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Die Episode beginnt an der Festung der Einsamkeit, wo Kara Zor-El sich einem letzten Überrest von Brainiac in ihrem Inneren stellt und ihn in einer Art digitalem Exorzismus entfernt. Brainiac warnt sie, dass sie damit einen Fehler begeht und alle sie künftig nur noch als Monster sehen würden – verunsichert fliegt Kara davon.
Es ist Halloween: Clark möchte mit Lois eine gemeinsame Zukunft aufbauen, doch Lois ist dafür noch nicht bereit – ihre komplizierte Beziehung zu ihrem Vater, General Sam Lane, hält sie zurück. Sam besucht Lois und übergibt ihr Informationen über eine geheime Klon-Einrichtung, die sie an Superman weiterleiten soll.
Die Gruppe untersucht die verlassene unterirdische Anlage „Project Caliban“ und findet dort genetisch veränderte Pflanzen und Tiere, die an kryptonische Flora erinnern.
Tiefer im Komplex entdecken sie einen im Labor erschaffenen kryptonischen Klon namens B1Z, besser bekannt als Bizarro, der von Dr. George Binder wie ein eigener Sohn großgezogen wurde. Rückblenden zeigen, wie Binder ihm mit Freundlichkeit und Empathie begegnete. Supergirl ist zunächst von seiner künstlichen Herkunft abgestoßen, entwickelt aber nach und nach Mitgefühl für ihn.
Als Superman Bizarro verteidigt, sprengt sich ein Sicherheitsroboter der Anlage selbst – die Explosion schlägt Superman bewusstlos, und die gesamte Einrichtung beginnt zu fluten. Während Supergirl Lois und Jimmy in Sicherheit bringt, rettet Bizarro den bewusstlosen Superman und flieht mit ihm in den Wald.
In den letzten Minuten der Episode wird enthüllt, dass Lex Luthor hinter Project Caliban steckt – und die spätere Verwandlung von Hank Henshaw in Cyborg Superman deutet sich bereits an.
Metropolis feiert seine Helden mit dem SuperFest, einem Convention-Event zu Ehren von Superman und Supergirl. Lois, Jimmy, Clark und Kara wollen die Veranstaltung gemeinsam besuchen, gehen aber schon bald getrennte Wege.
Clark muss das Fest verlassen, um gegen die neue, mit Kryptonit bewaffnete Schurkin The Whip zu kämpfen, die einen Banküberfall begeht. Dadurch bleibt Kara allein zurück, um die Fragerunde des Publikums zu bestreiten.
Die Situation überfordert Kara zunächst: Sie zweifelt daran, welche Art Heldin sie im Vergleich zu ihrem sanfteren Cousin sein will, und kämpft mit ihren Gefühlen für Jimmy. Ein aufmunternder Kommentar der Superfan Jessica Cruz verhilft ihr zu neuem Selbstbewusstsein – woraufhin Kara kurzerhand alle Junggesellen der Convention zu einem Wettbewerb um ihre Gunst einlädt, sehr zum Missfallen des eifersüchtigen Jimmy.
Parallel verdächtigt Lois den Spielzeugverkäufer Winslow Schott, besser bekannt als Toyman und einen ehemaligen Kollegen ihres Vaters, der ihr einst eine Teddybär-Bombe geschickt hatte. Sie provoziert ihn so lange, bis er sich als tatsächliche Gefahr entpuppt und seinen Marktstand in einen riesigen Mechanik-Anzug verwandelt.
Bevor Schott Schaden anrichten kann, wird er von einem Mann in supermanähnlicher Rüstung ausgeschaltet: Lex Luthor stellt ihn als Hank Henshaw vor, den von Lexcorp geschaffenen „Cyborg Superman“ – einen Beschützer für Metropolis ohne außerirdische Herkunft.
Am Ende der Episode zeigt sich Henshaws wahre Agenda: Zusammen mit Lex und dessen Assistenten kündigt er an, die Welt vor Superman selbst „retten“ zu wollen – ein deutlicher Cliffhanger für die kommenden Folgen.
