Task Force X errichtet eine neue Operationsbasis unter dem Gefängnis von Stryker's Island. Dort verhört Waller Sam, um herauszufinden, wo dieser seinen Anteil am Arsenal der Organisation versteckt hat. Zur selben Zeit sagen Clark und Lois einem Jungen namens Billy zu, seinen verschwundenen Vater zu finden – einen ehrenamtlichen Bibliothekar in Stryker's, der bei der Untersuchung anderer Vermisstenfälle selbst spurlos verschwand.
Während Jimmy mit Lombard und der Newskid Legion beschäftigt ist, dringen Lois und Clark auf eigene Faust in das Gefängnis ein. Hinter einer frisch gestrichenen Wand entdeckt Superman mittels Röntgenblick eine getarnte Tür und dahinter einen Aufzugschacht, der zu einer ganzen Geheimbasis führt. Als sie Slade durch einen Gang gehen sehen, erkennt Lois, dass Task Force X hier residiert – und dass neben Sam auch das gesuchte kryptonische Signal hier verwahrt wird.
Bei der Befreiung von Sam und Billys Vater kommt Wallers Vorgehen ans Licht: Sie ließ mittellose Häftlinge, die keine Kaution zahlen können, als Versuchskaninchen für ihre Agenten einsetzen – erfolgreiche Experimente mit kryptonischer Technologie wurden anschließend an ihren Soldaten angewandt. Sam kann Wilson und den Atomic Skull kurzzeitig von Waller trennen, doch der Atomic Skull, alias Joseph Martin, bleibt Waller treu und offenbart seine Kräfte.
Während die Lanes die Insassen evakuieren, stellt sich Superman dem Atomic Skull entgegen. Dessen radioaktive Rüstung macht ihn stark genug, Supermans Unverwundbarkeit zu durchbrechen. Dennoch besiegt Superman Martin und erlangt das Signal zurück, das Jor-El von ihm verlangt hatte. Jimmy und Lombard, die das Chaos aus der Ferne beobachtet haben, kommen zur Rettung.
Nach der Aktion beschließt Sam, bei Clark und Jimmy zu bleiben. Alex, der sich inzwischen selbst Lex Luthor nennt, befreit Waller aus der Gewalt eines entflohenen Ivo und bietet ihr seine Hilfe an.
