine Legende, nach der das Motiv ein Symbol für Täuschung und Lüge ist.
Michaela sucht Saanvi auf und bringt sie schließlich dazu, die Wahrheit zu gestehen: Saanvi hat den Major – Kathryn Fitz – getötet, und Vance half, die Tat zu vertuschen. Kaum ist das Geständnis heraus, klaren Saanvis Augen auf und ihre Vitalwerte stabilisieren sich. Anschließend zeigt Gupta ihr eine Zeitlupenaufnahme des jüngsten Experiments: Das versteinerte Holz verschwand für einige Millisekunden vollständig, bevor es wieder auftauchte.
Nebenher überzeugt sich Zeke mithilfe seiner Empathie-Kräfte, dass Jared und seine neue Freundin Sarah gut zusammenpassen, während Angelina beginnt, Olive in Aussehen und Verhalten nachzuahmen, und dabei zunehmend den Bezug zur Realität verliert. Ben deutet die jüngsten Callings so, dass das Rettungsboot der Passagiere von Flug 828 bereits Wasser nimmt, und grübelt angesichts der ertrinkenden Seeleute auf einer Al-Zuras-Zeichnung, ob sich Opfer für das größere Ganze bringen oder über Bord geworfen werden.
Saanvis jüngstes Experiment am versteinerten Holz löst ein seltenes Erdbeben in New York aus. Als sie in den Fernsehnachrichten einen Riss in einer Straße mit Lava darunter sieht – genau im Epizentrum des Bebens –, ist sie überzeugt, dass der Berg Ararat sein Stück der Arche Noah zurückfordert. Gemeinsam mit ihrem Kollegen Troy inszeniert sie beim nächsten Experiment eine Täuschung, um das Holz unbemerkt aus dem Gebäude zu schaffen.
Ben und Cal haben einen Ruf, in dem das Foto der 828-Passagierin Astrid in Flammen steht. Astrid selbst hat einen Ruf von einem Jungen in Gefahr empfangen – dem Sohn des 828-Gegners Cody Webber, mit dem Ben bereits aneinandergeraten ist und gegen den eine einstweilige Verfügung besteht.
Als Webber sich weigert, den Aufenthaltsort seines Sohnes preiszugeben, greift Ben ihn erneut an und wird von Jared verhaftet. Michaela und Astrid gelingt es unterdessen, das Kind aus den Trümmern des Erdbebens zu retten.
Im Haus der Stones lässt ein Vorfall während des Bebens Angelina glauben, dass Eden ihr Schutzengel ist. Cal stimmt zu, dass zwischen ihm, Angelina und Eden eine Verbindung besteht. Um ihre Theorie zu testen, legt Angelina ein Feuer, woraufhin Grace sie trotz Cals Einwand des Hauses verweist.
Mit Hilfe von Troy und Cooper wirft Saanvi das uralte Holz in den Straßenriss und schließt ihn damit. Unmittelbar darauf erhält Cal einen weiteren Ruf.
Nachdem Grace Angelina des Hauses verwiesen hat, weil diese das Baby in Gefahr gebracht hat, holt Cal die junge Frau heimlich zurück und versteckt sie in seinem Zimmer. Angelina wird zunehmend wahnhaft und ist überzeugt, als „Aaron“ an Cals Seite bestimmt zu sein – so wie Moses seinen Bruder hatte.
Bens Anhörung wegen seiner Auseinandersetzung mit Cody Webber gerät zum Desaster, als ein offen 828-feindlicher Richter eine hohe Kaution festsetzt. Um sie aufzubringen, löst Grace die Anzahlung für ihr Restaurant auf und belastet das Haus; Ben steht fortan unter Hausarrest mit Fußfessel.
Der Druck auf die Passagiere von Flug 828 wächst weltweit: Regierungen verschärfen ihre Kontrollen, und aus Singapur kommt die Nachricht, dass ein Passagier hingerichtet wurde. Ben, Michaela, Cal und weitere Heimkehrer erleben zugleich eine gemeinsame Berufung, in der sie in Flammen stehen.
Saanvi entschließt sich, sich wegen ihres Geheimnisses zu stellen. Auf dem Weg hält sie in Eureka, gesteht Vance ihre Rolle rund um das Treibholz und erfährt von den Experimenten am Seitenleitwerk. An der Wache angekommen, gibt Michaela ihre Dienstmarke ab und bringt Saanvi in Sicherheit, statt sie ausliefern zu lassen.
Ben wird freigelassen und spricht mit Vance – beobachtet vom festgenommenen Eagan, der vor Wut außer sich gerät; auch Adrian befindet sich nun in Gewahrsam. Am Ende taucht Cal auf Angelinas Drängen an den Toren von Projekt Eureka auf und verlangt, das Seitenleitwerk zu sehen.
In der zwölften Folge der dritten Staffel teilt Michaela eine Berufung mit Bethany, Eagan und Adrian: In Flug 828 tropft überall Blut von der Decke. Sie deutet die Vision als Warnung, dass bald jemand sterben wird, und bittet die anderen um Hilfe, das Rätsel rechtzeitig zu lösen – doch Eagan und Adrian verweigern sich.
Ben erfährt von Vance, dass sein Sohn Cal bei Eureka aufgetaucht ist. Weil Ben eine elektronische Fußfessel trägt, legt Olive sie sich selbst an, damit Ben und Grace zu Cal fahren können. Dort zeigt sich, dass Cal eine Berufung quält, die seine Haut verbrennt und erst enden wird, wenn Eureka die Experimente an der Leitwerksflosse von Flug 828 einstellt.
Während Saanvi Cal behandelt, flehen Ben und Grace Dr. Gupta an, die Tests zu stoppen. Ben will die Flosse zunächst zerstören, erhält dann aber eine Berufung, die ihm offenbart, dass er sie ins Meer zurückbringen muss. Vance versucht einzugreifen, doch Gupta lässt sich von der Zentrale die Erlaubnis geben, weiter zu forschen.
Cal erklärt, Gupta müsse sehen, um glauben zu können. Er berührt die Flosse – und verschwindet vor aller Augen. Der erste Teil des Staffelfinales endet damit, dass Michaelas Todeswarnung ungelöst über der Familie schwebt.
Um den in „Mayday, Teil 1“ verschwundenen Cal zurückzuholen, planen Ben und Vance, das Seitenleitwerk von Flug 828 zu entwenden, während Grace und Olive Cals Zeichnungen nach Hinweisen ordnen. Als Dr. Gupta in den Skizzen ein Sternbild als Zeichen ihrer verstorbenen Großmutter erkennt, erlaubt sie, das Leitwerk in einen Sturm aus dunklem Blitz zu bringen.
Zur selben Zeit hetzen Eagan und Adrian eine Gruppe von Passagieren – darunter Angelina – gegen die Familie Stone auf und behaupten, diese arbeite mit der NSA zusammen. Die Lage eskaliert, als Eagan und ein weiterer Passagier Vances Sohn als Geisel nehmen.
Saanvi lässt das Seitenleitwerk im Meer los, das daraufhin verschwindet, und wird von Ben aus dem Wasser gerettet.
Angelina schleicht sich unterdessen in das Haus der Stones, ersticht Grace mit einem Messer und flieht mit Eden. Eine erwachsene Version von Cal erscheint und kniet an der Seite seiner sterbenden Mutter. Als Dr. Gupta Eureka verlässt, sieht sie Bill Daly im rekonstruierten Flugzeug auftauchen, bevor er und die Maschine verschwinden.