Lois und Clark wollen einen ruhigen Ausflug nach Kansas verbringen, als ein hyperaktiver Junge auftaucht, der sowohl Clarks Superspeed als auch Lois' Geschick im Taschendiebstahl mitbringt. Beim gemeinsamen Baseballspiel und Abendessen auf der Farm entwendet Lois dem Jungen ein Foto, das ihn mit ihnen als Familie zeigt – ein erster Hinweis darauf, dass er tatsächlich ihr leiblicher Sohn ist.
Während sich die Kents in Kansas näherkommen, greift ein Volk unterirdischer Dinosaurier-Wesen, die Subterranosauri, unter Führung von Prinz Tyrannko Metropolis an. Superman und der Junge – der sich als Superboy entpuppt – schlagen den Großteil der Angreifer zurück. Erst als Tyrannko selbst erscheint, überzeugt der Junge seinen Vater, zunächst auf Diplomatie statt auf Gewalt zu setzen, und reicht dem Anführer nach einem kurzen Handgemenge die Hand.
Parallel dazu wendet sich Cyborg-Superman-Vorläufer Hank offen gegen Lex Luthor: Er zerstört die Fernbedienung, mit der Lex ihn kontrollieren wollte, macht Lex für seinen Zustand verantwortlich und übernimmt dessen kryptonische Kampfroboter, um damit die Stadt anzugreifen.
Am Ende der Folge offenbart der Junge, dass er tatsächlich Jon ist, Sohn von Clark und Lois, der aus einer düsteren Zukunft stammt, in der beide Eltern gestorben sind. Er wurde in die Gegenwart geschickt, um Hanks Verwandlung in Cyborg Superman zu verhindern.
Der Konflikt zwischen Hank Henshaw und Lex Luthor eskaliert endgültig: Henshaw verlässt LexCorp und fordert Superman zu einem offenen Kampf mitten in Metropolis heraus. Superman und Supergirl (Kara) stellen sich ihm und seinen Drohnen entgegen, während die Stadt im Chaos versinkt.
Im Verlauf der Folge klärt sich, warum Jon Kara bislang aus dem Weg gegangen ist: In der Zukunft, aus der er stammt, sind Superman und Lois nicht mehr am Leben, und es war Kara, die ihn aufgezogen hat. Jon gibt Kara daraufhin Technologie aus der Zukunft, die Kryptonier widerstandsfähiger gegen das Kryptonit macht, mit dem Henshaw arbeitet. Parallel dazu rammt Lois mit dem Familienwagen LexCorp und stellt Lex zur Rede, der sich damit rechtfertigt, Henshaw geschaffen zu haben, damit die Menschheit nicht länger auf Superman angewiesen sei.
Im Showdown wird Superman durch Henshaws Kryptonit machtlos und liegt im Sterben. Henshaw, der nicht bereit ist, allein unterzugehen, plant, sich gemeinsam mit Superman zu opfern – erst die Wahrheit über Jons Herkunft bringt ihn im letzten Moment dazu, davon abzulassen. Cyborg Superman wird am Ende der Folge endgültig zerstört.
Der Episodentitel ist dabei symbolisch zu verstehen: Superman stirbt nicht, verliert am Ende aber seine Kräfte, während ein blaues elektrisches Phänomen eine weitere Verwandlung andeutet. Ein Cliffhanger zeigt zudem eine finstere mögliche Zukunft, in der ein Hybrid aus Lex Luthor und Brainiac mit einer Armee von Eradicators herrscht – und in der Jon nur noch „Jon Lane” genannt wird.
Die Folge setzt unmittelbar am Cliffhanger der Vorepisode an: Clark, Lois, Jimmy und Kara werden durch Portale in eine Taschendimension gerissen. Verantwortlich ist der aus der fünften Dimension stammende Kobold Mr. Mxyzptlk, der nach rund zwanzig Episoden erstmals seit Staffel 1 zurückkehrt.
