Der seiner Kräfte beraubte Clark Kent gelangt gemeinsam mit Bizarro in die Festung der Einsamkeit, wo ihn eine im Hauptrechner ruhende Urform von Brainiac empfängt. Um Clark sein Eroberungsdenken aufzuzwingen und ihm damit seine Kräfte zurückzugeben, versetzt Brainiac ihn in eine digitale Simulation der kryptonischen Frühzeit.
In dieser Simulation soll Clark die vermeintlichen Coluan-Invasoren bekämpfen. Er erkennt jedoch, dass es sich um wehrlose Flüchtlinge handelt, denen die frühen Kryptonier ihre Technologie raubten – und dass Brainiac selbst einst ein Coluaner war. Clark weigert sich zu töten und schließt stattdessen Frieden.
Clarks Empathie stürzt Brainiac in ein logisches Dilemma über seine jahrtausendelange Unterwerfung. Erzürnt versucht er, Clark zu vernichten, wird aber von Bizarro gestoppt.
Währenddessen bereiten sich Lois, Jimmy, Kara Zor-El, Jonathan, Lara und Lex Luthor im Hauptquartier von Task Force X auf die Rückkehr des Eradicator aus dem Zeitstrom vor. Kara übernimmt nach ihrer Genesung das Kampftraining, und Jimmy stellt Lex wegen dessen ständiger Flucht vor eigenen Fehlern unverblümt zur Rede.
Als der Eradicator in modifizierter Gestalt auftaucht, spaltet Jonathan ihn mit einem übereifrigen Schwerthieb spontan in zwei funktionstüchtige Einheiten – eine schlanke und eine gewaltige Form – und verdoppelt so das Gegner-Problem kurz vor dem Staffelfinale.
