Das Staffelfinale setzt unmittelbar dort an, wo die vorherige Folge endete: tief in Axis Mundi, der Welt der Titanen. Cate steht ungläubig ihrer Großmutter Keiko gegenüber, die dort unten gealtert überlebt hat - doch Keiko erkennt sie nicht, hält sie für Teil eines Rettungstrupps und glaubt, es sei noch 1959. Ihre erste Frage gilt Billy. Kurz darauf taucht May auf, und die beiden Freundinnen fallen sich erleichtert in die Arme.
Dann hört Keiko Shaws Stimme. Er muss ihr die kaum fassbare Wahrheit eröffnen: Für sie sind erst 57 Tage vergangen, oben auf der Erde jedoch rund fünfzig Jahre. Mit ihrem wissenschaftlichen Verstand führt Keiko den Zeitverlust auf die gravitative Verzerrung in Axis Mundi zurück, die Raum und Zeit dehnt. Schließlich tritt Shaw hinter einem Baum hervor. Keiko erfährt, dass Bill längst tot ist, dass Cate ihre Enkelin ist und dass ihr Sohn Hiroshi noch lebt - und gleich zwei Familien gegründet hat.
In Tokio sprechen Kentaro und Hiroshi über das Tor zur Titanenwelt. Hiroshi will seine einst von Behörden und Monarch abgewiesenen Eltern rehabilitieren; hätte man sie ernst genommen, wäre der G-Day vielleicht nie geschehen. Er bittet seinen Sohn, ihm zu helfen, das Geheimnis eines Zusammenlebens von Mensch und Titan zu lösen. Kentaro aber will zuerst wissen, warum die Geheimniskrämerei - und warum sein Vater eine zweite Familie verbarg.
Im Monarch-Hauptquartier überwacht Direktorin Verdugos Team weiter das Signal in den Gammastrahlen-Ausbrüchen. Tim ist überzeugt, dass darin eine Botschaft aus den Rissen steckt, doch Monarch konzentriert sich allein auf die Abwehr eines neuen MUTO-Angriffs. Als man ihm mit unbefristeter Beurlaubung droht, kündigt Tim, sucht Kentaro auf und zeigt ihm das kohärente Signal - womöglich stammt es von Cate. Gemeinsam gehen sie zu Hiroshi, der gerade die alten Aufnahmen seines Großvaters Bill Randa von Skull Island sichtet, und schließen sich zur Suche nach Cate zusammen.
In Axis Mundi verkabelt Keiko den Leuchtsender neu; Shaws Kapsel aus dem Jahr 1962 ist noch funktionstüchtig und soll die Gruppe nach Hause bringen. Am Riss angekommen will Keiko zunächst zurückbleiben, lässt sich von Shaw aber umstimmen - ihre Familie und Monarch brauchen sie. Beim Auslösen des Titanen-Lockrufs reißt das Kabel; Shaw steigt aus, um es zu reparieren. Der Lockruf zieht den Ion-Drachen an, doch im entscheidenden Moment erscheint Godzilla, schleudert den Drachen durch das Tor und öffnet so einen Fluchtweg. Shaw schafft es nicht mehr zurück in die Kapsel und opfert sich, um Keiko, Cate und May zu retten - eine Leiche ist nie zu sehen, er bleibt in Axis Mundi zurück.
Keiko, Cate und May kehren zur Erde zurück, landen aber an einer Forschungsstation von Apex Cybernetics auf Skull Island - im Jahr 2017, zwei Jahre nachdem die drei in Axis Mundi gestürzt waren. Möglich wurde die Rückkehr nur durch die Arbeit von Kentaro und Hiroshi bei Apex. Es kommt zum bewegenden Wiedersehen zwischen Keiko und ihrem Sohn. Doch kaum kehrt Ruhe ein, schrillen die Alarme: King Kong bricht aus dem Dschungel, schlägt sich auf die Brust und brüllt in die Kamera - Abspann.