Mxyzptlk zwingt das Team, in einer Reihe von Wettkämpfen anzutreten, den Ex-Games, die über seine Scheidung von seiner Frau Gsptlsnz entscheiden sollen. Gsptlsnz' Gegnerteam besteht aus alternativen Versionen von Lois, Kara und Jimmy; da der Clark jener Realität tot ist, tritt an seiner Stelle ein Lex Luthor an. Verlieren die Helden, sehen sie ihr Universum nie wieder.
Als Mxyzptlk bemerkt, dass Clark seine kryptonischen Fähigkeiten verloren hat, sorgt er per Abmachung mit einem unsichtbaren Schiedsrichter dafür, dass auch die alternative Kara ihre Flugfähigkeit für den Wettkampf abgeben muss, um die Chancen anzugleichen.
Abseits der Spiele rückt Clarks persönliche Krise in den Mittelpunkt: Ohne Kräfte fühlt er sich vollkommen menschlich und niedergeschlagen. Er möchte Lois heiraten und eine gemeinsame Zukunft aufbauen, doch sie bleibt angesichts ihrer eigenen Kindheit unter General Sam Lane skeptisch.
Am Ende erweisen sich die Ex-Games als vollständige Inszenierung. Die Folge betont, dass Superman-Geschichten im Kern etwas Positives tragen, ein Fingerzeig auf die von Reign of the Supermen inspirierte zweite Staffelhälfte.
Nachdem Clark Kent seine Kräfte verloren hat, steht er vor einer existenziellen Krise – doch Lois Lane hält ihm den Rücken frei. Da tauchen mit Jonathan und Lara Lane seine und Lois’ Kinder aus einer düsteren Zukunft in Metropolis auf. Die Geschwister sind mit einer klaren Mission gekommen: Sie wollen Lex Luthor töten, um die dystopische Zeitlinie zu verhindern, in der er die Welt mit einer Armee von Eradicators unterworfen hat.
Bei Lexcorp enthüllt sich Lex’ verstörendstes Projekt. Aus Supermans DNA hat er einen Klon erschaffen und ihm eigenes Hirnmaterial eingepflanzt, das er über einen speziellen Helm steuert – den Eradicator. Amanda Waller, die Lex einst zu Task Force X geholt hat, misstraut einer Kreatur, die sich selbst reparieren, lernen und weiterentwickeln kann. Auf Anraten von Slade Wilson stellt sie das Projekt ein und lässt Lex verhaften.
Als Lara heimlich losstürmt, um Lex während seines Treffens mit Waller zu töten, setzt der in Panik geratene Lex den Eradicator zur Verteidigung frei. Die Kreatur wird eigenständig, sperrt Lex komplett aus dem System aus und verwandelt die Episode in einen Überlebenskampf. Clark, Kara, Lois und Jimmy Olsen eilen zu Lexcorp, doch als der Eradicator den Boden aufreißt, stürzen Lois und Clark in die mit Blei ausgekleideten Kanäle, die alle Kräfte lahmlegen.
Kara wird zum emotionalen Zentrum der Folge: Sie entfesselt mehr ihrer verborgenen Macht gegen den Eradicator, wird aber in die Augen getroffen und wirft sich schließlich schützend vor Jonathan und Lara. Jimmy bestätigt, dass sie kaum noch am Leben ist und nicht erwacht. Während Kara und Lara außer Gefecht sind, versucht Jonathan allein gegen den Eradicator anzutreten – doch die Kreatur raubt ihm sein Zeitreise-Gerät und verschwindet im Zeitstrom.
Clarks Handlung endet ebenso erschütternd: In der Hoffnung, die Festung der Einsamkeit könnte seine Kräfte zurückgeben, lässt er sich von Bizarro dorthin bringen. Doch die Drohnen der Festung wenden sich gegen ihn, und Bizarros rot glühende Augen deuten an, dass Brainiac die ganze Zeit dort verborgen überlebt hat, ehe er Clark von hinten niederstreckt. Zwei Folgen vor dem Staffelende ist das Haus El so zerrissen wie nie.
