Der Auftakt der zweiten Staffel setzt unmittelbar nach den Ereignissen der ersten an: Die Figuren rennen um ihr Leben, während Kong die Monarch-Basis in Schutt und Asche legt.
Nach der Zusammenführung der Zeitebenen im Finale kehren Colonel Lee Shaw, Dr. Keiko Randa, Cate Randa und May Olowe-Hewitt aus der hohlen Welt Axis Mundi zurück. An der Oberfläche warten Cates Bruder Kentaro und ihr Vater Hiroshi Randa zur Familienzusammenführung. Doch es gibt Komplikationen: Cate, May und Keiko waren nach zwei Jahren aus Axis Mundi gerettet worden, Shaw jedoch bleibt dort gefangen – und die Apex-Cybernetics-Anlage, über die die Rettung lief, liegt ausgerechnet auf Skull Island, Kongs Heimat.
May schließt sich schließlich Cate, Kentaro und Hiroshi an, um mit einem gestohlenen Zodiac-Spähschiff nach Skull Island aufzubrechen. Zugleich entdeckt Keiko auf den Überwachungsaufnahmen von Kongs Angriff eine kleine, mit Stacheln besetzte Kreatur, die sich mit Tentakeln fortbewegt: Dieser „Titan X“ entkommt zusammen mit einer Sonde und verschwindet im Wasser.
Der erwachte Kong nimmt die Verfolgung auf, richtet unter Monarchs Kräften ein Blutbad an und tötet dabei scheinbar Verdugo. Als er die Spur des Titanen verliert, brüllt er die fliehenden Monarch-Hubschrauber wütend an – sie haben die Kreatur freigesetzt. Eine Rückblende ins Jahr 1957 zeigt derweil glücklichere Tage von Lee, Bill und Keiko, die einer Seeschlange nachjagen; Höhlenzeichnungen, die an einen Kraken erinnern, schlagen eine Brücke zu dem rätselhaften Titanen der Gegenwart.
