Zum Auftakt der dritten Staffel hat sich Harry Vanderspeigle notgedrungen ins Team eingereiht: Er arbeitet in Teilzeit im Büro von General McAllister, um die Bedrohung durch die Grauen Aliens auszuschalten. Das Alleingänger-Dasein, das er auf seinem Heimatplaneten so schätzte, weicht dem mühsamen Alltag menschlicher Zusammenarbeit – und Harry tut sich schwer damit, Teamplayer zu sein.
In der Klinik von Patience friert der geheimnisvolle Joseph die Zeit ein, um Harry auf dessen Entschluss anzusprechen, auf der Erde zu bleiben. Beide Aliens beschließen, ihre wahren Pläne voreinander zu verbergen. Als die Zeit wieder läuft, stellt sich Joseph Asta vor. Obwohl Harry sie eigentlich schützen will, lässt er Asta mit Joseph auf ein Date gehen, um heimlich mit McAllisters Kommunikationstechnik Informationen über den Fremden zu sammeln.
Der Plan fliegt auf, als D'arcy Harrys Hütte besucht und die Ausrüstung zertrümmert – womit Harry ohne Beweise dasteht. Trotzdem täuscht D'arcy eine Krankheit vor, um Joseph aus der gemeinsamen Wohnung zu vertreiben. In der Nacht kehrt Harry zurück, entschlossen, Asta zu töten, weil er in ihr ein Hindernis für die Rettung der Welt sieht – doch er bringt es nicht über sich. Asta tröstet ihn und verspricht, gemeinsam Joseph zu durchschauen und die Erde vor den Grauen zu bewahren.
Unterdessen plagen Ben und Kate verstörende Visionen, die mit ihren Entführungen durch die Grauen zusammenhängen, an die sie sich nicht erinnern können. Als Kate erfährt, dass die immer wieder halluzinierte Eule vor ihrem Fenster als Todesomen gilt, gibt Dan ihr einen traditionellen Ute-Zedernräucherstab, um böse Vorzeichen abzuwehren. Und Sahar eröffnet Max, dass sie an einer renommierten kalifornischen Schule für Hochbegabte angenommen wurde – ein Abschied, über den Max nur hinwegkommt, weil er nun Peters Rolle als wichtigster Alien-Jäger der Menschheit übernimmt.
