Peter Parker verschläft an seinem ersten Tag an der Midtown School of Science and Technology, verpasst den Zug und wird schließlich von seiner Tante May zur Schule gefahren. Auf der Fahrt sprechen die beiden über den verstorbenen Ben Parker, den beide schmerzlich vermissen.
An der Schule öffnet sich ein interdimensionales Portal, aus dem ein Symbiont fällt. Doctor Strange folgt ihm und besiegt das Alien, richtet dabei jedoch schwere Schäden an der Midtown an. Während Strange den Symbionten zurück durch das Portal zieht, hilft Peter der Mitschülerin Nico Minoru, die von dem Wesen angegriffen wurde. Aus dem Portal fällt außerdem eine Spinne, die auf Peters Nacken landet, ihn beißt und ihn ohnmächtig werden lässt, bevor sie auf dem Rucksack eines unbekannten Schülers entkommt.
Einige Monate später hat sich Peter an seine spinnengleichen Kräfte gewöhnt, eigene Netzschleudern mit synthetischem Netz entwickelt und ist heimlich als Spider-Man aktiv. Weil die Midtown durch den Kampf zerstört wurde, besuchen Peter und seine inzwischen beste Freundin Nico die Rockford T. Bales High School, die jedoch nicht die fortschrittlichen Kurse und die Technik bietet, auf die sich Peter gefreut hatte.
Auf dem Schulweg verpasst Peter erneut den Zug und schwingt als Spider-Man los. Dabei bemerkt er, wie Harry Osborn von Räubern verfolgt wird; er greift ein und wird von einem der Kriminellen live im Netz gefilmt. Harry bedankt sich, bevor Spider-Man weiterzieht.
An der Bales gehen auch Peters Jugendschwarm Pearl Pangan und deren Freund Lonnie Lincoln, der Kapitän des Footballteams. Lonnie erweist sich als deutlich klüger und umgänglicher als erwartet und wird Peters Laborpartner. Zu Hause angekommen wird Peter – in einer bewussten Anspielung auf seinen ersten Auftritt im Marvel-Kinouniversum – nicht von Tony Stark, sondern von Norman Osborn empfangen. Dieser lobt Peters Begabung und bietet ihm ein Praktikum bei Oscorp an, das Peter begeistert annimmt.