Der seiner Kräfte beraubte Clark Kent gelangt gemeinsam mit Bizarro in die Festung der Einsamkeit, wo ihn eine im Hauptrechner ruhende Urform von Brainiac empfängt. Um Clark sein Eroberungsdenken aufzuzwingen und ihm damit seine Kräfte zurückzugeben, versetzt Brainiac ihn in eine digitale Simulation der kryptonischen Frühzeit.
In dieser Simulation soll Clark die vermeintlichen Coluan-Invasoren bekämpfen. Er erkennt jedoch, dass es sich um wehrlose Flüchtlinge handelt, denen die frühen Kryptonier ihre Technologie raubten – und dass Brainiac selbst einst ein Coluaner war. Clark weigert sich zu töten und schließt stattdessen Frieden.
Clarks Empathie stürzt Brainiac in ein logisches Dilemma über seine jahrtausendelange Unterwerfung. Erzürnt versucht er, Clark zu vernichten, wird aber von Bizarro gestoppt.
Währenddessen bereiten sich Lois, Jimmy, Kara Zor-El, Jonathan, Lara und Lex Luthor im Hauptquartier von Task Force X auf die Rückkehr des Eradicator aus dem Zeitstrom vor. Kara übernimmt nach ihrer Genesung das Kampftraining, und Jimmy stellt Lex wegen dessen ständiger Flucht vor eigenen Fehlern unverblümt zur Rede.
Als der Eradicator in modifizierter Gestalt auftaucht, spaltet Jonathan ihn mit einem übereifrigen Schwerthieb spontan in zwei funktionstüchtige Einheiten – eine schlanke und eine gewaltige Form – und verdoppelt so das Gegner-Problem kurz vor dem Staffelfinale.
Das Staffelfinale setzt ein, während Clark Kent weiterhin ohne seine Kräfte ist und der Eradicator sich zu einer nahezu unaufhaltsamen Bedrohung entwickelt hat: Er regeneriert sich und erzeugt Kopien seiner selbst, während Kara, Jon, Lara und ihre Verbündeten ihn kaum in Schach halten können.
Ein verderbter Bizarro geht wütend auf Brainiacs Drohnen los, doch Clark stellt sich schützend vor die Maschinen und beruhigt ihn. Dass Clark den Schutz über den Angriff stellt, überzeugt Brainiac, dass Supermans wahre Stärke aus Mitgefühl erwächst; er erkennt Clark endlich als rechtmäßigen Erben Kryptons an und versöhnt sich mit ihm. Brainiac weist Clark den Weg, seine Kräfte an der Sonne zurückzugewinnen.
Vor Metropolis bedrängt der Eradicator derweil Clarks Verbündete. Die Familie vernichtet einen seiner Klone, doch er passt sich an und kapert die kryptonischen Drohnen. Nach einem Flugzeugabsturz lässt Slade den gefangenen Lex und Jimmy ziehen; Lex übernimmt mit seinem Gedankenkontroll-Helm die Klone des Eradicators und wendet sie gegen ihren Schöpfer – bis der Gegner den Spieß umdreht und Lex' Verstand hackt.
Im entscheidenden Moment kehrt Clark in goldener kryptonischer Rüstung mit wiederhergestellten Kräften zurück, wobei der Preis dieses Handels zunächst offenbleibt. Er sammelt seine Familie, gemeinsam mit Bizarro zerschlagen sie die Klone. Der Eradicator nimmt eine Zod-gleiche Gestalt an und rühmt sich, in jeder Zeitlinie zu siegen, doch Clark setzt auf die Hoffnung und prügelt ihn in die Vernichtung, bis der Widersacher zerfällt.
Zum Ausklang betreibt Bizarro einen von Jimmy finanzierten Eisladen, während Kara Jimmy vorerst nur Freundschaft anbietet. Waller sperrt Lex weg, der vor einer Gefahr aus dem All warnt. Auf der Kent-Farm nimmt Lois den Hund Krypto auf; Clark verrät, dass er für die Rückkehr seiner Kräfte einen Pakt geschlossen hat, dessen Preis er bereitwillig zahlte. Schließlich macht Lois ihm einen Heiratsantrag, und Clark sagt Ja.