Der Staffelauftakt beginnt mit einem Albtraum: Clark verarbeitet die Enthüllungen aus dem Staffelfinale und fürchtet, dass Lois und die anderen ihn als Monster ansehen könnten. Während er sich zugleich den Kopf über das perfekte erste Valentinstags-Date mit Lois zerbricht, führt eine Spur ihn, Lois und Jimmy zu den S.T.A.R. Labs, wo sie Hank Henshaw zu einem seltsamen Meteoroiden befragen, der über der Antarktis verschwunden ist. Jimmy überzeugt Alex derweil, sich einen neuen Job zu suchen, nachdem dieser wegen seiner Verbindung zu Ivo bei S.T.A.R. Labs abgelehnt wurde.
Das Trio schließt, dass der Meteoroid Clarks verschollenes Raumschiff ist, und bricht zur Antarktis auf. Dort werden sie durch fehlfunktionierende kryptonische Technik getrennt. Clark trifft auf ein Hologramm seines leiblichen Vaters Jor-El, dessen Übersetzungsprogramm nun vollständig aktualisiert ist. Jor-El berichtet vom Untergang Kryptons, von der beinahen Auslöschung der Kryptonier und den Gründen, aus denen er seinen Sohn zur Erde schickte – und offenbart, dass Clark eine Cousine namens Kara hat, die ebenfalls von Krypton fortgeschickt wurde.
Zugleich erkennt Jor-El, dass Kryptonit das Schiff beeinträchtigt. Lois und Jimmy entdecken, dass Waller, Wilson und Agent Ethan Avery vor Ort sind, um die Technologie an sich zu reißen, und Sam gefangen genommen haben. Während Clark das Schiff repariert, stellt sich Superman Avery und Wilson entgegen.
Jor-El nutzt die Kraft des Raumschiffs, um das Kryptonit zu reinigen und die Überreste in eine Festung – die Festung der Einsamkeit – zu verwandeln. Bevor sein durch das Kryptonit beschädigtes System endgültig erlischt, sagt Jor-El seinem Sohn, wie stolz er auf ihn ist, und trägt ihm auf, ein Signal zu finden, um Kara zu orten. Task Force X entkommt mit erbeuteter Technik und Kryptonit-Proben, wobei Slades Katanas nun Spuren der Substanz tragen.
Nach dem Vorfall bittet Lois Clark um Hilfe, um ihren Vater Sam zu retten. Zudem wird enthüllt, dass sich hinter Alex in Wahrheit Lex Luthor verbirgt – einer der größten künftigen Gegner Supermans.
