Brainiac hat Superman gefangen und beginnt, ihn mit der „Black Mercy“ zu foltern – einem kryptonischen Gerät, das sein Opfer in eine digitale Simulation sperrt. Darin zwingt Brainiac Kal-El, seine schwersten Kämpfe gegen frühere Gegner erneut zu durchleben. Die Widersacher beeindrucken Brainiac wenig, doch er bemerkt, dass Supermans Kraft immer dann wächst, wenn Menschen, die er liebt, in Gefahr sind.
Parallel haben Lois Lane und ihre Crew Kara im tiefen Weltall aufgespürt. Jimmy Olsen holt sie an Bord, während Lois ihr misstrauisch begegnet, weil Kara Superman entführt hat. Kara erklärt, sie habe ihn zu ihrem Vater gebracht, und drängt zur Raumstation Kandor – dort sei Superman in Gefahr. An Bord Kandors sitzt Brainiacs künstliche Intelligenz; Mallah und der Brain wollen die dortige Technik nutzen, um das Schiff aufzurüsten.
Im Inneren der Black Mercy hat Brainiac erkannt, dass Superman Lois und Jimmy liebt, zugleich aber fürchtet, von ihnen abgelehnt zu werden. Er manipuliert die Simulation so, dass Lois Superman beschimpft und behauptet, sie könne ihn nicht lieben, weil er kein Mensch sei. Superman durchschaut die Lüge und wehrt sich, doch Brainiacs Kontrolle über das Gerät ist zu stark.
Brainiacs wahrer Plan
Kara erreicht die Kommandozentrale und stellt Brainiac zur Rede. Sie erfährt, dass er sie ihr ganzes Leben lang manipuliert und ganze Planeten zerstört hat, die sie eigentlich bewahren wollte. Nun, da er Superman hat, braucht er Kara nicht mehr. Im Kampf beschädigt sie Brainiacs Körper und glaubt, die einzige Vaterfigur getötet zu haben, die sie je hatte – doch Brainiac lebt weiter: Sein ganzer Plan war, Superman in der Black Mercy einzusperren, um sein eigenes Bewusstsein in dessen Körper zu übertragen, weil Kandors Maschinen ihn nicht länger am Leben halten können. Superman selbst ist nun in einer Fantasie gefangen, in der er mit Jor-El und Lara auf Krypton lebt.
Mit Supermans Körper – nun als „Superbrainiac“ – greift Brainiac Kara an, gerade als Lois und Jimmy eintreffen. Jimmy versucht, ihn mit Kryptonit aus dem Körper zu treiben, doch Brainiac hält dagegen, das Gift würde nur Superman und Kara töten. Er öffnet ein Fenster und reißt Lois, Jimmy und Kara ins Vakuum des Alls, während er Kandor zur Erde teleportiert.
Mallah und der Brain, die ihr Schiff erfolgreich aufgerüstet haben, retten die drei in letzter Sekunde. Brainiac ist entkommen, doch Lois gibt nicht auf: Sie hat ihm einen Gedankenprojektor gestohlen, setzt ihn an sich selbst ein, um Superman zu finden – und sinkt bewusstlos zu Boden. Damit endet die Folge auf einem harten Cliffhanger vor dem Staffelfinale.
