Kara und Jimmy kehren zur Erde zurück, um Brainiacs Invasion aufzuhalten. Während Jimmy über den Flamebird-Kanal versucht, Metropolis zu warnen, werden die beiden von Mallah und dem Brain getrennt und von der Task Force X festgenommen. Amanda Waller schwächt Kara dabei mit Kryptonit. Erst die Redaktion des Daily Planet und Vale können das Paar befreien.
Angesichts der aussichtslosen Lage droht Kara die Hoffnung zu verlieren. Lombard und Jimmy ermutigen sie jedoch, selbst zu entscheiden, wer sie sein will, so wie es auch Clark getan hat. Als Brainiac seine Invasion startet, stellt sich Kara ihm entgegen, wird aber ebenso überwältigt wie die Task Force X.
Parallel dringt Lois über die Black-Mercy-Technologie in die Simulation ein, in der Clark gefangen gehalten wird, ein erfundenes Krypton, in dem Superman seine Heimat nie verlassen hat. Jor-El und Lara erkennen, dass Lois nicht in diese Welt gehört, und versuchen, sie zu löschen. Doch jedes Mal setzt sich die Simulation auf den Moment ihrer Ankunft zurück.
Über mehrere dieser Zurücksetzungen findet Lois allmählich wieder zu Clark. Als er ihr die Hand reicht, kehren ihre Erinnerungen zurück; sie gesteht ihm ihre Liebe, die beiden küssen sich, und der Bann bricht. Gemeinsam durchstoßen sie die Barriere der Simulation und zerstören sie.
Zurück in seinem alten Roboterkörper an Bord seines Schiffs schlägt Brainiac zurück: Er manipuliert die Metallos, um Kara und den wiederhergestellten Superman zu bezwingen, und plant, die geschrumpfte Stadt Kandor einzusetzen, um Metropolis auszulöschen. Sein Ziel bleibt die Vernichtung der Erde.